Výsledky vyhledávání
- 1.0562066 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Vymětal, Jiří - Vondrášek, Jiří
Iterative Landmark-Based Umbrella Sampling (ILBUS) Protocol for Sampling of Conformational Space of Biomolecules.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 62, č. 19 (2022), s. 4783-4798. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-03488S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: Monte-carlo simulation * molecular dynamics * alanine dipeptidea
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00370
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0334483 - 2.0559713 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Vymětal, Jiří - Mertová, Kateřina - Boušová, Kristýna - Šulc, Josef - Tripsianes, K. - Vondrášek, Jiří
Fusion of two unrelated protein domains in a chimera protein and its 3D prediction: Justification of the x-ray reference structures as a prediction benchmark.
Proteins-Structure, Function and Bioinformatics. Roč. 90, č. 12 (2022), s. 2067-2079. ISSN 0887-3585. E-ISSN 1097-0134
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA ČR(CZ) GA19-03488S
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: 3D structure prediction * fusion proteins * molecular simulations * X-ray crystallography
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 2.9, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1002/prot.26398
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0332921 - 3.0559020 - ÚOCHB 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Tretyachenko, V. - Vymětal, Jiří - Neuwirthova, T. - Vondrášek, Jiří - Fujishima, K. - Hlouchová, Klára
Modern and prebiotic amino acids support distinct structural profiles in proteins.
Open Biology. Roč. 12, č. 6 (2022), č. článku 220040. E-ISSN 2046-2441
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: protein sequence space * protein structure * amino acid alphabet * genetic code evolution * random proteins
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.8, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1098/rsob.220040
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0332442 - 4.0556398 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Boušová, Kristýna - Zouharová, Monika - Heřman, P. - Vymětal, Jiří - Vetýšková, Veronika - Jirásková, Kateřina - Vondrášek, Jiří
TRPM5 Channel Binds Calcium-Binding Proteins Calmodulin and S100A1.
Biochemistry. Roč. 61, č. 6 (2022), s. 413-423. ISSN 0006-2960
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ion channel * ryanodine receptor * N-terminus
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 2.9, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.biochem.1c00647
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0331043 - 5.0544133 - ÚOCHB 2022 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Vymětal, Jiří - Jakubec, Dávid - Galgonek, Jakub - Vondrášek, Jiří
Amino Acid Interactions (INTAA) web server v2.0: a single service for computation of energetics and conservation in biomolecular 3D structures.
Nucleic Acids Research. Roč. 49, W1 (2021), W15-W20. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA ČR(CZ) GA19-03488S; GA MŠMT(CZ) LM2018131
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: homeodomain * proteins * residues
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 19.160, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/nar/gkab377
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0321176
Vědecká data: GitHub - 6.0538306 - ÚOCHB 2022 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Zouharová, Monika - Vymětal, Jiří - Bednárová, Lucie - Vaněk, O. - Herman, P. - Vetýšková, Veronika - Poštulková, Klára - Lingstaadas, P. S. - Vondrášek, Jiří - Boušová, Kristýna
Intrinsically disordered protein domain of human ameloblastin in synthetic fusion with calmodulin increases calmodulin stability and modulates its function.
International Journal of Biological Macromolecules. Roč. 168, Jan 31 (2021), s. 1-12. ISSN 0141-8130. E-ISSN 1879-0003
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: calmodulin * fusion protein * intrinsically disordered protein (IDP) * ameloblastin
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 8.025, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2020.11.216
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0316306 - 7.0536820 - ÚOCHB 2021 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Vetýšková, Veronika - Zouharová, Monika - Bednárová, Lucie - Vaněk, O. - Sázelová, Petra - Kašička, Václav - Vymětal, Jiří - Srp, Jaroslav - Rumlová, M. - Charnavets, Tatsiana - Poštulková, Klára - Reseland, J. E. - Boušová, Kristýna - Vondrášek, Jiří
Characterization of AMBN I and II Isoforms and Study of Their Ca2+-Binding Properties.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 21, č. 23 (2020), č. článku 9293. E-ISSN 1422-0067
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA MŠMT(CZ) LM2018127
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:86652036
Klíčová slova: ameloblastin * biomineralization * oligomerization * calcium binding * intrinsically disordered protein (IDPs)
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Biochemistry and molecular biology (BTO-N)
Impakt faktor: 5.924, rok: 2020
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.3390/ijms21239293
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0314572 - 8.0508837 - ÚOCHB 2020 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Vymětal, Jiří - Vondrášek, Jiří - Hlouchová, Klára
Sequence Versus Composition: What Prescribes IDP Biophysical Properties?
Entropy. Roč. 21, č. 7 (2019), č. článku 654. E-ISSN 1099-4300
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA MŠMT(CZ) LM2015047
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: IDP * IDR * sequence randomization * secondary structure prediction * aggregation propensity
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 2.494, rok: 2019
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1099-4300/21/7/654
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0299640 - 9.0502462 - ÚOCHB 2020 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Culka, Martin - Galgonek, Jakub - Vymětal, Jiří - Vondrášek, Jiří - Rulíšek, Lubomír
Toward Ab Initio Protein Folding: Inherent Secondary Structure Propensity of Short Peptides from the Bioinformatics and Quantum-Chemical Perspective.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 123, č. 6 (2019), s. 1215-1227. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA17-24155S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecular dynamics * hydrogen exchange * basis sets
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 2.857, rok: 2019
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.8b09245
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0296497 - 10.0501431 - ÚOCHB 2020 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Vymětal, Jiří - Jurásková, Veronika - Vondrášek, Jiří
AMBER and CHARMM Force Fields Inconsistently Portray the Microscopic Details of Phosphorylation.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 15, č. 1 (2019), s. 665-679. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA MŠMT(CZ) LM2015047
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: intrinsically disordered proteins * molecular dynamics simulations * amino acids
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.011, rok: 2019
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.8b00715
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0296233