Výsledky vyhledávání
- 1.0477547 - ÚOCHB 2018 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Dršata, Tomáš - Réblová, K. - Beššeová, Ivana - Šponer, Jiří - Lankaš, Filip
rRNA C-Loops: Mechanical Properties of a Recurrent Structural Motif.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 13, č. 7 (2017), s. 3359-3371. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA14-21893S
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:68081707
Klíčová slova: molecular dynamics simulations * residual dipolar couplings * A-site finger
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 5.399, rok: 2017
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0273868 - 2.0474980 - ÚOCHB 2018 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Bignon, E. - Dršata, Tomáš - Morell, C. - Lankaš, Filip - Dumont, E.
Interstrand cross-linking implies contrasting structural consequences for DNA: insights from molecular dynamics.
Nucleic Acids Research. Roč. 45, č. 4 (2017), s. 2188-2195. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA14-21893S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: abasic sites * duplex DNA * mechanical properties
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 11.561, rok: 2017
https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/gkw1253
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0271867 - 3.0462092 - ÚOCHB 2017 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Dans, P. D. - Danilane, L. - Ivani, I. - Dršata, Tomáš - Lankaš, Filip - Hospital, A. - Walther, J. - Pujagut, R. I. - Battistini, F. - Gelpí, J. L. - Lavery, R. - Orozco, M.
Long-timescale dynamics of the Drew-Dickerson dodecamer.
Nucleic Acids Research. Roč. 44, č. 9 (2016), s. 4052-4066. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA14-21893S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: microsecond molecular dynamics * B-DNA dodecamer * analyzing ion distributions
Kód oboru RIV: CE - Biochemie
Impakt faktor: 10.162, rok: 2016
http://nar.oxfordjournals.org/content/44/9/4052.full
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0261617 - 4.0458973 - ÚOCHB 2017 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Dršata, Tomáš - Zgarbová, M. - Jurečka, P. - Šponer, Jiří - Lankaš, Filip
On the Use of Molecular Dynamics Simulations for Probing Allostery through DNA.
Biophysical Journal. Roč. 110, č. 4 (2016), s. 874-876. ISSN 0006-3495. E-ISSN 1542-0086
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA14-21893S
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:68081707
Klíčová slova: B-DNA * modulation
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.656, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0259175 - 5.0454236 - ÚOCHB 2016 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Liebl, K. - Dršata, Tomáš - Lankaš, Filip - Lipfert, J. - Zacharias, M.
Explaining the striking difference in twist-stretch coupling between DNA and RNA: A comparative molecular dynamics analysis.
Nucleic Acids Research. Roč. 43, č. 21 (2015), s. 10143-10156. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA14-21893S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: double stranded RNA * B-DNA * nucleic acids
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 9.202, rok: 2015
http://nar.oxfordjournals.org/content/43/21/10143.full.pdf+html
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0254943 - 6.0446777 - ÚOCHB 2016 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Dršata, Tomáš - Lankaš, Filip
Multiscale modelling of DNA mechanics.
Journal of Physics-Condensed Matter. Roč. 27, č. 32 (2015), 323102/1-323102/12. ISSN 0953-8984. E-ISSN 1361-648X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA14-21893S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: DNA elasticity * DNA coarse-grained models * molecular dynamics simulations
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 2.209, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0248747 - 7.0443583 - ÚOCHB 2016 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Dumont, E. - Dršata, Tomáš - Guerra, C. F. - Lankaš, Filip
Insights into the Structure of Intrastrand Cross-Link DNA Lesion-Containing Oligonucleotides: G[8-5m]T and G[8-5]C from Molecular Dynamics Simulations.
Biochemistry. Roč. 54, č. 5 (2015), s. 1259-1267. ISSN 0006-2960
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA14-21893S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: hydrogen bonds * abasic sites * duplex DNA
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 2.876, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0246336 - 8.0443118 - ÚOCHB 2016 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kara, M. - Dršata, Tomáš - Lankaš, Filip - Zacharias, M.
Effect O6-Guanine Alkylation on DNA Flexibility Studied by Comparative Molecular Dynamics Simulations.
Biopolymers. Roč. 103, č. 1 (2015), s. 23-32. ISSN 0006-3525. E-ISSN 1097-0282
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA14-21893S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: DNA damage * DNA alkylation * DNA repair * molecular simulation * molecular dynamics simulation
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 2.248, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0245895 - 9.0437506 - ÚOCHB 2015 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Dršata, Tomáš - Zgarbová, M. - Špačková, Naďa - Jurečka, P. - Šponer, Jiří - Lankaš, Filip
Mechanical Model of DNA Allostery.
Journal of Physical Chemistry Letters. Roč. 5, č. 21 (2014), s. 3831-3835. ISSN 1948-7185
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA14-21893S
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) ED2.1.00/03.0058; GA MŠk(CZ) ED1.1.00/02.0068
Program: ED; ED
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:68081707
Klíčová slova: molecular dynamics simulations * minor groove binders * DNA
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 7.458, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0241232 - 10.0430484 - ÚOCHB 2015 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Dršata, Tomáš - Špačková, Naďa - Jurečka, P. - Zgarbová, M. - Šponer, Jiří - Lankaš, Filip
Mechanical properties of symmetric and asymmetric DNA A-tracts: implications for looping and nucleosome positioning.
Nucleic Acids Research. Roč. 42, č. 11 (2014), s. 7383-7394. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA14-21893S
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) ED2.1.00/03.0058; GA MŠk(CZ) ED1.1.00/02.0068
Program: ED; ED
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:68081707
Klíčová slova: molecular dynamics simulations * sequence-directed curvature * adenine-thymine tract
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 9.112, rok: 2014
http://nar.oxfordjournals.org/content/42/11/7383
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0235562