Výsledky vyhledávání
- 1.0373418 - BFÚ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Špačková, Naďa - Réblová, Kamila - Šponer, Jiří
Structural dynamics of the box C/D RNA Kink-Turn and its complex with proteins: The role of the A-minor 0 interaction, long-residency water bridges, and structural ion-binding sites revealed by molecular simulations.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 114, č. 32 (2010), s. 10581-10593. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030
Klíčová slova: RNA-protein complex * molecular dynamics * kink-turn
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.603, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0006882 - 2.0370696 - BFÚ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Réblová, Kamila - Šponer, Judit E. - Špačková, Naďa - Beššeová, Ivana - Šponer, Jiří
A-minor tertiary interactions in RNA kink-turns. Molecular dynamics and quantum chemical analysis.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 115, č. 47 (2011), s. 13897-13910. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA AV ČR(CZ) KJB400040901; GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA ČR(CZ) GD203/09/H046; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GAP208/10/2302; GA MŠMT(CZ) LC06030
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: molecular dynamics * RNA * kink turn
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.696, rok: 2011
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0006793 - 3.0370399 - BFÚ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Sklenovský, P. - Florová, P. - Banáš, P. - Réblová, Kamila - Lankaš, Filip - Otyepka, M. - Šponer, Jiří
Understanding RNA flexibility using explicit solvent simulations: The ribosomal and group I intron reverse kink-turn motifs.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 7, č. 9 (2011), s. 2963-2980. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GD203/09/H046; GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA MŠMT(CZ) LC512; GA AV ČR(CZ) KJB400040901; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822; GA MŠMT(CZ) LC06030
Grant ostatní: GA ČR(CZ) GPP301/11/P558
Program: GP
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702; CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: reverse kink-turn * simulation * flexibility
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.215, rok: 2011
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0204220 - 4.0347728 - BFÚ 2011 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Špačková, Naďa - Réblová, Kamila - Šponer, Jiří
Structural dynamics of the box C/D RNA Kink-Turn and its complex with proteins: The role of the A-minor 0 interaction, long-residency water bridges, and structural ion-binding sites revealed by molecular simulations.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 114, č. 32 (2010), s. 10581-10593. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) KJB400040901; GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA ČR(CZ) GA203/09/1476
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: RNA-protein complex * molecular dynamics * kink-turn
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.603, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0006032 - 5.0039256 - BFÚ 2007 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Rázga, Filip - Zacharias, M. - Réblová, Kamila - Koča, J. - Šponer, Jiří
RNA Kink-turns as molecular elbows: Hydration, cation binding, and large-scale dynamics.
[RNA Kink-turny jako molekulární klouby: Hydratace, vázání kationů a rozsáhlá dynamika.]
Structure. Roč. 14, č. 5 (2006), s. 825-835. ISSN 0969-2126. E-ISSN 1878-4186
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA203/05/0388; GA ČR(CZ) GA203/05/0009; GA MŠMT(CZ) LC512; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: molecular dynamics * Kink-turn motif * ribosome dynamics
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.738, rok: 2006
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0133399 - 6.0029357 - BFÚ 2006 CZ eng A - Abstrakt
Rázga, Filip - Zacharias, Martin - Réblová, Kamila - Koča, Jaroslav - Šponer, Jiří
RNA Kink-turns as flexible molecular elbows relevant to ribosome function.
[RNA Kink-turn motivy jako flexibilní molekulární klouby důležité pro funkci ribozómu.]
Abstracts. Brno, 2005. s. 17.
[Konference mladých vědeckých pracovníků "Strukturní biofyzika makromolekul". 16.12.2005]
Grant CEP: GA ČR(CZ) GD204/03/H016
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507
Klíčová slova: RNA Kink turn * RNA flexibility * ribosome function
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0119211 - 7.0024076 - BFÚ 2006 RIV CZ eng J - Článek v odborném periodiku
Rázga, Filip - Špačková, Naďa - Réblová, K. - Koča, J. - Leontis, Neocles B. - Šponer, Jiří
Ribosomal RNA Kink-turn motif - a flexible molecular hinge.
[Ribozomální Kink-turn motiv - flexibilní molekulární klb.]
Materials Structure. Roč. 12, č. 1 (2005), s. 38-38. ISSN 1211-5894.
[Setkání českých a slovenských strukturních biologů 2005. Nové Hrady, 15.09.2005-20.09.2005]
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507
Klíčová slova: Kink-turn motif
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0114679