Počet záznamů: 1

Nanosecond Time-Dependent Stokes Shift at the Tunnel Mouth of Haloalkane Dehalogenases

  1. 1.
    0333807 - UFCH-W 2010 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
    Jesenská, A. - Sýkora, Jan - Olžyńska, Agnieszka - Brezovský, J. - Zdráhal, Z. - Damborský, J. - Hof, Martin
    Nanosecond Time-Dependent Stokes Shift at the Tunnel Mouth of Haloalkane Dehalogenases.
    [Časově závislý Stokesův posuv v blízkosti aktivního místa Haloalkan- Dehalogenaz.]
    Journal of the American Chemical Society. Roč. 131, č. 2 (2009), s. 494-501 ISSN 0002-7863
    Grant CEP: GA ČR GA203/08/0114; GA MŠk(CZ) LC06063; GA MŠk(CZ) LC06010
    Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40400503
    Klíčová slova: crystallographic analysis * active-site dynamics * solvent relaxation
    Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
    Impakt faktor: 8.580, rok: 2009

    The tunnel mouths are evolutionally the most variable regions in the structures of haloalkane dehalogenases originating from different bacterial species, suggesting their importance for adaptation of enzymes to various substrates. We decided to monitor the dynamics of this particular region by means of time-resolved fluorescence spectroscopy and molecular dynamic simulations. To label the enzyme specifically, we adapted a novel procedure that utilizes a coumarin dye containing a halide-hydrocarbon linker, which serves as a substrate for enzymatic reaction. The procedure leads to a coumarin dye covalently attached and specifically located in the tunnel mouth of the enzyme. In this manner, we stained two haloalkane dehalogenase mutants, DbjA-H280F and DhaA-H272F.

    Ústí tunelu haloalkan-dehalogenaz, jímž substrát přistupuje k aktivnímu místu, patří k evolučně nejproměnlivějším mezi různými bakteriálními kmeny. Tento fakt naznačuje, že se jedná o velice důležitou část enzymu pro adaptaci na různé substráty. Proto jsme se rozhodli monitorovat vlastnosti právě ústí tohoto tunelu pomocí časově rozlišené spektroskopie a simulací molekulární dynamiky. Abychom označili fluorescenční sondou pouze tuto oblast, použili jsme kumarin obsahující řetězec s halogenem na konci, který slouží jako substrát pro enzymatickou reakci. Výsledkem je kovalentní komplex enzym-sonda, kde je kumarin selektivně lokalizován v ústí tunelu. Touto metodou byly označeny dva mutanty DbjA-H280F a DhaA-H272F. Experimentální výsledky mapující polaritu, a mobilitu tohoto regionu se kvalitativně shodují se simulacemi a odrážejí anatomii ústí tunelu obou mutantů.
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0178711