Výsledky vyhledávání
- 1.0571531 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kührová, P. - Mlýnský, Vojtech - Otyepka, M. - Šponer, Jiří - Banáš, P.
Sensitivity of the RNA Structure to Ion Conditions as Probed by Molecular Dynamics Simulations of Common Canonical RNA Duplexes.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 63, č. 7 (2023), s. 2133-2146. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: AMBER FORCE-FIELD * NUCLEIC-ACIDS * CATION-BINDING
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.2c01438
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0346082 - 2.0555379 - BFÚ 2022 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Szabla, R. - Zdrowowicz, M. - Spisz, P. - Green, N. - Stadlbauer, Petr - Kruse, Holger - Šponer, Jiří - Rak, J.
2,6-diaminopurine promotes repair of DNA lesions under prebiotic conditions.
Nature Communications. Roč. 12, č. 1 (2021), č. článku 3018. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-23718S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: excited-state dynamics * cyclobutane pyrimidine dimers * charge-transfer states * amber force-field * molecular-dynamics
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 17.694, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41467-021-23300-y.pdf
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0329897 - 3.0554847 - BFÚ 2022 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Kejnovská, Iva - Stadlbauer, Petr - Trantírek, L. - Renčiuk, Daniel - Gajarský, M. - Krafčík, D. - Palacký, Jan - Bednářová, Klára - Šponer, Jiří - Mergny, Jean-Louis - Vorlíčková, Michaela
G-Quadruplex Formation by DNA Sequences Deficient in Guanines: Two Tetrad Parallel Quadruplexes Do Not Fold Intramolecularly.
Chemistry - A European Journal. Roč. 27, č. 47 (2021), s. 12115-12125. ISSN 0947-6539. E-ISSN 1521-3765
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-17063S; GA ČR(CZ) GA20-20229S; GA ČR(CZ) GA21-23718S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: amber force-field * human telomere * molecular-dynamics * nucleic-acids * k+ solution * crystal-structure
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.020, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://chemistry-europe.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/chem.202100895
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0329475 - 4.0542802 - BFÚ 2022 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Zivkovic, M.L. - Gajarský, M. - Bekova, K. - Stadlbauer, Petr - Vicherek, L. - Petrová, Magdalena - Fiala, R. - Rosenberg, Ivan - Šponer, Jiří - Plavec, J. - Trantírek, L.
Insight into formation propensity of pseudocircular DNA G-hairpins.
Nucleic Acids Research. Roč. 49, č. 4 (2021), s. 2317-2332. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA17-12703S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707 ; RVO:61388963
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * g-quadruplex structure * amber force-field * g-triplex * folding pathways
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Biochemistry and molecular biology (UOCHB-X)
Impakt faktor: 19.160, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article/49/4/2317/6125665
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0320148 - 5.0540713 - BFÚ 2021 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří - Islam, B. - Stadlbauer, Petr - Haider, S.
Molecular dynamics simulations of G-quadruplexes: The basic principles and their application to folding and ligand binding.
Annual Reports in Medicinal Chemistry. Roč. 54, č. 2020 (2020), s. 197-241. ISSN 0065-7743
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: telomeric g-quadruplex * free-energy calculations * amber force-field * quantum-chemical computations * replica-exchange
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 1.059, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0065774320300154?via%3Dihub
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0318331 - 6.0518355 - BFÚ 2020 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Stadlbauer, Petr - Kührová, P. - Vicherek, L. - Banáš, Pavel - Otyepka, Michal - Trantírek, Lukáš - Šponer, Jiří
Parallel G-triplexes and G-hairpins as potential transitory ensembles in the folding of parallel-stranded DNA G-Quadruplexes.
Nucleic Acids Research. Roč. 47, č. 14 (2019), s. 7276-7293. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA16-13721S; GA ČR GA17-12075S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: telomeric g-quadruplex * amber force-field * monovalent ion parameters * single-molecule fret * particle mesh ewald * nucleic-acids
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 11.502, rok: 2019
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article-pdf/47/14/7276/29185953/gkz610.pdf
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0303512 - 7.0502248 - BFÚ 2019 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Islam, Barira - Stadlbauer, Petr - Krepl, Miroslav - Havrila, Marek - Haider, S. - Šponer, Jiří
Structural Dynamics of Lateral and Diagonal Loops of Human Telomeric G-Quadruplexes in Extended MD Simulations.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 14, č. 10 (2018), s. 5011-5026. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA16-13721S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: amber force-field * monovalent ion parameters * molecular-dynamics * nucleic-acids
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.313, rok: 2018
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294198 - 8.0495518 - BFÚ 2019 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Krepl, Miroslav - Voegele, J. - Kruse, Holger - Duchardt-Ferner, E. - Woehnert, J. - Šponer, Jiří
An intricate balance of hydrogen bonding, ion atmosphere and dynamics facilitates a seamless uracil to cytosine substitution in the U-turn of the neomycin-sensing riboswitch.
Nucleic Acids Research. Roč. 46, č. 13 (2018), s. 6528-6543. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GBP305/12/G034; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: trna(asp) anticodon hairpin * amber force-field * stem-loop-v * molecular-dynamics * watson-crick * transfer-rna * nucleic-acids * active-site * base-pairs * rapid identification
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 11.147, rok: 2018
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0288484 - 9.0492425 - BFÚ 2019 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Szabla, Rafal - Kruse, Holger - Stadlbauer, Petr - Šponer, Jiří - Sobolewski, A. L.
Sequential electron transfer governs the UV-induced self-repair of DNA photolesions.
Chemical Science. Roč. 9, č. 12 (2018), s. 3131-3140. ISSN 2041-6520. E-ISSN 2041-6539
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA16-13721S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: amber force-field * molecular-dynamics simulations * excited-state dynamics * charge-transfer states
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 9.556, rok: 2018
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0285974 - 10.0492310 - BFÚ 2019 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří - Bussi, G. - Krepl, Miroslav - Banáš, P. - Bottaro, S. - Cunha, R.A. - Gil-Ley, A. - Pinamonti, G. - Poblete, S. - Juračka, P. - Walter, N. G. - Otyepka, M.
RNA Structural Dynamics As Captured by Molecular Simulations: A Comprehensive Overview.
Chemical Reviews. Roč. 118, č. 8 (2018), s. 4177-4338. ISSN 0009-2665. E-ISSN 1520-6890
Grant CEP: GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: hepatitis-delta-virus * free-energy calculations * amber force-field * 5s ribosomal-rna
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 54.301, rok: 2018
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.chemrev.7b00427
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0285837