Výsledky vyhledávání
- 1.0582988 - BTÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Schneider, Bohdan - Sweeney, B. A. - Bateman, A. - Černý, Jiří - Zok, T. - Szachniuk, M.
When will RNA get its AlphaFold moment?
Nucleic Acids Research. Roč. 51, č. 18 (2023), s. 9522-9352. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2023055
Výzkumná infrastruktura: ELIXIR-CZ II - 90131
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: conformation-dependent restraints * 3-dimensional structure * structure prediction * ribosomal-subunit
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 14.9, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article/51/18/9522/7272628?login=true
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351031 - 2.0575416 - BTÚ 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Kolenko, Petr - Mikulecký, Pavel - Pham, Phuong Ngoc - Malý, Martin - Schneider, Bohdan
Diffraction anisotropy and paired refinement: crystal structure of H33, a protein binder to interleukin 10.
Journal of Applied Crystallography. Roč. 56, part 4 (2023), s. 1261-1266. ISSN 0021-8898. E-ISSN 1600-5767
Grant CEP: GA MŠMT EF16_019/0000778; GA MŠMT(CZ) LM2018127
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: anisotropy * paired refinement * binder H33
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 6.1, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S160057672300479X
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0345865 - 3.0574534 - BTÚ 2024 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Pham, Phuong Ngoc - Zahradník, J. - Kolářová, Lucie - Schneider, Bohdan - Fuertes, Gustavo
Regulation of IL-24/IL-20R2 complex formation using photocaged tyrosines and UV light.
Frontiers in molecular biosciences. Roč. 10, JUL 7 2023 (2023), č. článku 1214235. E-ISSN 2296-889X
Grant CEP: GA MŠMT LM2023042; GA MŠMT EF15_003/0000447; GA MŠMT(CZ) EF18_046/0015974; GA MŠMT LX22NPO5102
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: protein-protein interactions (PPI) * interleukin-24 * cytokines * optobinders * genetically encoded non-canonical amino acids (ncAA) * photocaged proteins
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2023.1214235/full
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0345655 - 4.0574529 - BTÚ 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Svoboda, Jakub - Berdár, Daniel - Kolenko, Petr - Černý, Jiří - Nováková, Zora - Pavlíček, Jiří - Schneider, Bohdan
Conformation-based refinement of 18-mer DNA structures.
Acta Crystallographica Section D-Biological Crystallography. Roč. 79, JUL 2023 (2023), s. 655-665. ISSN 1399-0047. E-ISSN 2059-7983
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LTAUSA18197; GA MŠMT EF16_019/0000778
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: DNA structure * dnatco.datmos.org * structure validation * structure refinement * base pairing
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 2.2, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S2059798323004679
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0345411 - 5.0571540 - BTÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Chaudhari, Aditya S. - Chatterjee, Aditi - Domingos, C. A. O. - Andrikopoulos, Prokopis C. - Liu, Yingliang - Andersson, Inger - Schneider, Bohdan - Lorenz-Fonfria, Victor A. - Fuertes, Gustavo
Genetically encoded non-canonical amino acids reveal asynchronous dark reversion of chromophore, backbone, and side-chains in EL222.
Protein Science. Roč. 32, č. 4 (2023), č. článku e4590. ISSN 0961-8368. E-ISSN 1469-896X
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF18_046/0015974; GA MŠMT EF15_003/0000447; GA MŠMT(CZ) LM2018127
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: flavoproteins * FTIR spectroscopy * genetic code expansion * kinetics * vis spectroscopy
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 8, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pro.4590
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0347902 - 6.0569019 - BTÚ 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Huličiak, Maroš - Biedermannová, Lada - Berdár, Daniel - Herynek, Štěpán - Kolářová, Lucie - Tomala, Jakub - Mikulecký, Pavel - Schneider, Bohdan
Combined in vitro and cell-based selection display method producing specific binders against IL-9 receptor in high yields.
FEBS Journal. Roč. 290, č. 11 (2023), s. 2993-3005. ISSN 1742-464X. E-ISSN 1742-4658
Grant CEP: GA MŠMT LX22NPO5102; GA MŠMT(CZ) LM2018127; GA MŠMT(CZ) EF18_046/0015974; GA ČR(CZ) GA20-13029S
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: directed evolution * interleukin 9 receptor alpha * protein scaffolds * ribosome display * yeast display
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.4, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/febs.16726
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340309 - 7.0568516 - BTÚ 2024 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Liu, Yingliang - Chaudhari, Aditya S. - Chatterjee, Aditi - Andrikopoulos, Prokopis C. - Picchiotti, A. - Rebarz, M. - Kloz, M. - Lorenz-Fonfria, V. A. - Schneider, Bohdan - Fuertes, Gustavo
Sub-Millisecond Photoinduced Dynamics of Free and EL222-Bound FMN by Stimulated Raman and Visible Absorption Spectroscopies.
Biomolecules. Roč. 13, č. 1 (2023), č. článku 161. E-ISSN 2218-273X
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: flavins * protein structural dynamics * light-oxygen-voltage (LOV) photosensors * femtosecond-stimulated Raman spectroscopy (FSRS) * photochemistry
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.5, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/2218-273X/13/1/161
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0342657 - 8.0560262 - BTÚ 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Biedermannová, Lada - Černý, Jiří - Malý, Michal - Nekardová, Michaela - Schneider, Bohdan
Knowledge-based prediction of DNA hydration using hydrated dinucleotides as building blocks.
Acta Crystallographica Section D-Biological Crystallography. Roč. 78, AUG 1 2022 (2022), s. 1032-1045. ISSN 1399-0047. E-ISSN 2059-7983
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LTAUSA18197; GA MŠMT(CZ) LM2018131
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: DNA hydration * water * dinucleotide fragments * knowledge-based prediction * WatNA
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 2.2, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S2059798322006234
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0333870 - 9.0557060 - BTÚ 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Berman, H. - Lawson, C. - Schneider, Bohdan
Developing Community Resources for Nucleic Acid Structures.
Life. Roč. 12, č. 4 (2022), č. článku 540. E-ISSN 2075-1729
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: nucleic acid structures * nucleic acid conformation * biological structure database
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.2, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/2075-1729/12/4/540
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0331354 - 10.0550560 - BTÚ 2022 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Kolářová, Lucie - Zahradnik, J. - Huličiak, Maroš - Mikulecký, Pavel - Peleg, Y. - Shemesh, M. - Schreiber, G. - Schneider, Bohdan
De novo developed protein binders mimicking Interferon lambda signaling.
FEBS Journal. DEC 2021, 2021-12-11 (2021). ISSN 1742-464X. E-ISSN 1742-4658
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-17398S; GA MŠMT(CZ) LM2018127
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: crystal-structure * escherichia-coli * structural basis * receptor * affinity * scaffold * complex * therapeutics * expression
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.622, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/febs.16300
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0328976