Výsledky vyhledávání
- 1.0558665 - MBÚ 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Surpeta, B. - Grulich, Michal - Palyzová, Andrea - Marešová, Helena - Brezovský, J.
Common Dynamic Determinants Govern Quorum Quenching Activity in N-Terminal Serine Hydrolases.
ACS Catalysis. Roč. 12, č. 11 (2022), s. 6359-6374. ISSN 2155-5435. E-ISSN 2155-5435
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: penicillin-g acylase * homoserine-lactone-acylase * antibiotic-resistance * molecular-dynamics * substrate-binding * qm/mm calculations * specificity * health * site * perspectives * quorum quenching * N-terminal serine hydrolase * acyl-homoserine lactone acylase * penicillin G acylase * qm * mm * molecular dynamics * reaction mechanism
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 12.9, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscatal.2c00569
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0332427 - 2.0541887 - BFÚ 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Zhang, Z. - Vogele, J. - Mráziková, Klaudia - Kruse, Holger - Cang, X. - Woehnert, J. - Krepl, Miroslav - Šponer, Jiří
Phosphorothioate Substitutions in RNA Structure Studied by Molecular Dynamics Simulations, QM/MM Calculations, and NMR Experiments.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 125, č. 3 (2021), s. 825-840. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-16554S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: RNA Structure * Molecular Dynamics Simulations * QM/MM Calculations * NMR Experiments
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.466, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.0c10192
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0319383 - 3.0541319 - ÚOCHB 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Vavřina, Zdeněk - Gutten, Ondrej - Smola, Miroslav - Zavřel, Martin - Tehrani, Zahra Aliakbar - Charvát, Vilém - Kožíšek, Milan - Bouřa, Evžen - Birkuš, Gabriel - Rulíšek, Lubomír
Protein-Ligand Interactions in the STING Binding Site Probed by Rationally Designed Single-Point Mutations: Experiment and Theory.
Biochemistry. Roč. 60, č. 8 (2021), s. 607-620. ISSN 0006-2960
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-08772S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ligand-binding * STING protein * structural biology * QM/MM calculations
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.321, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.biochem.0c00949
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0318895 - 4.0523810 - ÚOCHB 2021 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šebesta, F. - Šebera, Jakub - Sychrovský, Vladimír - Tanaka, Y. - Burda, J. V.
QM and QM/MM umbrella sampling MD study of the formation of Hg(II)–thymine bond: Model for evaluation of the reaction energy profiles in solutions with constant pH.
Journal of Computational Chemistry. Roč. 41, č. 16 (2020), s. 1509-1520. ISSN 0192-8651. E-ISSN 1096-987X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA18-14990S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ab initio molecular dynamics (MD) simulations * metal–NA base interactions * QM/MM calculations * thermodynamics
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.376, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jcc.26194
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0308102 - 5.0468320 - ÚOCHB 2017 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Navrátil, Michal - Tykvart, Jan - Schimer, Jiří - Pachl, Petr - Navrátil, Václav - Rokob, T. A. - Hlouchová, Klára - Rulíšek, Lubomír - Konvalinka, Jan
Comparison of human glutamate carboxypeptidases II and III reveals their divergent substrate specificities.
FEBS Journal. Roč. 283, č. 13 (2016), s. 2528-2545. ISSN 1742-464X. E-ISSN 1742-4658
Grant CEP: GA ČR(CZ) GBP208/12/G016; GA ČR(CZ) GA14-31419S; GA MŠMT LO1302; GA MŠMT(CZ) LO1304
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: arene-binding site * GCPIII * prostate-specific membrane antigen * QM/MM calculations * beta-citryl-L-glutamate
Kód oboru RIV: CE - Biochemie
Impakt faktor: 3.902, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0266128 - 6.0446363 - ÚOCHB 2016 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Li, J. - Farrokhnia, M. - Rulíšek, Lubomír - Ryde, U.
Catalytic Cycle of Multicopper Oxidases Studied by Combined Quantum- and Molecular-Mechanical Free-Energy Perturbation Methods.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 119, č. 26 (2015), s. 8268-8284. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA14-31419S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: multi-copper oxidases * QM/MM calculations * reduction potentials * pKa acidity constants
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 3.187, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0248367 - 7.0437252 - ÚVGZ 2015 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Sinha, Dhiraj - Shamayeva, Katerina - Ramasubramani, V. - Řeha, David - Bialevich, V. - Khabiri, Morteza - Guzanová, Alena - Milbar, N. - Weiserová, Marie - Cséfalvay, Eva - Carey, J. - Ettrich, Rüdiger
Interdomain communication in the endonuclease/motor subunit of type I restriction-modification enzyme EcoR124I.
Journal of Molecular Modeling. Roč. 20, č. 7 (2014), s. 2334. ISSN 1610-2940. E-ISSN 0948-5023
Grant CEP: GA ČR GAP207/12/2323
Institucionální podpora: RVO:67179843 ; RVO:61388971
Klíčová slova: DNA restriction enzymes * Molecular modeling * QM/MM calculations * principal components analysis * E. coli * Multisubunit enzyme complex * Correlated loop motions
Kód oboru RIV: EH - Ekologie - společenstva; EE - Mikrobiologie, virologie (MBU-M)
Impakt faktor: 1.736, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0240850 - 8.0395192 - ÚOCHB 2014 CZ eng A - Abstrakt
Paterová, Jana - Vazdar, Mario - Heyda, Jan - Jungwirth, Pavel
First step of the LinB dehalogenase enzymatic reaction - Molecular dynamics and QM/MM calculations.
Prague Protein Spring Meeting 2012. Praha: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i, 2012. s. 60-60. ISBN 978-80-86241-47-0.
[Prague Protein Spring Meeting 2012. 03.05.2012-06.05.2012, Praha]
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: LinB enzyme * QM/MM calculations * molecular dynamics
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0223289 - 9.0391780 - ÚOCHB 2014 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Rulíšek, Lubomír - Ryde, U.
Theoretical studies of the active-site structure, spectroscopic and thermodynamic properties, and reaction mechanism of multicopper oxidases.
Coordination Chemistry Reviews. Roč. 257, č. 2 (2013), s. 445-458. ISSN 0010-8545. E-ISSN 1873-3840
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: multi-copper oxidases * QM/MM calculations * multireference calculations * theoretical spectroscopy
Kód oboru RIV: CA - Anorganická chemie
Impakt faktor: 12.098, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0220753 - 10.0379013 - ÚOCHB 2013 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Shleev, S. - Andoralov, V. - Falk, M. - Reimann, C. T. - Ruzgas, T. - Srnec, Martin - Ryde, U. - Rulíšek, Lubomír
On the Possibility of Uphill Intramolecular Electron Transfer in Multicopper Oxidases: Electrochemical and Quantum Chemical Study of Bilirubin Oxidase.
Electroanalysis. Roč. 24, č. 7 (2012), s. 1524-1540. ISSN 1040-0397. E-ISSN 1521-4109
Grant ostatní: 7th Framework Program(XE) NMP4-SL-2009-229255
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: bilirubin oxidase * intramolecular electron transfer * rate-limiting catalytic step * reorganization energy * QM/MM calculations
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 2.817, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0210300