Mouse consomic strains: Exploiting genetic divergence between Mus m. musculus and Mus m. domesticus subspecies

0306624 - ÚMG 2009 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Gregorová, Soňa - Divina, Petr - Štorchová, Radka - Trachtulec, Zdeněk - Fotopulosová, Vladana - Svenson, K.L. - Donahue, K.L. - Paigen, B. - Forejt, Jiří
Mouse consomic strains: Exploiting genetic divergence between Mus m. musculus and Mus m. domesticus subspecies.
[Myší konsomické kmeny: Využití genetické rozdílnosti mezi poddruhy Mus m. musculus a Mus m. domesticus.]
Genome Research. Roč. 18, č. 3 (2008), s. 509-515. ISSN 1088-9051. E-ISSN 1549-5469
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) 1M0520; GA ČR(CZ) GA301/07/1264
Grant ostatní: HHMI(US) HHMI55000306; NIH(US) 1R01HG00318; EC(XE) AnEUploidy 037627
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50520514
Klíčová slova: complex trait loci (QTLs) * chromosome substitution strains * PWD/Ph
Kód oboru RIV: EB - Genetika a molekulární biologie
Impakt faktor: 10.176, rok: 2008

Consomic (chromosome substitution) strains (CSs) represent the most recent addition to the mouse genetic resources aimed to geneticaly analyze complex trait loci (QTLs). In this study, we report the development of a set of 28 mouse inter-subspecific CSs. In each CS, we replaced a single chromosome of the C57BL/6J (B6) inbred strain (mostly Mus m. domesticus) with its homolog from the PWD/Ph inbred strain of the Mus m. musculus subspecies. These two progenitor subspecies diverged less than 1 million years ago and accumulated a large number of genetic differences that constitute a rich resource of genetic variation for QTL analyses. A genome-wide scan of 965 DNA markers revealed 99.87% purity of the B6 genetic background. Thirty-three nonsynonymous substitutions were uncovered in the protein-coding regions of the mitochondrial DNA of the B6.PWD-mt conplastic strain. A pilot phenotyping experiment project revealed a high number of variations among B6.PWD consomics.

Konsomické (chromosomální substituční) kmeny (CS) představují nejnovější nástroj myší genetiky určený pro genetickou analýzu komplexních znaků (QTL). V této práci oznamujeme přípravu souboru 28 myších mezipoddruhových CS. V každém CS jsme nahradili jeden chromozom B6 inbredního kmene (převážně Mus m. domesticus) jeho homologem z PWD/Ph inbredního kmene poddruhu Mus m. musculus. Tito progenitoři se oddělili zhruba před 1 milionem let a nahromadili velký počet genetických rozdílů, představujících bohatý zdroj genetické variace pro QTL analýzy. Celogenomový sken 965 DNA markerů prokázal 99.87% čistotu genetického pozadí. 33 nesynonymních substitucí bylo nalezeno v protein kodujících oblastech mitochrondriální DNA B6.PWD-mt konplastického kmene. Pilotní fenotypizační pokus odhalil velký počet variant mezi B6.PWD konsomiky.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0159598