Výsledky vyhledávání
- 1.0584968 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Chamorro, Victor Cruces - Jungwirth, Pavel - Martinez-Seara, Hector
Building Water Models Compatible with Charge Scaling Molecular Dynamics.
Journal of Physical Chemistry Letters. Roč. 15, č. 10 (2024), s. 2922-2928. ISSN 1948-7185
GRANT EU: European Commission(XE) 101095957 - Q-SCALING
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: diffusion-coefficients * potential functions * temperature
Impakt faktor: 5.7, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.4c00344
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0352755Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 10.1021acs.jpclett.4c00344.pdf 0 2.3 MB Vydavatelský postprint povolen - 2.0581785 - ÚOCHB 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Mason, Philip E. - Martinek, Tomáš - Fábián, Balázs - Vazdar, M. - Jungwirth, Pavel - Ticháček, Ondřej - Duboué-Dijon, E. - Martinez-Seara, Hector
Hydration of biologically relevant tetramethylammonium cation by neutron scattering and molecular dynamics.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 26, č. 4 (2024), s. 3208-3218. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-19561S
GRANT EU: European Commission(XE) 101095957 - Q-SCALING
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: X-ray-scattering * aqueous-solutions * water-structure
Impakt faktor: 3.3, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1039/D3CP05449G
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0349920Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 10.1039D3CP05449G.pdf 0 3 MB Vydavatelský postprint povolen
Vědecká data: ILL - 3.0578077 - ÚOCHB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Riopedre Fernández, Miguel - Biriukov, Denys - Dračínský, Martin - Martinez-Seara, Hector
Hyaluronan-Arginine Enhanced and Dynamic Interaction Emerges from Distinctive Molecular Signature Due to Electrostatics and Side-Chain Specificity.
Carbohydrate Polymers. Roč. 325, February (2024), č. článku 121568. ISSN 0144-8617. E-ISSN 1879-1344
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-19561S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: hyaluronan * arginine * molecular dynamics * NMR * sugar–peptide interactions
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 11.2, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.carbpol.2023.121568
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0347110
Vědecká data: Zenodo - 4.0577715 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Košťál, Vojtěch - Jungwirth, Pavel - Martinez-Seara, Hector
Nonaqueous Ion Pairing Exemplifies the Case for Including Electronic Polarization in Molecular Dynamics Simulations.
Journal of Physical Chemistry Letters. Roč. 14, č. 39 (2023), s. 8691-8696. ISSN 1948-7185
GRANT EU: European Commission(XE) 101095957 - Q-SCALING
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: generalized gradient approximation * perturbation theory
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.7, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.3c02231
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0346836Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 10.1021acs.jpclett.3c02231.pdf 0 2.3 MB Vydavatelský postprint povolen - 5.0574393 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Khoroshyy, Petro - Martinez-Seara, Hector - Myšková, J. - Lazar, Josef
Dynamics of transition dipole moment orientation in representative fluorescent proteins.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 25, č. 33 (2023), s. 22117-22123. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: quantitative analysis * anisotropy * FRET
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.3, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1039/D3CP01242E
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0344721 - 6.0572574 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Yesylevskyy, Semen - Martinez-Seara, Hector - Jungwirth, Pavel
Curvature Matters: Modeling Calcium Binding to Neutral and Anionic Phospholipid Bilayers.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 127, č. 20 (2023), s. 4523-4531. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX19-26854X
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecular dynamics simulation * membrane curvature * lipid bilayers
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.3, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.3c01962
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0343219 - 7.0572234 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Košťál, Vojtěch - Mason, Philip E. - Martinez-Seara, Hector - Jungwirth, Pavel
Common Cations Are Not Polarizable: Effects of Dispersion Correction on Hydration Structures from Ab Initio Molecular Dynamics.
Journal of Physical Chemistry Letters. Roč. 14, č. 19 (2023), s. 4403-4408. ISSN 1948-7185
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX19-26854X
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: generalized gradient approximation * density functional theory * accurate description
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.7, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.3c00856
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0342998 - 8.0571004 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Phan, L. X. - Cruces Chamorro, Victor - Martinez-Seara, Hector - Crain, J. - Sansom, M. S. P. - Tucker, S. J.
Influence of electronic polarization on the binding of anions to a chloride-pumping rhodopsin.
Biophysical Journal. Roč. 122, č. 8 (2023), s. 1548-1556. ISSN 0006-3495. E-ISSN 1542-0086
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecular dynamics * software news * force field
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.4, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.bpj.2023.03.026
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0342326 - 9.0561693 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Nguyen, Man Thi Hong - Biriukov, Denys - Tempra, Carmelo - Baxová, Katarína - Martinez-Seara, Hector - Evci, Huseyin - Singh, Vandana - Šachl, Radek - Hof, Martin - Jungwirth, Pavel - Javanainen, Matti - Vazdar, Mario
Ionic Strength and Solution Composition Dictate the Adsorption of Cell-Penetrating Peptides onto Phosphatidylcholine Membranes.
Langmuir. Roč. 38, č. 37 (2022), s. 11284-11295. ISSN 0743-7463
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX19-26854X
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388955
Klíčová slova: linear constraint solver * particle mesh Ewald * molecular dynamics
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.9, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.langmuir.2c01435
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0334213Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 0561693.pdf 3 14.4 MB open access Vydavatelský postprint povolen - 10.0559128 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Palivec, Vladimír - Pohl, Radek - Kaminský, Jakub - Martinez-Seara, Hector
Efficiently Computing NMR 1H and 13C Chemical Shifts of Saccharides in Aqueous Environment.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 18, č. 7 (2022), s. 4373-4386. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-19561S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: magnetic shielding constants * spin coupling constants * basis sets
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.5, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.jctc.2c00127
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0332548