Výsledky vyhledávání
- 1.0569062 - BC 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Dirren-Pitsch, G. - Buhler, D. - Salcher, Michaela M. - Bassin, B. - Le Moigne, A. - Schuler, M. - Pernthaler, J. - Posch, T.
FISHing for ciliates: Catalyzed reporter deposition fluorescence in situ hybridization for the detection of planktonic freshwater ciliates.
Frontiers in Microbiology. Roč. 13, Dec (2022), č. článku 1070232. ISSN 1664-302X. E-ISSN 1664-302X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-12496X
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: planktonic ciliates * card-fish * fluorescence in situ hybridization * lake water samples * quantitative protargol staining * ciliate quantification
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 5.2, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.1070232
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340362 - 2.0558631 - BC 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Chiriac, Maria-Cecilia - Bulzu, Paul-Adrian - Andrei, A.S. - Okazaki, Y. - Nakano, S. - Haber, Markus - Kavagutti, Vinicius Silva - Layoun, Paul - Ghai, Rohit - Salcher, Michaela M.
Ecogenomics sheds light on diverse lifestyle strategies in freshwater CPR.
Microbiome. Roč. 10, č. 1 (2022), č. článku 84. ISSN 2049-2618. E-ISSN 2049-2618
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-21990S; GA ČR(CZ) GA19-23469S; GA ČR(CZ) GX20-12496X
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: multiple sequence alignment * in-situ hybridization * ribosomal-rna * protein secretion * database * genome * identification * bacteria * symbionts * resource * Patescibacteria * cpr * Freshwater lakes * Metagenomics * Genome reduction * Metabolism * Lifestyle * card-fish
Obor OECD: Ecology
Impakt faktor: 15.5, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s40168-022-01274-3
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340290 - 3.0546949 - MBÚ 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mujakić, Izabela - Andrei, Adrian-Stefan - Shabarova, Tatiana - Kolesár Fecskeová, Lívia - Salcher, Michaela M. - Piwosz, Kasia - Ghai, Rohit - Koblížek, Michal
Common Presence of Phototrophic Gemmatimonadota in Temperate Freshwater Lakes.
mSystems. Roč. 6, č. 2 (2021), č. článku e01241-20. ISSN 2379-5077. E-ISSN 2379-5077
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX19-28778X; GA ČR(CZ) GA17-04828S; GA ČR(CZ) GJ20-23718Y; GA ČR(CZ) GA19-23469S; GA ČR(CZ) GX20-12496X
Grant ostatní: AV ČR(CZ) MSM200961801
Program: Program na podporu mezinárodní spolupráce začínajících výzkumných pracovníků
Institucionální podpora: RVO:61388971 ; RVO:60077344
Klíčová slova: Gemmatimonadota * Gemmatimonadetes * anoxygenic phototrophs * aquatic bacteria * MAGs * metagenome * photosynthesis gene cluster * freshwater ecology * card-fish
Obor OECD: Microbiology; Microbiology (BC-A)
Impakt faktor: 7.328, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://journals.asm.org/doi/10.1128/mSystems.01241-20
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0323331 - 4.0542726 - MBÚ 2022 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Ameryk, A. - Kownacka, J. - Zalewski, M. - Piwosz, Kasia
Typical freshwater and marine bacterial lineages dynamics at salinity between 0 and 4 in the Vistula Lagoon.
Estuarine Coastal and Shelf Science. Roč. 250, MAR 5 2021 (2021), č. článku 107100. ISSN 0272-7714. E-ISSN 1096-0015
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: Limnohabitans * sar11-i/ii * SAR11-IIIb * Bacterioplankton * card-fish * Vistula lagoon * Baltic Sea
Obor OECD: Marine biology, freshwater biology, limnology
Impakt faktor: 3.229, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0272771420308313?via%3Dihub
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0323165 - 5.0542712 - MBÚ 2022 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Piwosz, Kasia - Mukherjee, Indranil - Salcher, Michaela M. - Grujcic, V. - Šimek, Karel
CARD-FISH in the Sequencing Era: Opening a New Universe of Protistan Ecology.
Frontiers in Microbiology. Roč. 12, MAR 4 2021 (2021), č. článku 640066. ISSN 1664-302X. E-ISSN 1664-302X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GJ18-14095Y; GA ČR(CZ) GX20-12496X; GA ČR(CZ) GA19-23469S; GA MŠMT(CZ) EF16_025/0007417; GA ČR(CZ) GA13-00243S
Institucionální podpora: RVO:61388971 ; RVO:60077344
Klíčová slova: aquatic microbial food webs * card-fish * grazing by protists * protists * unicellular eukaryotes * bacterivorous * omnivorous and predatory flagellates * heterotrophic and mixotrophic flagellates
Obor OECD: Microbiology; Microbiology (BC-A)
Impakt faktor: 6.064, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2021.640066/full
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0320081 - 6.0538502 - BC 2021 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Salcher, Michaela M. - Andrei, Adrian-Stefan - Bulzu, Paul-Adrian - Keresztes, Z.G. - Banciu, H.L. - Ghai, Rohit
Visualization of Lokiarchaeia and Heimdallarchaeia (Asgardarchaeota) by fluorescence in situ hybridization and catalyzed reporter deposition (CARD-FISH).
mSphere. Roč. 5, č. 4 (2020), s. 1-10, č. článku e00686-20. ISSN 2379-5042. E-ISSN 2379-5042
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-12496X; GA ČR(CZ) GA17-04828S; GA ČR(CZ) GA19-23469S
Grant ostatní: AV ČR(CZ) MSM200961801
Program: Program na podporu mezinárodní spolupráce začínajících výzkumných pracovníků
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: 16s ribosomal RNA * bacterioplankton populations * identification * archaea * abundant * Asgardarchaeota * Heimdallarchaeia * Lokiarchaeia * card-fish * morphology
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 4.389, rok: 2020
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1128/mSphere.00686-20
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0316323Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup SALCHER mSphere 2020.pdf 1 1.4 MB Autorský preprint povolen - 7.0531454 - MBÚ 2021 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Piwosz, Kasia - Shabarova, Tatiana - Pernthaler, J. - Posch, T. - Šimek, Karel - Porcal, Petr - Salcher, Michaela M.
Bacterial and Eukaryotic Small-Subunit Amplicon Data Do Not Provide a Quantitative Picture of Microbial Communities, but They Are Reliable in the Context of Ecological Interpretations.
mSphere. Roč. 5, č. 2 (2020), č. článku e00052-20. ISSN 2379-5042. E-ISSN 2379-5042
Grant CEP: GA ČR(CZ) GJ18-14095Y; GA ČR(CZ) GJ20-23718Y; GA ČR(CZ) GA13-00243S; GA ČR(CZ) GA19-00113S; GA ČR(CZ) GA19-23469S
Institucionální podpora: RVO:61388971 ; RVO:60077344
Klíčová slova: CARD-FISH * amplicon sequencing * bacterial communities
Obor OECD: Microbiology; Microbiology (BC-A)
Impakt faktor: 4.389, rok: 2020
Způsob publikování: Open access
https://msphere.asm.org/content/5/2/e00052-20
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0310116 - 8.0495144 - BC 2019 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Mehrshad, Maliheh - Salcher, M.M. - Okazaki, Y. - Nakano, S. - Šimek, Karel - Andrei, Adrian-Stefan - Ghai, Rohit
Hidden in plain sight-highly abundant and diverse planktonic freshwater Chloroflexi.
Microbiome. Roč. 6, OCT (2018), č. článku 176. ISSN 2049-2618. E-ISSN 2049-2618
Grant CEP: GA ČR GA17-04828S; GA ČR(CZ) GA13-00243S
Grant ostatní: AV ČR(CZ) JSPS-17-17; AV ČR(CZ) L200961651
Program: Bilaterální spolupráce; Program podpory perspektivních lidských zdrojů
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: Chloroflexi * freshwater ecology * metagenomics * CARD-FISH
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 10.465, rok: 2018
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0288294 - 9.0459645 - BC 2017 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Callieri, C. - Hernandez-Aviles, S. - Salcher, Michaela M. - Fontaneto, D. - Bertoni, R.
Distribution patterns and environmental correlates of Thaumarchaeota abundance in six deep subalpine lakes.
Aquatic Sciences. Roč. 78, č. 2 (2016), s. 215-225. ISSN 1015-1621. E-ISSN 1420-9055
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: subalpine lakes * Thaumarchaeota vertical profile * CARD FISH * hypolimnion
Kód oboru RIV: EE - Mikrobiologie, virologie
Impakt faktor: 2.821, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0259820 - 10.0398996 - BC 2015 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Šimek, Miloslav - Virtanen, S. - Simojoki, A. - Chroňáková, Alica - Elhottová, Dana - Krištůfek, Václav - Yli-Halla, M.
The microbial communities and potential greenhouse gas production in boreal acid sulphate, non-acid sulphate, and reedy sulphidic soils.
Science of the Total Environment. Roč. 466, January (2014), s. 663-672. ISSN 0048-9697. E-ISSN 1879-1026
Grant CEP: GA ČR GA526/09/1570; GA MŠMT LC06066
Grant ostatní: GAJU(CZ) GAJU 138/2010/P
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: acid sulphate soil * carbon * CARD-FISH * microorganisms * nitrogen * PLFA
Kód oboru RIV: EE - Mikrobiologie, virologie
Impakt faktor: 4.099, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0236140