Výsledky vyhledávání
- 1.0569227 - BFÚ 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Pokorná, Pavlína - Krepl, Miroslav - Campagne, S. - Šponer, Jiří
Conformational Heterogeneity of RNA Stem-Loop Hairpins Bound to FUS-RNA Recognition Motif with Disordered RGG Tail Revealed by Unbiased Molecular Dynamics Simulations.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 126, č. 45 (2022), s. 9207-9221. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-16554S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: FORCE-FIELD * NUCLEIC-ACIDS * AMBER * BACKBONE * BINDING
Obor OECD: Clinical neurology
Impakt faktor: 3.3, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.2c06168
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340609 - 2.0562866 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Fukal, Jiří - Zgarbová, M. - Jurečka, P. - Šebera, Jakub - Sychrovský, Vladimír
Probabilistic Interpretation of NMR J-Couplings Determines BI-BII State Equilibria in DNA.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 18, č. 11 (2022), s. 6989-6999. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-13436S
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecular dynamics simulations * phosphorus chemical shifts * nucleic acid backbone
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 5.5, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.jctc.2c00733
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0335048 - 3.0560034 - BC 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Bensaoud, Chaima - Tenzer, S. - Poplawski, A. - Medina, J.M. - Jmel, Mohamed Amine - Voet, Hanne - Mekki, Imen - Aparicio-Puerta, E. - Cuveele, Brent - Distler, U. - Marini, F. - Hackenberg, M. - Kotsyfakis, Michalis
Quantitative proteomics analysis reveals core and variable tick salivary proteins at the tick-vertebrate host interface.
Molecular Ecology. Roč. 31, č. 15 (2022), s. 4162-4175. ISSN 0962-1083. E-ISSN 1365-294X
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF20_079/0017809; GA ČR(CZ) GA19-07247S
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: backbone proteome * humoral recognition * Ixodes ricinus * proteome * saliva * tick-host interface
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.9, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/mec.16561
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0339021 - 4.0555372 - BC 2022 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Hejduk, Libor - Rathner, P. - Strnad, Martin - Grubhoffer, Libor - Štěrba, J. - Rego, Ryan O. M. - Müller, N. - Rathner, A.
Resonance assignment and secondary structure of DbpA protein from the European species, Borrelia afzelii.
Biomolecular NMR Assignments. Roč. 15, č. 2 (2021), s. 415-420. ISSN 1874-2718. E-ISSN 1874-270X
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LTARF18021; GA ČR(CZ) GA18-27204S; GA MŠMT(CZ) 8J20AT024
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: decorin-binding-protein * burgdorferi * backbone * NMR resonance assignment * Decorin-binding proteins * Borrelia afzelii
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 0.731, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://link.springer.com/article/10.1007/s12104-021-10039-2
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0329889 - 5.0476549 - BFÚ 2018 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Zgarbová, M. - Jurečka, P. - Banáš, P. - Havrila, Marek - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
Noncanonical alpha/gamma Backbone Conformations in RNA and the Accuracy of Their Description by the AMBER Force Field.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 121, č. 11 (2017), s. 2420-2433. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * sugar-phosphate backbone * free-energy landscape * ribosomal-rna
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.146, rok: 2017
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0273031 - 6.0475163 - ÚOCHB 2018 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Páv, Ondřej - Barvík, I. - Liboska, Radek - Petrová, Magdalena - Šimák, Ondřej - Rosenbergová, Šárka - Novák, Pavel - Buděšínský, Miloš - Rosenberg, Ivan
Tuning the hybridization properties of modified oligonucleotides: from flexible to conformationally constrained phosphonate internucleotide linkages.
Organic & Biomolecular Chemistry. Roč. 15, č. 3 (2017), s. 701-707. ISSN 1477-0520. E-ISSN 1477-0539
Grant CEP: GA ČR GA13-26526S; GA MZd NV15-31604A
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecular dynamics simulations * sugar phosphate backbone * nucleic acid recognition
Obor OECD: Organic chemistry
Impakt faktor: 3.423, rok: 2017
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0272011 - 7.0471360 - BFÚ 2017 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kadeřávek, Pavel - Zapletal, V. - Fiala, R. - Srb, P. - Padrta, P. - Přecechtělová, J. - Šoltésová, M. - Kowalewski, J. - Widmalm, G. - Chmelík, Josef - Sklenář, V. - Žídek, L.
Spectral density mapping at multiple magnetic fields suitable for C-13 NMR relaxation studies.
Journal of Magnetic Resonance. A. Roč. 266, MAY2016 (2016), s. 23-40. ISSN 1064-1858
Institucionální podpora: RVO:68081707 ; RVO:61388971
Klíčová slova: molecular-orbital methods * protein backbone dynamics
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika; EE - Mikrobiologie, virologie (MBU-M)
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0268748 - 8.0455892 - BFÚ 2016 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kruse, H. - Mládek, Arnošt - Gkionis, Konstantinos - Hansen, A. - Grimme, S. - Šponer, Jiří
Quantum Chemical Benchmark Study on 46 RNA Backbone Families Using a Dinucleotide Unit.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 11, č. 10 (2015), s. 4972-4991. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS * DENSITY-FUNCTIONAL THEORY * SUGAR-PHOSPHATE BACKBONE
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.301, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0256498 - 9.0446303 - BFÚ 2016 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Estarellas, C. - Otyepka, M. - Koča, J. - Banáš, P. - Krepl, Miroslav - Šponer, Jiří
Molecular dynamic simulations of protein/RNA complexes: CRISPR/Csy4 endoribonuclease.
Biochimica et Biophysica Acta-General Subjects. Roč. 1850, č. 5 (2015), s. 1072-1090. ISSN 0304-4165. E-ISSN 1872-8006
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/12/1878; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0068
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: CLASSICAL DRUDE OSCILLATOR * SUGAR-PHOSPHATE BACKBONE * POLARIZABLE FORCE-FIELD
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.083, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0248299 - 10.0442416 - BFÚ 2015 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Kruse, H. - Šponer, Jiří
Towards biochemically relevant QM computations on nucleic acids: controlled electronic structure geometry optimization of nucleic acid structural motifs using penalty restraint functions.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 17, č. 2 (2015), s. 1399-1410. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Klíčová slova: QUANTUM-CHEMICAL COMPUTATIONS * SUGAR-PHOSPHATE BACKBONE * B-DNA
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 4.449, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0245235