Výsledky vyhledávání
- 1.0585153 - ÚOCHB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Feidakis, C. P. - Křivák, Radoslav - Hoksza, D. - Novotný, M.
AHoJ-DB: A PDB-wide Assignment of apo & holo Relationships Based on Individual Protein-Ligand Interactions.
Journal of Molecular Biology. (2024), č. článku 168545. ISSN 0022-2836. E-ISSN 1089-8638
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: apo-holo * protein structure * ligands * binding sites * drug design
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.jmb.2024.168545
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0352895 - 2.0582851 - ÚOCHB 2025 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Matoušková, Zuzana - Orsághová, Katarína - Srb, Pavel - Pytelková, Jana - Kukačka, Zdeněk - Buša, Michal - Hajdušek, Ondřej - Šíma, Radek - Fábry, Milan - Novák, Petr - Horn, Martin - Kopáček, Petr - Mareš, Michael
An Unusual Two-Domain Thyropin from Tick Saliva: NMR Solution Structure and Highly Selective Inhibition of Cysteine Cathepsins Modulated by Glycosaminoglycans.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 25, č. 4 (2024), č. článku 2240. ISSN 1661-6596
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-08826S; GA ČR(CZ) GA22-27695S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000759; GA ČR(CZ) GA22-30920S; GA MŠMT(CZ) LUC23037
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388971 ; RVO:60077344
Klíčová slova: cathepsin * cysteine protease * tick * parasite * saliva * thyropin * protease inhibitor * protein structure
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.3390/ijms25042240
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0350903 - 3.0580493 - BC 2024 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Martins, Larissa Almeida - Buša, Michal - Chlastáková, A. - Kotál, Jan - Beránková, Z. - Stergiou, N. - Jmel, Mohamed Amine - Schmitt, E. - Chmelař, J. - Mareš, Michael - Kotsyfakis, Michalis
Protease-bound structure of Ricistatin provides insights into the mechanism of action of tick salivary cystatins in the vertebrate host.
Cellular and Molecular Life Sciences. Roč. 80, č. 11 (2023), č. článku 339. ISSN 1420-682X. E-ISSN 1420-9071
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-07247S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000759; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA MŠMT(CZ) LTAUSA19109
Institucionální podpora: RVO:60077344 ; RVO:61388963
Klíčová slova: ray crystal-structure * sialostatin-l * functional expression * cysteine cathepsins * mammalian legumain * ixodes-scapularis * inhibitors * stefin * generation * peptidase * Ixodes ricinus * Tick saliva * Cystatins * Protease inhibition * Protein structure * Host-parasite interactions
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Biochemistry and molecular biology (UOCHB-X)
Impakt faktor: 8, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://link.springer.com/article/10.1007/s00018-023-04993-4
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0349268 - 4.0580418 - MBÚ 2024 RIV US eng M - Část monografie knihy
Kalaninová, Zuzana - Fojtík, Lukáš - Chmelík, Josef - Novák, Petr - Volný, Michael - Man, Petr
Probing Antibody Structures by Hydrogen/Deuterium Exchange Mass Spectrometry.
Mass Spectrometry-Based Proteomics. New York: Humana, 2023 - (Gevaert, K.), s. 303-334. Methods in Molecular Biology. ISBN 978-1-0716-3456-1
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-27695S; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: Antibody * Hydrogen/deuterium exchange * Mass spectrometry * Proteolysis * Protein structure and dynamics * Biosimilars
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
https://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-0716-3457-8_17
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0349200 - 5.0574113 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Koudelková, Lenka - Pelantová, M. - Brůhová, Z. - Sztacho, M. - Pavlík, V. - Pánek, D. - Gemperle, J. - Talacko, P. - Brábek, J. - Rösel, D.
Phosphorylation of tyrosine 90 in SH3 domain is a new regulatory switch controlling Src kinase.
eLife. Roč. 12, July (2023), č. článku e82428. ISSN 2050-084X. E-ISSN 2050-084X
Grant CEP: GA MŠMT LX22NPO5102
Výzkumná infrastruktura: Czech-BioImaging II - 90129
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: biochemistry * cell biology * cell transformation * chemical biology * invasiveness * mouse * phosphorylation * protein structure * SH3 domain * Src
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 7.7, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.7554/eLife.82428
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0344468Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 10.7554eLife.82428.pdf 0 3 MB Vydavatelský postprint povolen - 6.0573702 - MBÚ 2024 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Mori, T. - Sun, X. - Kadlčík, Stanislav - Janata, Jiří - Abe, I.
Structure-Function Analysis of the S-Glycosylation Reaction in the Biosynthesis of Lincosamide Antibiotics.
Angewandte Chemie - International Edition. Roč. 62, č. 29 (2023), č. článku e2023049. ISSN 1433-7851. E-ISSN 1521-3773
Grant CEP: GA ČR(CZ) GJ20-09811Y; GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103
Grant ostatní: AV ČR(CZ) LQ200202002
Program: Prémie Lumina quaeruntur
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: LmbT * S-glycosyltransferase * lincomycin * ergothioneine * protein structure
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 16.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.202304989
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0344076Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup Mori - Structure‐Function Analysis of the S‐Glycosylation Reaction in the Biosynthesis of.pdf 1 3.9 MB Vydavatelský postprint povolen - 7.0571673 - MBÚ 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Pacheco-Garcia, J. L. - Anoz-Carbonell, E. - Loginov, Dmitry Sergej - Kavan, Daniel - Salido, E. - Man, Petr - Medina, M. - Pey, A. L.
Counterintuitive structural and functional effects due to naturally occurring mutations targeting the active site of the disease-associated NQO1 enzyme.
FEBS Journal. Roč. 290, č. 7 (2023), s. 1855-1873. ISSN 1742-464X. E-ISSN 1742-4658
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: catalytic mechanism * genotype-phenotype correlations * protein structure-function * structural stability
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.4, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/febs.16677
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0343503 - 8.0571080 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Voitsitskyi, T. - Stratiichuk, R. - Koleiev, I. - Popryho, L. - Ostrovsky, Z. - Henitsoi, P. - Khropachov, I. - Vozniak, V. - Zhytar, R. - Nechepurenko, D. - Yesylevskyy, Semen - Nafiiev, A. - Starosyla, S.
3DProtDTA: a deep learning model for drug-target affinity prediction based on residue-level protein graphs.
RSC Advances. Roč. 13, č. 15 (2023), s. 10261-10272. E-ISSN 2046-2069
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: drug-target affinity prediction * protein structure
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.9, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1039/D3RA00281K
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0342384
Vědecká data: GitHub - 9.0570585 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Buša, Michal - Matoušková, Zuzana - Bartošová-Sojková, Pavla - Pachl, Petr - Řezáčová, Pavlína - Eichenberger, R. M. - Deplazes, P. - Horn, Martin - Štefanić, S. - Mareš, Michael
An evolutionary molecular adaptation of an unusual stefin from the liver fluke Fasciola hepatica redefines the cystatin superfamily.
Journal of Biological Chemistry. Roč. 299, č. 3 (2023), č. článku 102970. ISSN 0021-9258. E-ISSN 1083-351X
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA ČR(CZ) GA19-17269S; GA ČR(CZ) GA21-16565S; GA MŠMT(CZ) LTAUSA19109
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:60077344
Klíčová slova: cystatin * stefin * protease inhibitor * cysteine cathepsin * protein structure * protein evolution * helminth parasite
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.8, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.jbc.2023.102970
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0341888
Vědecká data: RCSB PDB - 10.0562671 - BC 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Alama-Bermejo, Gema - Bartošová-Sojková, Pavla - Atkinson, S.D. - Holzer, Astrid S. - Bartholomew, J.L.
Proteases as Therapeutic Targets Against the Parasitic Cnidarian Ceratonova shasta: Characterization of Molecules Key to Parasite Virulence In Salmonid Hosts.
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. Roč. 11, JAN 7 2022 (2022), č. článku 804864. ISSN 2235-2988. E-ISSN 2235-2988
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX19-28399X; GA MŠMT(CZ) LTAUSA17201; GA ČR(CZ) GA21-16565S
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: myxozoa * cysteine protease * aspartic protease * aminopeptidase * stefin * 3D protein structure * gene expression * homologous search
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.7, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcimb.2021.804864/full
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0335956