Počet záznamů: 1

Dependence of A-RNA simulations on the choice of the force field and salt strength

  1. 1.
    0333332 - BFU-R 2010 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
    Beššeová, Ivana - Otyepka, Michal - Réblová, Kamila - Šponer, Jiří
    Dependence of A-RNA simulations on the choice of the force field and salt strength.
    [Závislost simulací A-RNA na volbě silového pole a velikosti iontové síly.]
    Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 11, č. 45 (2009), s. 10701-10711 ISSN 1463-9076
    Grant CEP: GA MŠk(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) KJB400040901; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581; GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA ČR(CZ) GD203/09/H046
    Grant ostatní:GA MŠk(CZ) LC512; GA ČR(CZ) GA203/09/1476
    Program:LC; GA
    Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
    Klíčová slova: force fileds * RNA * A-form
    Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
    Impakt faktor: 4.116, rok: 2009

    We carried out an extensive molecular dynamics study on three A-RNA duplexes. Dependence of the A-RNA geometry on force fields (Parm99 and Parmbsc0) and salt strength conditions was investigated. The Parmbsc0 force field makes the A-RNA duplex more compact in comparison to the Parm99 by preventing temporary alpha/gamma t/t flips common in Parm99 simulations. The stabilization of the A-RNA helices caused by the Parmbsc0 force field includes visible reduction of the major groove width, increase of the base pair roll, larger helical inclination and small increases of twist. Therefore, the Parmbsc0 shifts the simulated duplexes more deeply into the A-form.

    Provedli jsme extenzivní molekulově dynamickou studii tří A-RNA duplexů. Testovali jsme závislost geometrie A-RNA na silovém poli (Parm99 a Parmbsc0) a na velikosti iontové síly. Silové pole Parmbsc0 zabraňuje dočasným alfa/gama t/t přechodům, čímž zkompaktňuje A-RNA duplex ve srovnání se silovým polem Parm99. Stabilizace A-RNA ve srovnání s Parmbsc0 zahrnuje viditelnou redukci šířky velkého žlábku, zvýšení parametru roll, zvětšení helikální inklinace a malé zvýšení twistu. Silové pole Parmbsc0 tak posouvá simulované duplexy více do A-formy.
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0178344