Výsledky vyhledávání
- 1.0547429 - MBÚ 2022 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Shaposhnikova, Anastasiia - Kutý, M. - Chaloupková, R. - Damborský, J. - Smatanová, I.K. - Minofar, Babak - Prudnikova, T.
Stabilization of Haloalkane Dehalogenase Structure by Interfacial Interaction with Ionic Liquids.
Crystals. Roč. 11, č. 9 (2021), č. článku 1052. ISSN 2073-4352. E-ISSN 2073-4352
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2015047
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140; RECETOX RI - 90121
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: haloalkane dehalogenase (HLD) * ionic liquids (ILs) * molecular dynamics (MD) simulations * protein stability * 2-hydroxyethylammonium acetate ([ETA][ACC]) * 1-butyl-3-methylimidazolium methyl sulfate ([EMIM][CHS])
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 2.670, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/2073-4352/11/9/1052
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0323664 - 2.0539596 - ÚMG 2021 RIV SE eng J - Článek v odborném periodiku
Marek, M. - Chaloupková, R. - Prudnikova, T. - Sato, Y. - Řezáčová, Pavlína - Nagata, Y. - Smatanová, I.K. - Damborský, J.
Structural and catalytic effects of surface loop-helix transplantation within haloalkane dehalogenase family.
Computational and Structural Biotechnology Journal. Roč. 18, June (2020), s. 1352-1362. ISSN 2001-0370. E-ISSN 2001-0370
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: Haloalkane dehalogenase (HLD) * Biocatalysis * Loop-helix transplantation * X-ray crystallography * Enantioselectivity * Access tunnel * Enzyme engineering * Protein design
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 7.271, rok: 2020
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037020302828?via%3Dihub
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0317304 - 3.0520840 - MBÚ 2020 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Chrást, L. - Tratsiak, K. - Planas-Iglesias, J. - Daniel, L. - Prudnikova, Tatyana - Brezovský, J. - Bednář, D. - Kutá Smatanová, Ivana - Chaloupková, R. - Dambrovský, J.
Deciphering the Structural Basis of High Thermostability of Dehalogenase from Psychrophilic Bacterium Marinobacter sp. ELB17.
Microorganisms. Roč. 7, č. 11 (2019), č. článku 498. E-ISSN 2076-2607
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2015055
Výzkumná infrastruktura: C4SYS - 90055; RECETOX II - 90051; ELIXIR-CZ - 90047; CESNET II - 90042; CERIT-SC - 90085
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: haloalkane dehalogenase * thermostability * psychrophile
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.152, rok: 2019
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/2076-2607/7/11/498
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0305501 - 4.0511267 - ÚOCHB 2020 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Chrást, L. - Tratsiak, Katsiaryna - Planas-Iglesias, J. - Daniel, L. - Prudnikova, T. - Brezovský, J. - Bednář, D. - Kutá Smatanová, I. - Chaloupková, R. - Damborský, J.
Deciphering the Structural Basis of High Thermostability of Dehalogenase from Psychrophilic Bacterium Marinobacter sp. ELB17.
Microorganisms. Roč. 7, č. 11 (2019), č. článku 498. E-ISSN 2076-2607
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2015047
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: haloalkane dehalogenase * thermostability * psychrophile * access tunnel * dimer * catalytic pentad * enantiselectivity
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.152, rok: 2019
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/2076-2607/7/11/498
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0301587 - 5.0508541 - MBÚ 2020 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Prudnikova, Tatyana - Kascaková, B. - Mesters, J. R. - Grinkevich, P. - Havlíčková, P. - Mazur, Andrii - Shaposhnikova, Anastasiia - Chaloupková, R. - Dambrovský, J. - Kutý, Michal - Kutá Smatanová, Ivana
Crystallization and Crystallographic Analysis of a Bradyrhizobium Elkanii USDA94 Haloalkane Dehalogenase Variant with an Eliminated Halide-Binding Site.
Crystals. Roč. 9, č. 7 (2019), č. článku 375. ISSN 2073-4352. E-ISSN 2073-4352
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2015055
Grant ostatní: AV ČR(CZ) DAAD-16-09
Program: Bilaterální spolupráce
Výzkumná infrastruktura: C4SYS - 90055
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: Haloalkane dehalogenase * halide-binding site * random microseeding
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 2.404, rok: 2019
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/2073-4352/9/7/375
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0299416Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 190_Crystallization and Crystallographic Analysis of a.pdf 2 3.2 MB Vydavatelský postprint vyžádat - 6.0505903 - ÚMG 2020 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Tratsiak, K. - Prudnikova, Tatyana - Drienovská, I. - Damborský, J. - Brynda, Jiří - Pachl, P. - Kutý, Michal - Chaloupková, R. - Řezáčová, Pavlína - Kutá Smatanová, Ivana
Crystal structure of the cold-adapted haloalkane dehalogenase DpcA from Psychrobacter cryohalolentis K5.
Acta Crystallographica Section F-Structural Biology Communications. Roč. 75, Pt 5 (2019), s. 324-331. E-ISSN 2053-230X
Institucionální podpora: RVO:68378050 ; RVO:61388971
Klíčová slova: haloalkane dehalogenase * alpha/beta-hydrolase * X-ray diffraction * psychrophiles * structural analysis * Psychrobacter cryohalolentis
Obor OECD: Biophysics; Biochemistry and molecular biology (MBU-M)
Impakt faktor: 0.968, rok: 2019
Způsob publikování: Omezený přístup
http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S2053230X19002796
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0297526 - 7.0505284 - ÚOCHB 2020 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Tratsiak, Katsiaryna - Prudnikova, T. - Drienovská, I. - Damborský, J. - Brynda, Jiří - Pachl, Petr - Kutý, M. - Chaloupková, R. - Řezáčová, Pavlína - Kutá Smatanová, I.
Crystal structure of the cold-adapted haloalkane dehalogenase DpcA from Psychrobacter cryohalolentis K5.
Acta Crystallographica Section F-Structural Biology Communications. Roč. 75, č. 5 (2019), s. 324-331. E-ISSN 2053-230X
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: haloalkane dehalogenase * alpha/beta-hydrolase * X-ray diffraction * psychrophiles * structural analysis * Psychrobacter cryohalolentis
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 0.968, rok: 2019
Způsob publikování: Omezený přístup
http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S2053230X19002796
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0296758 - 8.0477522 - MBÚ 2018 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Kotík, Michael - Vaňáček, P. - Kuňka, A. - Prokop, Z. - Dambrovský, J.
Metagenome-derived haloalkane dehalogenases with novel catalytic properties.
Applied Microbiology and Biotechnology. Roč. 101, č. 16 (2017), s. 6385-6397. ISSN 0175-7598. E-ISSN 1432-0614
Grant CEP: GA ČR GAP504/10/0137; GA MŠMT(CZ) LM2015047; GA MŠMT(CZ) LM2015055
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: Haloalkane dehalogenase * Metagenomic DNA * Heterologous production
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.340, rok: 2017
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0273853 - 9.0462186 - ÚVGZ 2017 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Bidmanová, Š. - Kotlanova, M. - Rataj, Tomáš - Damborský, J. - Trtílek, M. - Prokop, Z.
Fluorescence-based biosensor for monitoring of environmental pollutants: From concept to field application.
Biosensors and Bioelectronics. Roč. 84, oct (2016), s. 97-105. ISSN 0956-5663. E-ISSN 1873-4235
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) LO1214
Výzkumná infrastruktura: CzeCOS II - 90061
Institucionální podpora: RVO:67179843
Klíčová slova: dehydrochlorinase * environmental monitoring * field-testing * haloalkane dehalogenase * Halogenated pollutant * optical biosensor
Kód oboru RIV: EH - Ekologie - společenstva
Impakt faktor: 7.780, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0261685 - 10.0433504 - ÚOCHB 2015 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Hnízda, Aleš - Skleničková, Radka - Pachl, Petr - Fábry, Milan - Tošner, Z. - Brynda, Jiří - Veverka, Václav
Backbone resonance assignments of human cytosolic dNT-1 nucleotidase.
Biomolecular NMR Assignments. Roč. 8, č. 2 (2014), s. 425-428. ISSN 1874-2718. E-ISSN 1874-270X
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LK11205; GA ČR GA203/09/0820
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:68378050
Klíčová slova: 5 '-nucleotidase * haloacid dehalogenase superfamily * backbone assignments * NMR * perdeuterated protein * dimer * pyrimidine nucleotides
Kód oboru RIV: CE - Biochemie; EB - Genetika a molekulární biologie (UMG-J)
Impakt faktor: 0.760, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0237785