Výsledky vyhledávání
- 1.0440900 - BFÚ 2015 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mlýnský, V. - Banáš, P. - Walter, N.G. - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
QM/MM Studies of Hairpin Ribozyme Self-Cleavage Suggest the Feasibility of Multiple Competing Reaction Mechanisms.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 115, č. 47 (2011), s. 13911-13924. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/10/2302; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: TRANSITION-STATE STABILIZATION * BASE-PHOSPHATE INTERACTIONS * DENSITY-FUNCTIONAL THEORY
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.696, rok: 2011
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0244011 - 2.0389524 - BFÚ 2013 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Banáš, Pavel - Sklenovský, P. - Wedekind, J.E. - Šponer, Jiří - Otyepka, Michal
Molecular Mechanism of preQ(1) Riboswitch Action: A Molecular Dynamics Study.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 116, č. 42 (2012), s. 12721-12734. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GD203/09/H046; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GAP208/12/1878; GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Grant ostatní: GA ČR(CZ) GBP208/12/G016
Program: GB
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: HEPATITIS-DELTA VIRUS * PARTICLE MESH EWALD * SAM-II RIBOSWITCH
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika; BO - Biofyzika (BFU-R)
Impakt faktor: 3.607, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0218381 - 3.0384778 - BFÚ 2013 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Ovaere, M. - Šponer, Jiří - Šponer, Judit E. - Herdewijn, P. - Van Meervelt, L.
How does hydroxyl introduction influence the double helical structure: the stabilization of an altritol nucleic acid:ribonucleic acid duplex.
Nucleic Acids Research. Roč. 40, č. 15 (2012), s. 7573-7583. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/11/1822; GA ČR(CZ) GAP208/10/2302; GA ČR(CZ) GA203/09/1476
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: duplex * atritol nucleic acids * O2' and O4' hydroxyl group
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 8.278, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0214307 - 4.0384773 - BFÚ 2013 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Réblová, Kamila - Šponer, Jiří - Lankaš, Filip
Structure and mechanical properties of the ribosomal L1 stalk three-way junction.
Nucleic Acids Research. Roč. 40, č. 13 (2012), s. 6290-6303. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822; GA ČR(CZ) GAP208/12/1878; GA ČR(CZ) GBP305/12/G034; GA ČR GBP208/12/G016; GA AV ČR(CZ) KJB400040901
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702; CEZ:AV0Z40550506
Institucionální podpora: RVO:68081707 ; RVO:61388963
Klíčová slova: three-way junction * molecular dynamics * RNA
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 8.278, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0214303 - 5.0384771 - BFÚ 2013 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Zgarbová, M. - Luque, F.J. - Šponer, Jiří - Otyepka, M. - Jurečka, P.
A novel approach for deriving force field torsion angle parameters accounting for conformation-dependent solvation effects.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 8, č. 9 (2012), s. 3232-3242. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GD203/09/H046; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822; GA ČR(CZ) GAP208/12/1878; GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Grant ostatní: GA ČR(CZ) GAP208/10/1742
Program: GA
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: molecular dynamics simulations * guanine quadruplex * DNA ligand binding
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.389, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0214301 - 6.0384749 - BFÚ 2013 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Beššeová, Ivana - Banáš, Pavel - Kührová, P. - Košinová, P. - Otyepka, Michal - Šponer, Jiří
Simulations of A-RNA duplexes. The effect of sequence, solute force field, water model, and salt concentration.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 116, č. 33 (2012), s. 9899-9916. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GBP305/12/G034; GA ČR(CZ) GAP208/12/1878; GA ČR(CZ) GD203/09/H046; GA ČR(CZ) GA203/09/1476
Grant ostatní: GA AV ČR(CZ) GPP301/11/P558
Program: GP
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: A-RNA * molecular dynamics * force field
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.607, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0007281 - 7.0384735 - BFÚ 2013 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří - Mládek, Arnošt - Šponer, Judit E. - Svozil, Daniel - Zgarbová, M. - Banáš, Pavel - Jurečka, P. - Otyepka, M.
The DNA and RNA sugar-phosphate backbone emerges as the key player. An overview of quantum-chemical, structural biology and simulation studies.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 14, č. 44 (2012), s. 15257-15277. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA ČR(CZ) GD203/09/H046; GA ČR(CZ) GAP208/10/2302; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822; GA ČR(CZ) GAP208/12/1878; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: DNA * RNA * sugar-phosphate backbone
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.829, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0214279 - 8.0379853 - BFÚ 2013 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří - Morgado, C.A. - Svozil, Daniel
Comment on “Computational model for predicting experimental RNA and DNA nearest-neighbor free energy rankings”.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 116, č. 28 (2012), s. 8331-8332. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/10/2302; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GAP208/12/1878; GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: acid base-pair * stacking energy * stability
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.607, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0215386 - 9.0379848 - BFÚ 2013 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Banáš, P. - Mládek, Arnošt - Otyepka, M. - Zgarbová, M. - Jurečka, P. - Svozil, Daniel - Lankaš, Filip - Šponer, Jiří
Can we accurately describe the structure of adenine tracts in B-DNA? Reference quantum-chemical computations reveal overstabilization of stacking by molecular mechanics.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 8, č. 7 (2012), s. 2448-2460. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GD203/09/H046; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822; GA ČR(CZ) GAP208/12/1878; GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Grant ostatní: GA ČR(CZ) GAP208/10/1742; GA ČR(CZ) GPP301/11/P558
Program: GA; GP
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702; CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: refinement of empirical force fields * DNA * Z-DNA backbone
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.389, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0215385 - 10.0379846 - BFÚ 2013 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Krepl, Miroslav - Zgarbová, M. - Stadlbauer, Petr - Otyepka, M. - Banáš, P. - Koča, J. - Cheatham III, T.E. - Jurečka, P. - Šponer, Jiří
Reference simulations of noncanonical nucleic acids with different chí variants of the AMBER force field: Quadruplex DNA, quadruplex RNA, and Z-DNA.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 8, č. 7 (2012), s. 2506-2520. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GD203/09/H046; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822; GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: refinement of empirical force fields * DNA * Z-DNA backbone
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.389, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0215383