Výsledky vyhledávání
- 1.0582851 - ÚOCHB 2025 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Matoušková, Zuzana - Orsághová, Katarína - Srb, Pavel - Pytelková, Jana - Kukačka, Zdeněk - Buša, Michal - Hajdušek, Ondřej - Šíma, Radek - Fábry, Milan - Novák, Petr - Horn, Martin - Kopáček, Petr - Mareš, Michael
An Unusual Two-Domain Thyropin from Tick Saliva: NMR Solution Structure and Highly Selective Inhibition of Cysteine Cathepsins Modulated by Glycosaminoglycans.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 25, č. 4 (2024), č. článku 2240. ISSN 1661-6596
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-08826S; GA ČR(CZ) GA22-27695S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000759; GA ČR(CZ) GA22-30920S; GA MŠMT(CZ) LUC23037
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388971 ; RVO:60077344
Klíčová slova: cathepsin * cysteine protease * tick * parasite * saliva * thyropin * protease inhibitor * protein structure
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.3390/ijms25042240
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0350903 - 2.0576106 - MBÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Vermeire, P. - Lilina, A. V. - Hashim, H.M. - Dlabolova, Lada - Fiala, Jan - Beelen, S. - Kukačka, Zdeněk - Harvey, J. N. - Novák, Petr - Strelkov, S. V.
Molecular structure of soluble vimentin tetramers.
Scientific Reports. Roč. 13, č. 1 (2023), č. článku 8841. ISSN 2045-2322. E-ISSN 2045-2322
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-27695S
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: intermediate-filament structure * architecture * scattering * rod * proteins * segment * lamin * 1a * units1a
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41598-023-34814-4
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0345711 - 3.0575033 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Koutná, Eliška - Lux, Vanda - Kouba, Tomáš - Škerlová, Jana - Nováček, J. - Srb, Pavel - Hexnerová, Rozálie - Šváchová, Hana - Kukačka, Zdeněk - Novák, Petr - Fábry, Milan - Poepsel, S. - Veverka, Václav
Multivalency of nucleosome recognition by LEDGF.
Nucleic Acids Research. Roč. 51, č. 18 (2023), s. 10011-10025. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-03028S; GA ČR(CZ) GA22-27695S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA MŠMT(CZ) LO1304
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127; CIISB III - 90242
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388971
Klíčová slova: PWWP domain * recombinant histones * structural basis
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Biochemistry and molecular biology (MBU-M)
Impakt faktor: 14.9, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/nar/gkad674
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0344870 - 4.0559847 - MBÚ 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Yassaghi, Ghazaleh - Kukačka, Zdeněk - Fiala, Jan - Kavan, Daniel - Halada, Petr - Volný, Michael - Novák, Petr
Top-Down Detection of Oxidative Protein Footprinting by Collision-Induced Dissociation,Electron-Transfer Dissociation, and Electron-Capture Dissociation.
Analytical Chemistry. Roč. 94, č. 28 (2022), s. 9993-10002. ISSN 0003-2700. E-ISSN 1520-6882
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS; European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: Fast photochemical oxidation of proteins * top-down * collision-induced dissociation * electron-transfer dissociation * electron-capture dissociation * mass spectrometry
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 7.4, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.1c05476
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0334438 - 5.0556153 - MBÚ 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Polák, Marek - Yassaghi, Ghazaleh - Kavan, Daniel - Filandr, František - Fiala, Jan - Kukačka, Zdeněk - Halada, Petr - Loginov, Dmitry Sergej - Novák, Petr
Utilization of Fast Photochemical Oxidation of Proteins and Both Bottom-up and Top-down Mass Spectrometry for Structural Characterization of a Transcription Factor-dsDNA Complex.
Analytical Chemistry. Roč. 94, č. 7 (2022), s. 3203-3210. ISSN 0003-2700. E-ISSN 1520-6882
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS; European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: higher-order structure * chemical-modification * factor foxo4 * binding * domain * fpop * identification * peptides * topology * epitope
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 7.4, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.1c04746
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0334008 - 6.0551051 - MBÚ 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Fojtík, Lukáš - Fiala, Jan - Pompach, Petr - Chmelík, Josef - Matoušek, V. - Beier, Petr - Kukačka, Zdeněk - Novák, Petr
Fast Fluoroalkylation of Proteins Uncovers the Structure and Dynamics of Biological Macromolecules.
Journal of the American Chemical Society. Roč. 143, č. 49 (2021), s. 20670-20679. ISSN 0002-7863. E-ISSN 1520-5126
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S
GRANT EU: European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS; European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971 ; RVO:61388963
Klíčová slova: protein structure * conformational changes * radicals * trifluoromethylation * radical labeling * Togni reagents * fluoroalkylation
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Organic chemistry (UOCHB-X)
Impakt faktor: 16.383, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.1c07771
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0326382 - 7.0542410 - MBÚ 2022 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Hnízda, A. - Těšina, P. - Nguyen, T-B. - Kukačka, Zdeněk - Kater, L. - Chaplin, A. - Beckmann, R. - Ascher, D. B. - Novák, Petr - Blundell, T. L.
SAP domain forms a flexible part of DNA aperture in Ku70/80.
FEBS Journal. Roč. 288, č. 14 (2021), s. 4382-4393. ISSN 1742-464X. E-ISSN 1742-4658
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: DNA double‐ * strand break * integrative structural biology * Ku70 * 80 * nonhomologous end joining * SAP domain
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.622, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/febs.15732
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0319873 - 8.0542387 - MBÚ 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kukačka, Zdeněk - Rosůlek, Michal - Jelínek, Jan - Slavata, Lukáš - Kavan, Daniel - Novák, Petr
LinX: A Software Tool for Uncommon Cross-Linking Chemistry.
Journal of Proteome Research. Roč. 20, č. 4 (2021), s. 2021-2027. ISSN 1535-3893. E-ISSN 1535-3907
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S; GA MŠMT(CZ) LH15010; GA MŠMT(CZ) LQ1604; GA MŠMT(CZ) LD15089; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: mass spectrometry * high resolution * chemical cross-linking * proteins
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.370, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.0c00858
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0319810 - 9.0533337 - ÚOCHB 2021 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Lux, Vanda - Brouns, T. - Čermáková, Kateřina - Srb, Pavel - Fábry, M. - Mádlíková, Marcela - Hořejší, M. - Kukačka, Zdeněk - Novák, Petr - Kugler, Michael - Brynda, Jiří - DeRijck, J. - Christ, F. - Debyser, Z. - Veverka, Václav
Molecular Mechanism of LEDGF/p75 Dimerization.
Structure. Roč. 28, č. 12 (2020), s. 1288-1299. ISSN 0969-2126. E-ISSN 1878-4186
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA16-06357S; GA ČR(CZ) GA16-24309S; GA MŠMT(CZ) LO1304; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388971
Klíčová slova: protein-protein interaction * mixed-lineage leukemia * epigenetics transcription * PSIP1 * domain swapping * eletrostatic stapling * paramagnetic NMR
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Biochemistry and molecular biology (MBU-M)
Impakt faktor: 5.006, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.str.2020.08.012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0311763 - 10.0531921 - MBÚ 2021 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Fiala, Jan - Kukačka, Zdeněk - Novák, Petr
Influence of cross-linker polarity on selectivity towards lysine side chains.
Journal of Proteomics. Roč. 218, APR 30 (2020), č. článku 103716. ISSN 1874-3919. E-ISSN 1876-7737
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S; GA MŠMT(CZ) LD15089; GA MŠMT(CZ) LQ1604; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS; European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS; European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS
Výzkumná infrastruktura: CIISB - 90043
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: Structural mass spectrometry * Protein structure * Chemical cross-linking
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.044, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1874391920300841
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0310557