Výsledky vyhledávání
- 1.0575651 - MBÚ 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Chen, G. - Wang, H. - Bumba, Ladislav - Mašín, Jiří - Šebo, Peter - Li, H.
The adenylate cyclase toxin RTX domain follows a series templated folding mechanism with implications for toxin activity.
Journal of Biological Chemistry. Roč. 299, č. 9 (2023), č. článku 105150. ISSN 0021-9258. E-ISSN 1083-351X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-01558S; GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103; GA MŠMT(CZ) LM2023053; GA MŠMT(CZ) EF18_046/0015974
Výzkumná infrastruktura: CIISB III - 90242
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: adenylate cyclase * bacterial toxin * optical tweezers * protein folding * single-molecule biophysics
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 4.8, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0021925823021786?via%3Dihub
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0345406Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup The adenylate cyclase toxin RTX domain follows JBC_2023 II .pdf 1 3.5 MB Vydavatelský postprint povolen - 2.0553488 - MBÚ 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Carey, Jannette
Affinity, Specificity, and Cooperativity of DNA Binding by Bacterial Gene Regulatory Proteins.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 23, č. 1 (2022), č. článku 562. E-ISSN 1422-0067
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: escherichia-coli * ligand-binding * trp-repressor * thermodynamics * conformations * constraints * mutants * domain * biological constraints * host-guest chemistry * pre-organization * cryptic thermodynamic factors * protein folding coupled to ligand binding * gestalt properties of proteins * drug design
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1422-0067/23/1/562
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0331807 - 3.0539633 - ÚOCHB 2022 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Krupová, Monika - Kessler, Jiří - Bouř, Petr
Polymorphism of Amyloid Fibrils Induced by Catalytic Seeding: A Vibrational Circular Dichroism Study.
ChemPhysChem. Roč. 22, č. 1 (2021), s. 83-91. ISSN 1439-4235. E-ISSN 1439-7641
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA18-05770S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA ČR(CZ) GA20-10144S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: catalytic seeding * fibrous proteins * molecular modeling * protein folding * vibrational circular dichroism
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.520, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1002/cphc.202000797
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0317341 - 4.0519393 - ÚOCHB 2021 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Tolmachev, D. A. - Boyko, O. S. - Lukasheva, N. V. - Martinez-Seara, Hector - Karttunen, M.
Overbinding and Qualitative and Quantitative Changes Caused by Simple Na+ and K+ Ions in Polyelectrolyte Simulations: Comparison of Force Fields with and without NBFIX and ECC Corrections.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 16, č. 1 (2020), s. 677-687. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX19-26854X
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecular dynamics simulations * poly-L-glutamate * protein folding simulations
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 6.006, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.9b00813
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0304509 - 5.0499418 - BTÚ 2019 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Peter, Emanuel K. - Černý, Jiří
Enriched Conformational Sampling of DNA and Proteins with a Hybrid Hamiltonian Derived from the Protein Data Bank.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 19, č. 11 (2018), č. článku 3405. E-ISSN 1422-0067
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2015047; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) EF16_013/0001777
Program: EF - Operační program výzkum, vývoj, vzdělávání (2014 - 2020)
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: enhanced molecular dynamics simulations * DNA simulation * protein folding
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.183, rok: 2018
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0291668 - 6.0457876 - BTÚ 2016 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Craveur, P. - Joseph, A,P. - Esque, J. - Narwani, T.J. - Noël, F. - Shinada, N. - Goguet, M. - Leonard, S. - Poulain, P. - Bertrand, O. - Faure, G. - Rebehmed, J. - Ghozlane, A. - Swapna, L.S. - Bhaskara, R.M. - Barnoud, J. - Téletchéa, S. - Jallu, V. - Černý, Jiří - Schneider, Bohdan - Etchebest, C. - Srinivasan, N. - Gelly, J.-Ch. - deBrevern, A.G.
Protein flexibility in the light of structural alphabets.
.
Frontiers in molecular biosciences. Roč. 2, 27 May 2015 (2015). E-ISSN 2296-889X
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: allostery * protein complexes * protein folding
Kód oboru RIV: EB - Genetika a molekulární biologie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0258237 - 7.0455686 - ÚOCHB 2016 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Németh, E. - Kožíšek, Milan - Schilli, G. K. - Gyurcsik, B.
Preorganization of the catalytic Zn2+-binding site in the HNH nuclease motif-A solution study.
Journal of Inorganic Biochemistry. Roč. 151, Oct (2015), s. 143-149. ISSN 0162-0134. E-ISSN 1873-3344
Grant CEP: GA MŠMT LO1302
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: HNH-motif * metallonuclease * Zn2+-binding * protein folding * ITC
Kód oboru RIV: CE - Biochemie
Impakt faktor: 3.205, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0256304 - 8.0438291 - ÚOCHB 2015 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Vymětal, Jiří - Bathula, S. R. - Černý, Jiří - Chaloupková, R. - Žídek, L. - Sklenář, V. - Vondrášek, Jiří
Retro operation on the Trp-cage miniprotein sequence produces an unstructured molecule capable of folding similar to the original only upon 2,2,2-trifluoroethanol addition.
Protein Engineering Design and Selection. Roč. 27, č. 12 (2014), s. 463-472. ISSN 1741-0126. E-ISSN 1741-0134
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LH11020; GA ČR GA203/08/0114
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) LO1214; GA MŠk(CZ) LM2010005; GA MŠk(CZ) ED1.1.00/02.0068
Program: ED
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:86652036
Klíčová slova: protein folding * protein-structure prediction * molecular dynamics * NMR methods * CD spectroscopy
Kód oboru RIV: CE - Biochemie
Impakt faktor: 2.537, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0241840 - 9.0435209 - ÚOCHB 2015 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Rijs, A. M. - Kabeláč, Martin - Abo-Riziq, A. - Hobza, Pavel - de Vries, M. S.
Isolated Gramicidin Peptides Probed by IR Spectroscopy.
ChemPhysChem. Roč. 12, č. 10 (2011), s. 1816-1821. ISSN 1439-4235. E-ISSN 1439-7641
Grant CEP: GA MŠMT LC512; GA AV ČR IAA400550808
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: density functional calculations * gramicidin * IR spectroscopy * protein folding
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 3.412, rok: 2011
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0239124 - 10.0392241 - ÚOCHB 2014 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Vymětal, Jiří - Vondrášek, Jiří
Critical Assessment of Current Force Fields. Short Peptide Test Case.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 9, č. 1 (2013), s. 441-451. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LH11020
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) LM2010005
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: Helix-coil transition * protein-folding simulations * amino-acids * side-chain * alanine dipeptide
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 5.310, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0221161