Výsledky vyhledávání
- 1.0556370 - FGÚ 2023 RIV FR eng J - Článek v odborném periodiku
Jůza, R. - Vojtěchová, I. - Štefková-Mazochová, K. - Dehaen, W. - Petrásek, T. - Prchal, L. - Kobrlová, T. - Janoušek, J. - Vlček, P. - Mezeiová, E. - Svozil, D. - Zdarová Karasová, J. - Pejchal, J. - Stark, H. - Satala, G. - Bojarski, A. J. - Kubacka, M. - Mogilski, S. - Randáková, Alena - Musílek, K. - Soukup, O. - Korábečný, J.
Novel D-2/5-HT receptor modulators related to cariprazine with potential implication to schizophrenia treatment.
European Journal of Medicinal Chemistry. Roč. 232, Mar 15 (2022), č. článku 114193. ISSN 0223-5234. E-ISSN 1768-3254
Institucionální podpora: RVO:67985823
Klíčová slova: aripiprazole * cariprazine * dopamine type 2 receptor * drug development * serotonin receptor type 3 * schizophrenia * 1,4-Di-substituted aromatic piperazines * antipsychotic
Obor OECD: Pharmacology and pharmacy
Impakt faktor: 6.7, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2022.114193
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0330742 - 2.0499565 - BTÚ 2019 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Schneider, Bohdan - Božíková, Paulina - Nečasová, Iva - Čech, P. - Svozil, D. - Černý, Jiří
A DNA structural alphabet provides new insight into DNA flexibility.
Acta Crystallographica Section D-Structural Biology. Roč. 74, JAN 2018 (2018), s. 52-64. ISSN 2059-7983. E-ISSN 2059-7983
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109; GA MŠMT(CZ) LM2015047
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) EF16_013/0001777
Program: EF - Operační program výzkum, vývoj, vzdělávání (2014 - 2020)
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: DNA structure * X-ray structure * NMR structure
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.227, rok: 2018
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0291765 - 3.0484505 - BTÚ 2018 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Schneider, Bohdan - Božíková, Paulina - Čech, P. - Svozil, D. - Černý, Jiří
A DNA Structural Alphabet Distinguishes Structural Features of DNA Bound to Regulatory Proteins and in the Nucleosome Core Particle.
Genes. Roč. 8, č. 10 (2017), č. článku 278. E-ISSN 2073-4425
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) EF16_013/0001777
Program: EF - Operační program výzkum, vývoj, vzdělávání (2014 - 2020)
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: DNA * DNA-protein recognition * transcription factors
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 3.191, rok: 2017
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0281849 - 4.0431254 - BTÚ 2015 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Schneider, Bohdan - Černý, Jiří - Svozil, D. - Čech, P. - Gelly, J.-Ch. - de Brevern, A.G.
Bioinformatic analysis of the protein/DNA interface.
Nucleic Acids Research. Roč. 42, č. 5 (2014), s. 3381-3394. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) MEB021032; GA ČR GAP305/12/1801; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50520701
Klíčová slova: DNA-BINDING-SITES * STRUCTURE-BASED PREDICTION * NUCLEIC ACID RECOGNITION
Kód oboru RIV: EB - Genetika a molekulární biologie
Impakt faktor: 9.112, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0235832Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup Schneider_NAR_42_3381_14.pdf 8 7.2 MB Vydavatelský postprint vyžádat - 5.0394810 - BTÚ 2014 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Čech, P. - Kukal, J. - Černý, Jiří - Schneider, Bohdan - Svozil, D.
Automatic workflow for the classification of local DNA conformations.
BMC Bioinformatics. Roč. 14, č. 205 (2013). ISSN 1471-2105. E-ISSN 1471-2105
Grant CEP: GA ČR GAP305/12/1801
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50520701
Klíčová slova: DNA * Dinucleotide conformation * Classification * Machine learning * Neural network * k-NN * Cluster analysis
Kód oboru RIV: EB - Genetika a molekulární biologie
Impakt faktor: 2.672, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0222972Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup Cech_BMCBioinfo_14_205_13.pdf 13 1.1 MB Vydavatelský postprint vyžádat - 6.0386045 - BFÚ 2013 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Morgado, C.A. - Svozil, D. - Turner, D.H. - Šponer, Jiří
Understanding the role of base stacking in nucleic acids. MD and QM analysis of tandem GA base pairs in RNA duplexes.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 14, č. 36 (2012), s. 12580-12591. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: GA base pairs * base stacking * RNA duplexes
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.829, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0220147 - 7.0373424 - BFÚ 2012 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Morgado, Claudio A. - Jurečka, P. - Svozil, D. - Hobza, P. - Šponer, Jiří
Reference MP2/CBS and CCSD(T) quantum-chemical calculations on stacked adenine dimers. Comparison with DFT-D, MP2.5, SCS(MI)-MP2, M06-2X, CBS(SCS-D) and force field descriptions.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 12, č. 14 (2010), s. 3522-3534. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030
Klíčová slova: quantum chemistry * stacking * force field
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.454, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0206526 - 8.0356082 - BFÚ 2011 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mládek, Arnošt - Šponer, Judit E. - Jurečka, P. - Banáš, P. - Otyepka, M. - Svozil, D. - Šponer, Jiří
Conformational energies of DNA sugar-phosphate backbone: Reference QM calculations and a comparison with density functional theory and molecular mechanics.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 6, č. 12 (2010), s. 3817-3835. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GAP208/10/2302
Grant ostatní: GA ČR(CZ) GD203/09/H046; GA MŠk(CZ) LC06030; GA MŠk(CZ) LC512
Program: GD; LC; LC
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: intramolecular hydrogen-bonds * main-group thermochemistry * set superposition error
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.138, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0194699 - 9.0345379 - BFÚ 2011 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Morgado, Claudio A. - Jurečka, P. - Svozil, D. - Hobza, P. - Šponer, Jiří
Reference MP2/CBS and CCSD(T) quantum-chemical calculations on stacked adenine dimers. Comparison with DFT-D, MP2.5, SCS(MI)-MP2, M06-2X, CBS(SCS-D) and force field descriptions.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 12, č. 14 (2010), s. 3522-3534. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA MŠMT(CZ) LC06030
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) LC512
Program: LC
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: quantum chemistry * stacking * force field
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.454, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0186660 - 10.0338172 - BFÚ 2010 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Svozil, D. - Hobza, Pavel - Šponer, Jiří
Comparison of intrinsic stacking energies of ten unique dinucleotide steps in A-RNA and B-DNA duplexes. Can we determine correct order of stability by quantum-chemical calculations?
[Srovnání stacking energií deseti dinukleotidových stepů v A-RNA a B-DNA duplexes. Můžeme správně určit pořadí stability pomocí kvantově chemických výpočtů?]
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 114, č. 2 (2010), s. 1191-1203. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC512; GA MŠMT(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) IAA400040802
Grant ostatní: GA ČR(CZ) GA203/09/1476
Program: GA
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702; CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: molecular dynamics * quantum chemistry * base pair step
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.603, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0005697