Výsledky vyhledávání
- 1.0597906 - ÚFCH JH 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Lynch, E. M. - Hansen, H. - Salay, L. - Cooper, M. - Timr, Štěpán - Kollman, J. M. - Webb, B. A.
Structural basis for allosteric regulation of human phosphofructokinase-1.
Nature Communications. Roč. 15, č. 1 (2024), č. článku 7323. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA ČR GA23-06437S
Institucionální podpora: RVO:61388955
Klíčová slova: skeletal-muscle 6-phosphofructo-1-kinase * molecular-dynamics * software news * force-field * metabolism * enzyme * transitions * evolution * creation * sites
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 14.7, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0355678Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 0597906.pdf 0 4.7 MB open access Vydavatelský postprint povolen - 2.0597799 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Nencini, Ricky - Tempra, Carmelo - Biriukov, Denys - Riopedre Fernández, Miguel - Cruces Chamorro, Victor - Polák, J. - Mason, Philip E. - Ondo, D. - Heyda, J. - Ollila, O. H. S. - Jungwirth, Pavel - Javanainen, Matti - Martinez-Seara, Hector
Effective Inclusion of Electronic Polarization Improves the Description of Electrostatic Interactions: The prosECCo75 Biomolecular Force Field.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 20, č. 17 (2024), s. 7546-7559. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-19561S
GRANT EU: European Commission(XE) 101095957 - Q-SCALING
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * solute-solute interactions * linear constraint solver
Impakt faktor: 5.7, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jctc.4c00743
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0355613Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 10.1021acs.jctc.4c00743.pdf 0 2.3 MB Vydavatelský postprint povolen - 3.0586928 - ÚOCHB 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Wu, Tao - Kessler, Jiří - Zhao, H. - Zhao, Y.
Phosphorylation site of L-alanyl-L-glutamine identified by Raman optical activity spectroscopy.
Spectrochimica Acta Part A-Molecular and Biomolecular Spectroscopy. Roč. 320, November (2024), č. článku 124587. ISSN 1386-1425. E-ISSN 1873-3557
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05378S
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: biomolecular spectroscopy * Raman optical activity * peptide phosphorylation * molecular dynamics * circularly polarized luminescence
Impakt faktor: 4.3, rok: 2023
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.saa.2024.124587
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0354296 - 4.0586888 - ÚFM 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Yadav, Ankit - Bajtošová, L. - Cieslar, M. - Fikar, Jan
Two-phase model for inverse Hall–Petch effect in nanocrystalline thin film: Atomistic simulation study.
Acta Materialia. Roč. 276, Sep (2024), č. článku 120084. ISSN 1359-6454. E-ISSN 1873-2453
Institucionální podpora: RVO:68081723
Klíčová slova: Aluminum * Grain boundaries * Inverse Hall–Petch * Molecular dynamics * Polycrystal * Thin films
Obor OECD: Condensed matter physics (including formerly solid state physics, supercond.)
Impakt faktor: 8.3, rok: 2023
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S135964542400435X?via%3Dihub
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0354464 - 5.0586249 - BFÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Zhang, Zhengyue - Mlýnský, Vojtech - Krepl, Miroslav - Šponer, Jiří - Stadlbauer, Petr
Mechanical Stability and Unfolding Pathways of Parallel Tetrameric G-Quadruplexes Probed by Pulling Simulations.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 64, č. 9 (2024), s. 3896-3911. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-23718S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * telomeric g-quadruplex * monovalent ion parameters * particle mesh ewald * c-myc promoter * crystal-structure * force spectroscopy
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.6, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.4c00227
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0355225 - 6.0585306 - ÚT 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Varillas, Javier - Lukeš, J. - Manikas, A. - Maňák, J. - Dluhoš, J. - Melníková, Z. - Kalbáč, M. - Galiotis, C. - Frank, O.
Mechanical response of monolayer graphene via a multi-probe approach.
International Journal of Mechanical Sciences. Roč. 273, July (2024), č. článku 109208. ISSN 0020-7403. E-ISSN 1879-2162
Institucionální podpora: RVO:61388998
Klíčová slova: defects * elastic properties * graphene * molecular dynamics * push-to-pull * Raman spectroscopy * scanning electron microscopy
Obor OECD: Materials engineering; Physical chemistry (UFCH-W)
Impakt faktor: 7.1, rok: 2023
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0020740324002509?via%3Dihub
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0353230 - 7.0585129 - FZÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Medvedev, Nikita
Electronic nonequilibrium effect in ultrafast-laser-irradiated solids.
Physica Scripta. Roč. 99, č. 1 (2024), č. článku 015934. ISSN 0031-8949. E-ISSN 1402-4896
Grant CEP: GA MŠMT LTT17015; GA MŠMT(CZ) LM2023068; GA MŠMT(CZ) EF18_053/0016627
Grant ostatní: OP VVV - Mobility FZU 2(XE) CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_053/0016627
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:68378271
Klíčová slova: hybrid model * multiscale model * Monte Carlo * Boltzmann equation * tight binding * molecular dynamics * noneuqilibrium kinetics
Obor OECD: Optics (including laser optics and quantum optics)
Impakt faktor: 2.6, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0352862Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 0585129.pdf 0 2.5 MB CC Licence Vydavatelský postprint povolen - 8.0584828 - MBÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Felčíková, K. - Hovan, A. - Polák, Marek - Loginov, Dmitry Sergej - Holotová, V. - Diaz, C. - Kožář, T. - Lee, O. - Varhač, R. - Novák, Petr - Bánó, G. - Sedlák, E.
Design of AsLOV2 domain as a carrier of light-induced dissociable FMN photosensitizer.
Protein Science. Roč. 33, č. 4 (2024), č. článku e4921. ISSN 0961-8368. E-ISSN 1469-896X
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: singlet oxygen generation * molecular-dynamics * rational design * simulation * efficient * ewald * flavin cofactor * genetically encoded photosensitizers * LOV2 domain * miniSOG * singlet oxygen
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 4.5, rok: 2023
Způsob publikování: Omezený přístup
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/pro.4921
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0352674 - 9.0584311 - FZÚ 2024 RIV US eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Medvedev, Nikita
Materials under XUV irradiation: effects of structure, size, and temperature.
Proceedings of SPIE - The International Society for Optical Engineering. Vol. 12578. Bellingham: SPIE, 2023, č. článku 1257809. ISBN 9781510662766. ISSN 0277-786X.
[Conference on Optics Damage and Materials Processing by EUV/X-ray Radiation VIII (XDam8). Prague (CZ), 24.04.2023-26.04.2023]
Grant CEP: GA MŠMT LTT17015; GA MŠMT(CZ) LM2018114
Institucionální podpora: RVO:68378271
Klíčová slova: XTANT-3 * tight binding molecular dynamics * Monte Carlo * Boltzmann equation
Obor OECD: Optics (including laser optics and quantum optics)
https://www.spiedigitallibrary.org/conference-proceedings-of-spie/12578/2664746/Materials-under-XUV-irradiation--effects-of-structure-size-and/10.1117/12.2664746.short
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0352241 - 10.0584212 - ÚFP 2024 RIV US eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Medvedev, Nikita
Materials under XUV irradiation: effects of structure, size, and temperature.
Proceedings of SPIE - The International Society for Optical Engineering. Vol. 12578. Bellingham: SPIE, 2023, Roč. 12578 (2023), č. článku 1257809. ISBN 9781510662766. ISSN 0277-786X.
[Conference on Optics Damage and Materials Processing by EUV/X-ray Radiation VIII (XDam8). Prague (CZ), 24.04.2023-26.04.2023]
Grant CEP: GA MŠMT EF16_013/0001552; GA MŠMT(CZ) LM2018114; GA MŠMT LTT17015
Institucionální podpora: RVO:61389021
Klíčová slova: Boltzmann equation * Monte Carlo * tight binding molecular dynamics * xtant-3
Obor OECD: Optics (including laser optics and quantum optics)
https://www.spiedigitallibrary.org/conference-proceedings-of-spie/12578/2664746/Materials-under-XUV-irradiation--effects-of-structure-size-and/10.1117/12.2664746.short
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0352180