Výsledky vyhledávání
- 1.0583805 - BC 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Kavagutti, Vinicius Silva - Bulzu, Paul-Adrian - Chiriac, Maria-Cecilia - Salcher, Michaela M. - Mukherjee, Indranil - Shabarova, Tatiana - Grujčič, Vesna - Mehrshad, Maliheh - Kasalický, Vojtěch - Andrei, A.S. - Jezberová, Jitka - Seďa, Jaromír - Rychtecký, Pavel - Znachor, Petr - Šimek, Karel - Ghai, Rohit
High-resolution metagenomic reconstruction of the freshwater spring bloom.
Microbiome. Roč. 11, č. 1 (2023), č. článku 15. ISSN 2049-2618. E-ISSN 2049-2618
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-12496X; GA ČR(CZ) GA21-21990S; GA ČR(CZ) GA19-23469S; GA ČR GA22-03662S; GA ČR(CZ) GA19-23261S; GA MŠMT(CZ) EF16_025/0007417
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: bacterioplankton populations * seasonal succession * giant virus * chrysochromulina
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 15.5, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s40168-022-01451-4
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351803 - 2.0583794 - BC 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Park, Hongjae - Shabarova, Tatiana - Salcher, Michaela M. - Kosová, Lenka - Rychtecký, Pavel - Mukherjee, Indranil - Šimek, Karel - Porcal, Petr - Seďa, Jaromír - Znachor, Petr - Kasalický, Vojtěch
In the right place, at the right time: the integration of bacteria into the Plankton Ecology Group model.
Microbiome. Roč. 11, č. 1 (2023), č. článku 112. ISSN 2049-2618. E-ISSN 2049-2618
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-12496X; GA ČR(CZ) GA19-23469S; GA ČR(CZ) GA19-00113S; GA MŠMT(CZ) EF16_025/0007417; GA ČR GA22-33245S; GA ČR GF22-35826K
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: rna gene-sequences * niche separation * Freshwater reservoirs * Microbial communities * Spatiotemporal dynamics * Microdiversity * PEG model
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 15.5, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s40168-023-01522-0
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351793 - 3.0583665 - BC 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Šimek, Karel - Mukherjee, Indranil - Szoke-Nagy, Tiberiu - Haber, Markus - Salcher, Michaela M. - Ghai, Rohit
Cryptic and ubiquitous aplastidic cryptophytes are key freshwater flagellated bacterivores.
The ISME Journal. Roč. 17, č. 1 (2023), s. 84-94. ISSN 1751-7362. E-ISSN 1751-7370
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-21990S; GA ČR(CZ) GX20-12496X; GA ČR GF22-35826K; GA MŠMT(CZ) EF16_025/0007417
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: protists * sequence * marine * cryptomonas * paramecium
Obor OECD: Marine biology, freshwater biology, limnology
Impakt faktor: 11, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41396-022-01326-4
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351690 - 4.0561632 - BC 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Šimek, Karel - Mukherjee, Indranil - Nedoma, Jiří - Paula, Caio César Pires de - Jezberová, Jitka - Sirová, Dagmara - Vrba, Jaroslav
CARD-FISH and prey tracer techniques reveal the role of overlooked flagellate groups as major bacterivores in freshwater hypertrophic shallow lakes.
Environmental Microbiology. Roč. 24, č. 9 (2022), s. 4256-4273. ISSN 1462-2912. E-ISSN 1462-2920
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-12496X; GA ČR(CZ) GA19-16554S; GA ČR(CZ) GA19-23261S
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: Protista * Bacteria * Flagellate
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 5.1, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1111/1462-2920.15846
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340269 - 5.0557051 - BC 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Prokopchuk, Galina - Korytář, Tomáš - Juricová, Valéria - Majstorović, Jovana - Horák, Aleš - Šimek, Karel - Lukeš, Julius
Trophic flexibility of marine diplonemids-switching from osmotrophy to bacterivory.
The ISME Journal. Roč. 16, č. 5 (2022), s. 1409-1419. ISSN 1751-7362. E-ISSN 1751-7370
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA18-23787S; GA MŠMT(CZ) LL1601; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000759; GA MŠMT(CZ) EF16_025/0007417
Grant ostatní: Gordon and Betty Moore Foundation(US) #9354
Program: Science
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: microbial food-web * fresh-water * ambulator larsen * protists * flagellate * phylogeny * diversity * predation * patterson * reservoir
Obor OECD: Marine biology, freshwater biology, limnology
Impakt faktor: 11, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.nature.com/articles/s41396-022-01192-0
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340212 - 6.0552459 - BC 2022 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Sagová-Marečková, M. - Boenigk, J. - Bouchez, A. - Cermakova, K. - Chonova, T. - Cordier, T. - Eisendle, U. - Elersek, T. - Fazi, S. - Fleituch, T. - Frühe, L. - Gajdosova, M. - Graupner, N. - Haegerbaeumer, A. - Kelly, A.-M. - Kopecký, J. - Leese, F. - Nõges, P. - Orlic, S. - Panksep, K. - Pawlowski, J. - Petrusek, A. - Piggott, J.J. - Rusch, J.C. - Salis, R. - Schenk, J. - Šimek, Karel - Šťovíček, A. - Strand, D.A. - Vasquez, M.I. - Vralstad, T. - Zlatkovic, S. - Zupancic, M. - Stoeck, T.
Expanding ecological assessment by integrating microorganisms into routine freshwater biomonitoring.
Water Research. Roč. 191, 1 March 2021 (2021), č. článku 116767. ISSN 0043-1354. E-ISSN 1879-2448
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: sulfate-reducing bacteria * microbial community composition * antibiotic-resistance genes * waste-water * nitrogen-fixation * quantitative pcr * biotic integrity * next-generation * phytoplankton composition * cyanobacterial community
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 13.400, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116767
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0327583 - 7.0552451 - BC 2022 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Shabarova, Tatiana - Salcher, Michaela M. - Porcal, Petr - Znachor, Petr - Nedoma, Jiří - Grossart, H.P. - Seďa, Jaromír - Hejzlar, Josef - Šimek, Karel
Recovery of freshwater microbial communities after extreme rain events is mediated by cyclic succession.
Nature Microbiology. Roč. 6, č. 4 (2021), s. 479-+. ISSN 2058-5276. E-ISSN 2058-5276
Grant CEP: GA ČR(CZ) GJ20-23718Y; GA ČR(CZ) GA19-00113S; GA ČR(CZ) GA13-00243S; GA ČR(CZ) GA19-23469S; GA ČR(CZ) GX20-12496X
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: dissolved organic-matter * ribosomal-rna * peg-model * lake * assemblages * phosphorus * projections * reservoirs * emissions * silva
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 30.964, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s41564-020-00852-1
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0327580Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup SHABAROVA NatureMicrobiol 2021.pdf 0 13.8 MB Autorský preprint vyžádat - 8.0542712 - MBÚ 2022 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Piwosz, Kasia - Mukherjee, Indranil - Salcher, Michaela M. - Grujcic, V. - Šimek, Karel
CARD-FISH in the Sequencing Era: Opening a New Universe of Protistan Ecology.
Frontiers in Microbiology. Roč. 12, MAR 4 2021 (2021), č. článku 640066. ISSN 1664-302X. E-ISSN 1664-302X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GJ18-14095Y; GA ČR(CZ) GX20-12496X; GA ČR(CZ) GA19-23469S; GA MŠMT(CZ) EF16_025/0007417; GA ČR(CZ) GA13-00243S
Institucionální podpora: RVO:61388971 ; RVO:60077344
Klíčová slova: aquatic microbial food webs * card-fish * grazing by protists * protists * unicellular eukaryotes * bacterivorous * omnivorous and predatory flagellates * heterotrophic and mixotrophic flagellates
Obor OECD: Microbiology; Microbiology (BC-A)
Impakt faktor: 6.064, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2021.640066/full
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0320081 - 9.0539257 - BC 2021 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Mukherjee, Indranil - Salcher, Michaela M. - Andrei, Adrian-Stefan - Kavagutti, Vinicius Silva - Shabarova, Tatiana - Grujcic, V. - Haber, Markus - Layoun, Paul - Hodoki, Y. - Nakano, S. - Šimek, Karel - Ghai, Rohit
A freshwater radiation of diplonemids.
Environmental Microbiology. Roč. 22, č. 11 (2020), s. 4658-4668. ISSN 1462-2912. E-ISSN 1462-2920
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-12496X; GA ČR(CZ) GA17-04828S; GA ČR(CZ) GA19-23469S
Grant ostatní: AV ČR(CZ) MSM200961801
Program: Program na podporu mezinárodní spolupráce začínajících výzkumných pracovníků
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: multiple sequence alignment * microbial eukaryotes * marine * community * diversity
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 5.491, rok: 2020
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1111/1462-2920.15209
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0316927Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup MUKHERJEE Environ Microbiol 2020.pdf 0 1 MB Autorský preprint povolen - 10.0538633 - BC 2021 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Šimek, Karel - Grujčič, Vesna - Mukherjee, Indranil - Kasalický, Vojtěch - Nedoma, Jiří - Posch, T. - Mehrshad, Maliheh - Salcher, Michaela M.
Cascading effects in freshwater microbial food webs by predatory Cercozoa, Katablepharidacea and ciliates feeding on aplastidic bacterivorous cryptophytes.
FEMS Microbiology Ecology. Roč. 96, č. 10 (2020), č. článku fiaa121. ISSN 0168-6496. E-ISSN 1574-6941
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_025/0007417; GA ČR(CZ) GA13-00243S; GA ČR(CZ) GA19-23469S; GA ČR(CZ) GX20-12496X
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: ciliates * bacterivorous and predatory flagellates * Cercozoa * Cryptophyceae * freshwater microbial food webs * Katablepharidacea
Obor OECD: Ecology
Impakt faktor: 4.194, rok: 2020
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/femsec/fiaa121
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0316400Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup SIMEK FEMS Microbiol Ecol 2020.pdf 0 3.9 MB Autorský preprint povolen