Počet záznamů: 1  

Arabidopsis Gene Family Profiler (aGFP) - user-oriented transcriptomic database with easy-to-use graphic interface

  1. 1.
    0305968 - ÚEB 2008 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
    Dupľáková, Nikoleta - Reňák, David - Hovanec, P. - Honysová, Barbora - Twell, D. - Honys, David
    Arabidopsis Gene Family Profiler (aGFP) - user-oriented transcriptomic database with easy-to-use graphic interface.
    [Arabidopsis Gene Family Profiler (aGFP) - user-oriented transcriptomic database with easy-to-use graphic interface.]
    BMC Plant Biology. Roč. 7, - (2007), Article Number: 39. ISSN 1471-2229. E-ISSN 1471-2229
    Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06004; GA ČR GA522/06/0896
    Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50380511
    Zdroj financování: V - jiné veřejné zdroje ; V - jiné veřejné zdroje
    Klíčová slova: STANFORD MICROARRAY DATABASE * EXPRESSION ANALYSIS * DNA MICROARRAYS
    Kód oboru RIV: EB - Genetika a molekulární biologie
    Impakt faktor: 3.232, rok: 2007

    Background: Microarray technologies now belong to the standard functional genomics toolbox and have undergone massive development leading to increased genome coverage, accuracy and reliability. The number of experiments exploiting microarray technology has markedly increased in recent years. In parallel with the rapid accumulation of transcriptomic data, on-line analysis tools are being introduced to simplify their use. Global statistical data analysis methods contribute to the development of overall concepts about gene expression patterns and to query and compose working hypotheses. More recently, these applications are being supplemented with more specialized products offering visualization and specific data mining tools. We present a curated gene family-oriented gene expression database, Arabidopsis Gene Family Profiler ( aGFP; http:// agfp.ueb.cas.cz), which gives the user access to a large collection of normalised Affymetrix ATH1 microarray datasets. The database currently contains NASC Array and AtGenExpress transcriptomic datasets for various tissues at different developmental stages of wild type plants gathered from nearly 350 gene chips. Results: The Arabidopsis GFP database has been designed as an easy-to-use tool for users needing an easily accessible resource for expression data of single genes, pre-defined gene families or custom gene sets, with the further possibility of keyword search. Arabidopsis Gene Family Profiler presents a user-friendly web interface using both graphic and text output. Data are stored at the MySQL server and individual queries are created in PHP script. The most distinguishable features of Arabidopsis Gene Family Profiler database are: 1) the presentation of normalized datasets (Affymetrix MAS algorithm and calculation of model-based gene-expression values based on the Perfect Match-only model); 2) the choice between two different normalization algorithms ( Affymetrix MAS4 or MAS5 algorithms); 3) an intuitive interface; 4) an interactive "virtual plant" visualizing the spatial and developmental expression profiles of both gene families and individual genes. Conclusion: Arabidopsis GFP gives users the possibility to analyze current Arabidopsis developmental transcriptomic data starting with simple global queries that can be expanded and further refined to visualize comparative and highly selective gene expression profiles.

    Čipová technologie, která v současnosti náleží mezi standardní metodické přístupy molekulární biologie a funkční genomiky, prošla v posledních letech masivním vývojem zahrnujícím kompletní genomické zmapování řady organismů, zvýšení přesnosti a spolehlivosti výsledků. Množství pokusů využívajících čipové technologie neustále narůstá, což pochopitelně vede k akumulaci transkriptomických dat. S tím souvisí i zvyšující se potřeba softwarových nástrojů zjednodušující orientaci v džungli dat, konkrétně takových, jež zmíněná data upravují, organizují a analyzují. Postupně jsou příslušné aplikace doplňovány i o specializované moduly umožňující složitější statistické analýzy a uživatelsky příjemné grafické znázornění výsledků. V tomto článku představujeme databázi arabidopsis Gene Family Profiler (arabidopsisGFP, http://agfp.ueb.cas.cz). Graficky orientovaná databáze aGFP nabízí uživatelsky velice příjemné prostředí a obsahuje rozsáhlou kolekci transkriptomických dat pokrývajících rozdílné orgány a pletiva v různých vývojových stádiích modelové rostliny Arabidopsis thaliana.
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0159089

     
     
Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.