Výsledky vyhledávání
- 1.0540713 - BFÚ 2021 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří - Islam, B. - Stadlbauer, Petr - Haider, S.
Molecular dynamics simulations of G-quadruplexes: The basic principles and their application to folding and ligand binding.
Annual Reports in Medicinal Chemistry. Roč. 54, č. 2020 (2020), s. 197-241. ISSN 0065-7743
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: telomeric g-quadruplex * free-energy calculations * amber force-field * quantum-chemical computations * replica-exchange
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 1.059, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0065774320300154?via%3Dihub
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0318331 - 2.0504470 - ÚOCHB 2020 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Jakubec, Dávid - Vondrášek, Jiří
Can All-Atom Molecular Dynamics Simulations Quantitatively Describe Homeodomain-DNA Binding Equilibria?
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 15, č. 4 (2019), s. 2635-2648. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA MŠMT(CZ) LM2015047
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: free energy calculations * particle mesh Ewald * force field
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.011, rok: 2019
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.8b01144
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0296094 - 3.0492310 - BFÚ 2019 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří - Bussi, G. - Krepl, Miroslav - Banáš, P. - Bottaro, S. - Cunha, R.A. - Gil-Ley, A. - Pinamonti, G. - Poblete, S. - Juračka, P. - Walter, N. G. - Otyepka, M.
RNA Structural Dynamics As Captured by Molecular Simulations: A Comprehensive Overview.
Chemical Reviews. Roč. 118, č. 8 (2018), s. 4177-4338. ISSN 0009-2665. E-ISSN 1520-6890
Grant CEP: GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: hepatitis-delta-virus * free-energy calculations * amber force-field * 5s ribosomal-rna
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 54.301, rok: 2018
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.chemrev.7b00427
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0285837 - 4.0478161 - ÚOCHB 2018 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Duboué-Dijon, Elise - Pluhařová, E. - Domin, D. - Sen, K. - Fogarty, A. C. - Chéron, N. - Laage, D.
Coupled Valence-Bond State Molecular Dynamics Description of an Enzyme-Catalyzed Reaction in a Non-Aqueous Organic Solvent.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 121, č. 29 (2017), s. 7027-7041. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: free energy calculations * purine nucleoside phosphorylase * ab initio calculations
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.146, rok: 2017
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0274350 - 5.0464393 - ÚFM 2017 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Střelcová, Z. - Kulhánek, P. - Friák, Martin - Fabritius, H. - Petrov, M. - Neugebauer, J. - Koča, J.
The structure and dynamics of chitin nanofibrils in an aqueous environment revealed by molecular dynamics simulations.
RSC Advances. Roč. 6, č. 36 (2016), s. 30710-30721. E-ISSN 2046-2069
Institucionální podpora: RVO:68081723
Klíčová slova: FREE-ENERGY CALCULATIONS * PARTICLE MESH EWALD * ALPHA-CHITIN * CRYSTAL-STRUCTURE * INSECT CHITIN * SURFACE-AREA * AB-INITIO
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.108, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0263449 - 6.0463863 - ÚOCHB 2017 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Wu, Tao - Kessler, Jiří - Bouř, Petr
Chiral sensing of amino acids and proteins chelating with Eu-III complexes by Raman optical activity spectroscopy.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 18, č. 34 (2016), s. 23803-23811. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA ČR(CZ) GJ16-08764Y; GA ČR(CZ) GA16-05935S; GA ČR GA15-09072S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: circularly polarized luminescence * D-3 lanthanine(III) complexes * free energy calculations
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 4.123, rok: 2016
http://pubs.rsc.org/en/content/articlehtml/2016/cp/c6cp03968e
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0262953 - 7.0435514 - ÚOCHB 2015 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kohagen, Miriam - Lepšík, Martin - Jungwirth, Pavel
Calcium binding to calmodulin by molecular dynamics with effective polarization.
Journal of Physical Chemistry Letters. Roč. 5, č. 22 (2014), s. 3964-3969. ISSN 1948-7185
Grant CEP: GA ČR GBP208/12/G016; GA MŠMT LH12001
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: EF-hand motif * free energy calculations * charge scaling * calcium-binding protein * umbrella sampling
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 7.458, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0239676 - 8.0392599 - BFÚ 2014 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Krepl, Miroslav - Otyepka, M. - Banáš, Pavel - Šponer, Jiří
Effect of Guanine to Inosine Substitution on Stability of Canonical DNA and RNA Duplexes: Molecular Dynamics Thermodynamics Integration Study.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 117, č. 6 (2013), s. 1872-1879. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Grant ostatní: GA ČR(CZ) GPPP301/11/P558; GA MŠk(CZ) ED1.1.00/02.0068
Program: ED
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: FREE-ENERGY CALCULATIONS * PARTICLE MESH EWALD * ACID BASE-PAIRS
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.377, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0221416 - 9.0359496 - ÚVGZ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Strawn, R. - Melicherčík, Milan - Green, M. - Stockner, T. - Carey, J. - Ettrich, Rüdiger
Symmetric Allosteric Mechanism of Hexameric Escherichia coli Arginine Repressor Exploits Competition between L-Arginine Ligands and Resident Arginine Residues.
PLoS Computational Biology. Roč. 6, č. 6 (2010), s. 1-12. ISSN 1553-734X. E-ISSN 1553-7358
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06010; GA ČR GAP207/10/1934
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z60870520
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * free-energy calculations * structural basis * DNA-binding domain * bacillus-stearothermophilus * T4 lysozyme * proteins * hemoglobin * model * affinity
Kód oboru RIV: EH - Ekologie - společenstva
Impakt faktor: 5.515, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0197277