Výsledky vyhledávání
- 1.0585201 - ÚMG 2025 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Sulimenko, Vadym - Sládková, Vladimíra - Sulimenko, Tetyana - Dráberová, Eduarda - Vosecká, Věra - Dráberová, Lubica - Skalli, O. - Dráber, Pavel
Regulation of microtubule nucleation in mouse bone marrow-derived mast cells by ARF GTPase-activating protein GIT2.
Frontiers in Immunology. Roč. 15, Feb (2024), č. článku 1321321. ISSN 1664-3224. E-ISSN 1664-3224
Grant CEP: GA MŠMT LX22NPO5102; GA ČR GA21-30281S; GA ČR(CZ) GA23-07736S; GA MŠMT LTAUSA19118; GA MŠMT(CZ) LUC23123; GA MŠMT(CZ) LM2023050
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: gamma-tubulin * kinase-c * immune-system * complexes * identification * degranulation * receptor * src * fyn * localization * mast cells * centrosome * G protein-coupled receptor kinase-interacting protein 2 (GIT2) * microtubule nucleation * protein kinase C (PKC)
Obor OECD: Immunology
Impakt faktor: 7.3, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.frontiersin.org/journals/immunology/articles/10.3389/fimmu.2024.1321321/full
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0352947 - 2.0584789 - ÚFE DATA Vědecká data 2024
Pandey, Saurabh K. - Cifra, Michal
Raw data of the molecular dynamics simulation trajectories and normal mode analyses of tubulin heterodimer A2205.
Popis: This dataset contains data from molecular dynamics (MD) simulations and normal mode analysis (NMA) performed on tubulin protein.
MD_parameters-structure.zip: Tubulin_dimer_model.pdb containing tubulin structure, .mdp files containing parameters for MD simulation and MD.xtc file containing the trajectory of 500ns long MD simulation.
NMA_parameters-structures.zip: .mdp files containing parameter files for NMA and five structure files as an example of each type of system containing protein with different water layers as .pdb files.
NMA was performed on five types of systems, containing different water shells around protein: protein with - no water, 3Å, 5Å, 8Å, and 10Å of water. One hundred calculations were performed for each type of system above. Results obtained and analyzed in NMA calculations are provided here: frequency and eigenvectors for first one thousand eigenmodes for each NMA calculation.
frequency_files.zip: contains five folders named as frequency_0A, frequency_3A, frequency_5A, frequency_8A, and frequency_10A for systems with no water, 3Å, 5Å, 8Å, and 10Å water layer around protein. Each of these folders contain one hundred .xvg files with frequencies of normal modes.
eigenvec-files_0A.zip: one hundred .trr files containing first one thousands eigenmodes obtained from NMA for systems with only protein (i.e. no water).
eigenvec-files_3A.zip: one hundred .trr files containing first one thousands eigenmodes obtained from NMA for systems with 3Å water layer around protein.
eigenvec-files_5A|_p1.zip: fifty .trr files containing first one thousands eigenmodes obtained from NMA for systems with 5Å water layer around protein.
eigenvec-files_5A|_p2.zip: fifty .trr files containing first one thousands eigenmodes obtained from NMA for systems with 5Å water layer around protein.
eigenvec-files_8A|_p1.zip: fifty .trr files containing first one thousands eigenmodes obtained from NMA for systems with 8Å water layer around protein.
eigenvec-files_8A|_p2.zip: fifty .trr files containing first one thousands eigenmodes obtained from NMA for systems with 8Å water layer around protein.
eigenvec-files_10A|_p1.zip: fifty .trr files containing first one thousands eigenmodes obtained from NMA for systems with 10Å water layer around protein.
eigenvec-files_10A|_p2.zip: fifty .trr files containing first one thousands eigenmodes obtained from NMA for systems with 10Å water layer around protein.
Klíčová slova: normal mode analysis * tubulin * subTHz * hydration shell
Obor OECD: Atomic, molecular and chemical physics (physics of atoms and molecules including collision, interaction with radiation, magnetic resonances, Mössbauer effect)
DOI: https://doi.org/10.57680/asep.0584789
Handle: https://hdl.handle.net/11104/0352684
Vkladatel: admin
Datum publikování: 4.4.2024
Licence: CC BY-NC-SA 4.0 - Uveďte původ + Neužívejte komerčně + Zachovejte licenci Mezinárodní licence
Název souboru Staženo Velikost Komentář Přístup MD_parameters-structure.zip Přehled souborů 2 44.5 GB povolen eigenvec-files_10A_p2.zip Přehled souborů 1 47.2 GB povolen eigenvec-files_10A_p1.zip Přehled souborů 2 43.2 GB povolen eigenvec-files_8A_p2.zip Přehled souborů 1 41.6 GB povolen eigenvec-files_8A_p1.zip Přehled souborů 1 38.2 GB povolen eigenvec-files_3A.zip Přehled souborů 1 48.8 GB povolen eigenvec-files_0A.zip Přehled souborů 1 31.2 GB povolen eigenvec-files_5A_p1.zip Přehled souborů 1 27.9 GB povolen eigenvec-files_5A_p2.zip Přehled souborů 1 34.1 GB povolen NMA_parameters-structures.zip Přehled souborů 1 2.2 MB povolen frequency_files.zip Přehled souborů 1 6.3 MB povolen Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-06873X; GA MŠMT(CZ) LM90254
Institucionální podpora: RVO:67985882 - 3.0583653 - BC 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Schwark, M. - Yerena, Jose Alberto Martinez - Roehrborn, K. - Hrouzek, P. - Divoká, P. - Štenclová, Lenka - Delawská, K. - Enke, H. - Vorreiter, C. - Wiley, F. - Sippl, W. - Sobotka, R. - Saha, S. - Wilde, S. B. - Mareš, Jan - Niedermeyer, T. H. J.
More than just an eagle killer: The freshwater cyanobacterium iAetokthonos hydrillicola/i produces highly toxic dolastatin derivatives.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Roč. 120, č. 40 (2023), č. článku e2219230120. ISSN 0027-8424. E-ISSN 1091-6490
Grant CEP: GA ČR(CZ) GC19-21649J
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: antineoplastic agents * anticancer * inhibition * tubulin * cyanotoxin * cytotoxicity * aetokthonostatin * dolastatin
Obor OECD: Marine biology, freshwater biology, limnology
Impakt faktor: 11.1, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1073/pnas.2219230120
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351681 - 4.0582359 - MBÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Schwark, M. - Martinez Yerena, Jose A. - Roehrborn, K. - Hrouzek, Pavel - Divoká, Petra - Štenclová, L. - Delawská, Kateřina - Enke, H. - Vorreiter, C. - Wiley, F. - Sippl, W. - Sobotka, Roman - Saha, Subhasish - Wilde, Susan B. - Mareš, Jan - Niedermeyer, T. H. J.
More than just an eagle killer: The freshwater cyanobacterium Aetokthonos hydrillicola produces highly toxic dolastatin derivatives.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Roč. 120, č. 40 (2023), č. článku e2219230120. ISSN 0027-8424. E-ISSN 1091-6490
Grant CEP: GA ČR(CZ) GC19-21649J
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: antineoplastic agents * marine * anticancer * analog * inhibition * tubulin * biosynthesis * efficacy * targets * binding * cyanotoxin * cytotoxicity * aetokthonostatin * dolastatin * biosynthesis
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 11.1, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2219230120
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0350572 - 5.0578923 - BTÚ 2024 RIV US eng M - Část monografie knihy
Mikešová, Jana - Ondráková, Markéta - Jelínková, Iva - Ptáček, Jakub - Nováková, Zora - Bařinka, Cyril
Determining Potency of Inhibitors Targeting Histone Deacetylase 6 by Quantification of Acetylated Tubulin in Cells.
HDAC/HAT Function Assessment and Inhibitor Development. Vol. 2589. New York: Springer Nature, 2023, s. 455-466. ISBN 978-1-0716-2788-4
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-31806S
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: Acetyl-histone * Acetyl-tubulin * Monoclonal antibody 6-11B-1 * Quantitative Western blotting
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
https://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-0716-2788-4_29
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0347838 - 6.0571903 - BC 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Tuska-Szalay, B. - Sipos, G. - Takács, N. - Kontschán, J. - Sándor, A. D. - Péter, Á. - Berta, K. - Kerek, A. - Jerzsele, A. - Votýpka, Jan - Hornok, S.
Molecular epidemiological study of Trichomonas gallinae focusing on central and southeastern Europe.
Frontiers in Veterinary Science. Roč. 9, DEC (2022), č. článku 1050561. E-ISSN 2297-1769
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: Trichomonadea * 18S rRNA gene * alpha-tubulin gene * Columbiformes * pigeon * dove
Obor OECD: Veterinary science
Impakt faktor: 3.2, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fvets.2022.1050561/full
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0342791 - 7.0571548 - BTÚ 2024 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Ptáček, Jakub - Šnajdr, Ivan - Schimer, Jiří - Kutil, Zsofia - Mikesova, Jana - Baranová, Petra - Havlínová, Barbora - Tueckmantel, W. - Majer, Pavel - Kozikowski, A. - Bařinka, Cyril
Selectivity of Hydroxamate- and Difluoromethyloxadiazole-Based Inhibitors of Histone Deacetylase 6 In Vitro and in Cells.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 24, č. 5 (2023), č. článku 4720. E-ISSN 1422-0067
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-31806S; GA MŠMT LX22NPO5102
Institucionální podpora: RVO:86652036 ; RVO:61388963
Klíčová slova: metallohydrolase * histone deacetylase * inhibitor profiling * tubulin * histone acetylation * nanoBRET
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1422-0067/24/5/4720
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0342903 - 8.0570259 - ÚFE 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Průša, Jiří - Cifra, Michal
Electro-detachment of kinesin motor domain from microtubule in silico.
Computational and Structural Biotechnology Journal. Roč. 21, FEB 2023 (2023), s. 1349-1361. ISSN 2001-0370. E-ISSN 2001-0370
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-06873X
Grant ostatní: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy - GA MŠk(CZ) LM2018140
Institucionální podpora: RVO:67985882
Klíčová slova: Electric field * Proteins * Tubulin * Microtubules * Molecular dynamics simulation
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 6, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0345167Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup UFE 0570259.pdf 3 7 MB Jiná vyžádat Vědecká data v ASEP:
Raw data for the paper Molecular dynamics simulation trajectories dataset of a kinesin on tubulin heterodimers in electric field A2103 - 9.0570212 - BTÚ 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Genova, M. - Gryčová, Lenka - Puttrich, Verena - Magiera, M. M. - Lánský, Zdeněk - Janke, C. - Braun, Marcus
Tubulin polyglutamylation differentially regulates microtubule-interacting proteins.
EMBO Journal. Roč. 42, č. 5 (2023). ISSN 0261-4189. E-ISSN 1460-2075
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX19-27477X; GA ČR(CZ) GA22-11753S; GA MŠMT(CZ) LM2015043; GA MŠMT(CZ) LM2018129; GA MŠMT(CZ) EF16_013/0001775
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: katanin * kinesin-1 * microtubule-associated Tau * microtubules * polyglutamylation * tubulin posttranslational modifications
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 11.4, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.embopress.org/doi/full/10.15252/embj.2022112101
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0342621 - 10.0568672 - ÚMG 2023 RIV CZ cze L - Prototyp, funkční vzorek
Dráber, Pavel
Prototyp iPCR detekční soupravy GST.
[GST iPCR detection set.]
Interní kód: TP01010060-V28 ; 2022
Technické parametry: Souprava pro detekci γ-tubulinu. Principem testu je imuno-PCR (iPCR) využívající protilátku GST. Detekční metoda, vhodná pro detekci nízkých koncentrací tubulinu v komplexních biologických vzorcích, je založená na dvojici protilátek specifických pro tubulin, z nichž jedna je značená biotinem. Využívá iPCR amplifikační systém, kde biotinylovaná protilátka je detegována pomocí extravidinu a biotinylovaných DNA molekul
Ekonomické parametry: Přínos vyšší desítky až nižší statisíce Kč ročně využitím vlastníkem
Grant CEP: GA TA ČR TP01010060
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: iPCR * tubulin * detection
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0339940