Výsledky vyhledávání
- 1.0583260 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mlýnský, Vojtech - Kührová, Petra - Stadlbauer, Petr - Krepl, Miroslav - Otyepka, M. - Banáš, Pavel - Šponer, Jiří
Simple Adjustment of Intranucleotide Base-Phosphate Interaction in the OL3 AMBER Force Field Improves RNA Simulations.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 19, č. 22 (2023), s. 8423-8433. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * replica exchange * parameters * tetraloops * uucg * nmr * resolution
Obor OECD: Atomic, molecular and chemical physics (physics of atoms and molecules including collision, interaction with radiation, magnetic resonances, Mössbauer effect)
Impakt faktor: 5.5, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.3c00990
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351262 - 2.0581632 - ÚFCH JH 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Saija, Maria Chiara - Vazdar, Katarina - Pajerski, Wojciech - Olžyńska, Agnieszka - Daull, P. - Garrigues, J. - Cwiklik, Lukasz
Comparative Study of Latanoprost Drug Delivery Systems for Glaucoma Treatment and Their Interaction with the Tear Film Lipid Layer Models.
Molecular Pharmaceutics. Roč. 21, č. 1 (2024), s. 126-136. ISSN 1543-8384. E-ISSN 1543-8392
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-19854S
Institucionální podpora: RVO:61388955
Klíčová slova: bak-preserved latanoprost * pharmacokinetics * thickness * ester * oil-in-water nanoemulsion * drug delivery systems * ocular drug delivery * ophthalmology * drug formulations * latanoprost * Xalatan * Monoprost * nanomedicine * molecular dynamics simulations * Langmuir lipid films * surface tension
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 4.9, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0349741Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 0581632.pdf 0 4.8 MB Vydavatelský postprint vyžádat - 3.0578423 - ÚFCH JH 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Das, D. - Bharadwaz, Priyam - Mattaparthi, V. S. K.
Computational investigation on the effect of the peptidomimetic inhibitors (NPT100-18A and NPT200-11) on the α-synuclein and lipid membrane interactions.
Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. (2023). ISSN 0739-1102
Institucionální podpora: RVO:61388955
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * lewy body disease * parkinsons-disease * force-field * basis-sets * system * oligomerization * accumulation * mutations * mechanism * alpha-Synuclein aggregation * membrane dynamics * dft * npt100-18a * npt200-11
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 4.4, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/07391102.2023.2262599
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0347420 - 4.0578063 - ÚFP 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Xu, Shaofeng - Jirásek, Vít - Lukeš, Petr
Elucidation of Molecular-level Mechanisms of Oxygen Atom Reactions with Chlorine Ion in NaCl Solutions using Molecular Dynamics Simulations Combined with Density Functional Theory.
ChemistrySelect. Roč. 8, č. 23 (2023), č. článku e202203937. ISSN 2365-6549. E-ISSN 2365-6549
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-25026S
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61389021
Klíčová slova: Atomic oxygen * Charge transfer * Density functional theory * Molecular dynamics simulations * NaCl
Obor OECD: Fluids and plasma physics (including surface physics)
Impakt faktor: 2.1, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://chemistry-europe.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/slct.202203937
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0347088 - 5.0575796 - ÚT 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Klíma, M. - Celný, David - Janek, J. - Kolafa, J.
Properties of water and argon clusters developed in supersonic expansions.
Journal of Chemical Physics. Roč. 159, č. 12 (2023), č. článku 124302. ISSN 0021-9606. E-ISSN 1089-7690
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-28869S
Grant ostatní: NVIDIA Corporation(US) A2_FCHI_2022_017
Institucionální podpora: RVO:61388998
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * supercritical solutions ress * homogeneous nucleation * rapid expansion * particle formation
Obor OECD: Atomic, molecular and chemical physics (physics of atoms and molecules including collision, interaction with radiation, magnetic resonances, Mössbauer effect)
Impakt faktor: 4.4, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://pubs.aip.org/aip/jcp/article/159/12/124302/2912115/Properties-of-water-and-argon-clusters-developed
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0347807 - 6.0575757 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Javanainen, Matti - Heftberger, P. - Madsen, J. J. - Miettinen, M. S. - Pabst, G. - Ollila, O. H. S.
Quantitative Comparison against Experiments Reveals Imperfections in Force Fields’ Descriptions of POPC-Cholesterol Interactions.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 19, č. 18 (2023), s. 6342-6352. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * lipid-bilayer structure * small-angle neutron
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.5, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jctc.3c00648
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0345487 - 7.0574950 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Qiu, D. - Cheng, M. - Stadlbauer, Petr - Chen, J. - Langer, M. - Zhang, X. - Gao, Q. - Ju, H. - Šponer, Jiří - Mergny, Jean-Louis - Monchaud, D. - Zhou, J.
Topology of DNA G-Quadruplexes Can Be Harnessed in Holliday Junction-Based DNA Suprastructures to Control and Optimize Their Biocatalytic Properties.
ACS Catalysis. Roč. 13, č. 16 (2023), s. 10722-10733. ISSN 2155-5435. E-ISSN 2155-5435
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA21-23718S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: G-quadruplex * DNAzyme * Holliday junction * molecular dynamics simulations * catalytic mechanism
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 12.9, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscatal.3c02818
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0349523 - 8.0574796 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Maltarollo, V. G. - da Silva, E. B. - Kronenberger, T. - Andrade, M. M. S. - de Lima Marques, G. V. - Oliveira, N. J. C. - Santos, L. H. - de Oliveira Rezende Júnior, C. - Martinho, A. C. C. - Skinner, D. - Fajtová, Pavla - Fernandes, T. H. M. - da Silveira dos Santos, E. - Gazolla, P. A. R. - de Souza, A. P. M. - da Silva, M. L. - dos Santos, F. S. - Lavorato, S. N. - Bretas, A. C. O. - Carvalho, D. T. - Franco, L. L. - Luedtke, S. - Giardini, M. A. - Poso, A. - Dias, L. C. - Podust, L. M. - Alves, R. J. - McKerrow, J. - Andrade, S. F. - Teixeira, R. R. - Siqueira-Neto, J. L. - O'Donoghue, A. - de Oliveira, R. B. - Ferreira, R. S.
Structure-based discovery of thiosemicarbazones as SARS-CoV-2 main protease inhibitors.
Future Medicinal Chemistry. Roč. 15, č. 11 (2023), s. 959-985. ISSN 1756-8919. E-ISSN 1756-8927
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: computer-aided drug design * coronavirus * molecular docking * molecular dynamics simulations * Mpro * protease inhibitors * SARS-CoV-2 * virtual screening
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.2, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.4155/fmc-2023-0034
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0344832 - 9.0574520 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Love, O. - Galindo-Murillo, R. - Zgarbová, M. - Šponer, Jiří - Jurečka, P. - Cheatham III, T. E.
Assessing the Current State of Amber Force Field Modifications for DNA ,2023 Edition.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 19, č. 13 (2023), s. 4299-4307. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-23718S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS * PARTICLE MESH EWALD * NUCLEIC-ACIDS
Obor OECD: Atomic, molecular and chemical physics (physics of atoms and molecules including collision, interaction with radiation, magnetic resonances, Mössbauer effect)
Impakt faktor: 5.5, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.3c00233
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0350087 - 10.0574386 - ÚT 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Aminian, Ali - Vinš, Václav
Molecular simulations of transport properties of polar hydrofluoroethers: Force field development, fractional Stokes-Einstein and free volume relations.
Journal of Molecular Liquids. Roč. 389, November (2023), č. článku 122847. ISSN 0167-7322. E-ISSN 1873-3166
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-03380S
Institucionální podpora: RVO:61388998
Klíčová slova: molecular dynamics simulations * transport properties * hydrofluoroether * free volume * stokes-einstein
Obor OECD: Thermodynamics
Impakt faktor: 6, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167732223016525?via%3Dihub
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0349188