Výsledky vyhledávání
- 1.0583260 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mlýnský, Vojtech - Kührová, Petra - Stadlbauer, Petr - Krepl, Miroslav - Otyepka, M. - Banáš, Pavel - Šponer, Jiří
Simple Adjustment of Intranucleotide Base-Phosphate Interaction in the OL3 AMBER Force Field Improves RNA Simulations.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 19, č. 22 (2023), s. 8423-8433. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * replica exchange * parameters * tetraloops * uucg * nmr * resolution
Obor OECD: Atomic, molecular and chemical physics (physics of atoms and molecules including collision, interaction with radiation, magnetic resonances, Mössbauer effect)
Impakt faktor: 5.5, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.3c00990
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351262 - 2.0373426 - BFÚ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Banáš, P. - Hollas, D. - Zgarbová, M. - Jurečka, P. - Orozco, M. - Cheatham III, T.E. - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
Performance of molecular mechanics force fields for RNA simulations: Stability of UUCG and GNRA hairpins.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 6, č. 12 (2010), s. 3836-3849. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA ČR(CZ) GD203/09/H046
Klíčová slova: molecular dynamics * force fields * RNA * tetraloops
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.138, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0206527 - 3.0353763 - BFÚ 2011 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Banáš, P. - Hollas, D. - Zgarbová, M. - Jurečka, P. - Orozco, M. - Cheatham III, T.E. - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
Performance of molecular mechanics force fields for RNA simulations: Stability of UUCG and GNRA hairpins.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 6, č. 12 (2010), s. 3836-3849. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GD203/09/H046; GA AV ČR(CZ) IAA400040802
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) LC512
Program: LC
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: molecular dynamics * force fields * RNA * tetraloops
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.138, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0192916