Výsledky vyhledávání
- 1.0555405 - BFÚ 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mráziková, Klaudia - Šponer, Jiří - Mlýnský, Vojtech - Auffinger, P. - Kruse, Holger
Short-Range Imbalances in the AMBER Lennard-Jones Potential for (Deoxy)Ribose center dot center dot center dot Nucleobase Lone-Pair center dot center dot center dot pi Contacts in Nucleic Acids.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 61, č. 11 (2021), s. 5644-5657. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA21-23718S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * polarizable force-field * basis-sets * base stacking * b-dna
Obor OECD: Pharmacology and pharmacy
Impakt faktor: 6.162, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.1c01047
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0329926 - 2.0386045 - BFÚ 2013 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Morgado, C.A. - Svozil, D. - Turner, D.H. - Šponer, Jiří
Understanding the role of base stacking in nucleic acids. MD and QM analysis of tandem GA base pairs in RNA duplexes.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 14, č. 36 (2012), s. 12580-12591. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: GA base pairs * base stacking * RNA duplexes
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.829, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0220147 - 3.0364076 - ÚOCHB 2012 CZ eng A - Abstrakt
Benda, Ladislav - Tanaka, Y. - Sychrovský, Vladimír - Straka, Michal
Metallophilic HgII...HgII interactions in nucleic acids.
Modeling Interactions in Biomolecules 5. Praha: Matfyzpress, 2011 - (Burda, J.). s. 62-62. ISBN 978-80-7378-180-4.
[Modeling Interactions in Biomolecules /5./. 04.09.2011-09.09.2011, Kutná Hora]
Grant CEP: GA ČR GA203/09/2037; GA ČR GAP205/10/0228
Grant ostatní: European Reintegration Grant(XE) 230955
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: metallophilic HgII...HgII interactions * metallophilic interactions * base stacking * nucleic acids
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0199652 - 4.0308919 - BFÚ 2008 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří - Riley, K.E. - Hobza, Pavel
Nature and magnitude of aromatic stacking of nucleic acid bases.
[Povaha a velikost aromatického stackingu v bázích nukleových kyselin.]
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 10, č. 19 (2008), s. 2595-2610. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA AV ČR(CZ) IAA400550510
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702; CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: quantum chemical calculations * base-stacking * DNA
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 4.064, rok: 2008
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0161222 - 5.0126910 - BFU-R 20023212 US eng A - Abstrakt
Šponer, Jiří
Molecular interactions of nucleic acid bases. From ab initio calculations to molecular dynamics simulations.
Abstracts of papers - American Chemical Society. Roč. 223, - (2002), s. 212. ISSN 0065-7727.
[Annual Meeting of the American Chemistry Society /223./. 07.04.2002-11.04.2002, Orlando]
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z5004920
Klíčová slova: quantum chemistry * base pairing * base stacking
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0025137 - 6.0126907 - BFU-R 20023209 CZ eng A - Abstrakt
Šponer, Jiří
Current trends in computational studies of nucleic acids.
Chemometrics VI: Abstracts Book. Brno: Masarykova univerzita, 2002. s. 16. ISBN 80-210-2918-8.
[Chemometrics /4./: International Chemometric Conference. 01.09.2002-05.09.2002, Brno]
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z5004920
Klíčová slova: quantum chemistry * base pairing * base stacking
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0025134 - 7.0125554 - BFU-R 950066 SIGLE CZ eng A - Abstrakt
Šponer, Jiří - Hobza, Pavel
Theoretical investigation on hydrogen-bonded and stacked complexes of DNA bases.
Workshop. Physics, chemistry and application of molecular systems. Brno: Masarykova universita, 1995. s. 89-91.
[Workshop. Physics, chemistry and applications of molecular systems. 01.06.1995, Brno]
Klíčová slova: biomolecular interactions * DNA base stacking * base pairing * ab initio * molecular modeling
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0023807 - 8.0043319 - BFÚ 2007 RIV NL eng M - Část monografie knihy
Šponer, Jiří - Jurečka, Petr - Hobza, Pavel
Base stacking and base pairing. Advanced quantum chemical studies.
[Stackování a párování bází. Pokročilé kvantově-chemické studie.]
Molecular dynamics simulations of nucleic acids. MD simulations of G-DNA and functional RNAs. Springer, 2006 - (Šponer, J.; Lankaš, F.), s. 343-388. ISBN 1-4020-4794-0
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: base pairs * base stacking * quantum chemical calculations
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0136341 - 9.0024192 - BFÚ 2006 US eng A - Abstrakt
Šponer, Jiří - Jurečka, Petr - Hobza, Pavel
Accurate interaction energies of base pairing and base stacking.
[Přesné interakční energie párů bází a stackingu bází.]
Book of Abstracts. Jackson, 2005. s. 166.
[14th Conference on Current Trends in Computational Chemistry 2005. 04.11.2005-05.11.2005, Jackson]
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507
Klíčová slova: RI-MP2 * base pairing * base stacking
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0114775 - 10.0020723 - BFÚ 2006 US eng A - Abstrakt
Šponer, Jiří - Jurečka, Petr - Hobza, Pavel
Accurate interaction energies of base pairing and base stacking. The final chapter.
[Přesné interakční energie párování bází a stack-ingu. Poslední kapitola.]
Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. Taylor & Francis. Roč. 22, č. 6 (2005), s. 767. ISSN 0739-1102.
[Albany 2005. Conversation /14./. 14.06.2005-18.06.2005, Albany]
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507
Klíčová slova: base pairing * base stacking * nucleic acids
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0109781