Výsledky vyhledávání
- 1.0554903 - BFÚ 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Janeček, Michal - Kührová, P. - Mlýnský, Vojtech - Otyepka, Michal - Šponer, Jiří - Banáš, Pavel
W-RESP: Well-Restrained Electrostatic Potential-Derived Charges. Revisiting the Charge Derivation Model.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 17, č. 6 (2021), s. 3495-3509. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-16554S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: correlated molecular calculations * gaussian-basis sets * density-functional theory * partial atomic charges * force-field * ab-initio
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 6.578, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.0c00976
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0329517 - 2.0542030 - BFÚ 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Stadlbauer, Petr - Islam, Barira - Otyepka, Michal - Chen, J. - Monchaud, D. - Zhou, J. - Mergny, Jean-Louis - Šponer, Jiří
Insights into G-Quadruplex-Hemin Dynamics Using Atomistic Simulations: Implications for Reactivity and Folding.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 17, č. 3 (2021), s. 1883-1899. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA21-23718S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: G-Quadruplex-Hemin * Atomistic Simulations * Dynamics
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 6.578, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.0c01176
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0319543 - 3.0540054 - BFÚ 2021 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mráziková, Klaudia - Mlýnský, Vojtech - Kührová, P. - Pokorná, Pavlína - Kruse, Holger - Krepl, Miroslav - Otyepka, Michal - Banáš, Pavel - Šponer, Jiří
UUCG RNA Tetraloop as a Formidable Force-Field Challenge for MD Simulations.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 16, č. 12 (2020), s. 7601-7617. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-16554S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: UUCG RNA Tetraloop * Force-Field * MD Simulations
Obor OECD: Atomic, molecular and chemical physics (physics of atoms and molecules including collision, interaction with radiation, magnetic resonances, Mössbauer effect)
Impakt faktor: 6.006, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.0c00801
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0317722 - 4.0539743 - BFÚ 2021 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mlýnský, Vojtech - Kührová, P. - Kuhr, T. - Otyepka, Michal - Bussi, G. - Banáš, Pavel - Šponer, Jiří
Fine-Tuning of the AMBER RNA Force Field with a New Term Adjusting Interactions of Terminal Nucleotides.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 16, č. 6 (2020), s. 3936-3946. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-16554S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * monovalent ion parameters * replica exchange * stacking * energies * nmr
Obor OECD: Atomic, molecular and chemical physics (physics of atoms and molecules including collision, interaction with radiation, magnetic resonances, Mössbauer effect)
Impakt faktor: 6.006, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.0c00228
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0317442 - 5.0536138 - BFÚ 2021 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Islam, Barira - Stadlbauer, Petr - Vorlíčková, Michaela - Mergny, Jean-Louis - Otyepka, Michal - Šponer, Jiří
Stability of Two-Quartet G-Quadruplexes and Their Dimers in Atomistic Simulations.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 16, č. 6 (2020), s. 3447-3463. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA19-17063S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * human telomeric rna * resolution crystal-structure * monovalent ion parameters * force-field * k+ solution
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 6.006, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.9b01068
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0313961 - 6.0518355 - BFÚ 2020 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Stadlbauer, Petr - Kührová, P. - Vicherek, L. - Banáš, Pavel - Otyepka, Michal - Trantírek, Lukáš - Šponer, Jiří
Parallel G-triplexes and G-hairpins as potential transitory ensembles in the folding of parallel-stranded DNA G-Quadruplexes.
Nucleic Acids Research. Roč. 47, č. 14 (2019), s. 7276-7293. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA16-13721S; GA ČR GA17-12075S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: telomeric g-quadruplex * amber force-field * monovalent ion parameters * single-molecule fret * particle mesh ewald * nucleic-acids
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 11.502, rok: 2019
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article-pdf/47/14/7276/29185953/gkz610.pdf
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0303512 - 7.0502419 - BFÚ 2019 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Havrila, Marek - Stadlbauer, Petr - Kührová, P. - Banáš, P. - Mergny, Jean-Louis - Otyepka, Michal - Šponer, Jiří
Structural dynamics of propeller loop: towards folding of RNA G-quadruplex.
Nucleic Acids Research. Roč. 46, č. 17 (2018), s. 8754-8771. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA16-13721S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: telomeric g-quadruplex * monovalent ion parameters * particle mesh ewald * molecular-dynamics
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 11.147, rok: 2018
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294352 - 8.0485734 - BFÚ 2018 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Islam, Barira - Stadlbauer, Petr - Gil-Ley, A. - Perez-Hernandez, J. A. - Haider, S.M. - Neidle, S. - Bussi, G. - Banáš, P. - Otyepka, Michal - Šponer, Jiří
Exploring the Dynamics of Propeller Loops in Human Telomeric DNA Quadruplexes Using Atomistic Simulations.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 13, č. 6 (2017), s. 2458-2480. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA16-13721S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: amber force-field * particle mesh ewald
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.399, rok: 2017
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0280681 - 9.0471959 - BFÚ 2017 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kührová, P. - Best, R.B. - Bottaro, S. - Bussi, G. - Šponer, Jiří - Otyepka, Michal - Banáš, Pavel
Computer Folding of RNA Tetraloops: Identification of Key Force Field Deficiencies.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 12, č. 9 (2016), s. 4534-4548. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR GAP208/12/1878
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * base-pairs * tertiary interactions * explicit-solvent
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.245, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0269320 - 10.0442423 - BFÚ 2015 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Mlýnský, V. - Walter, Nils G. - Šponer, Jiří - Otyepka, Michal - Banáš, Pavel
The role of an active site Mg2+ in HDV ribozyme self-cleavage: insights from QM/MM calculations.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 17, č. 1 (2015), s. 670-679. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/12/1878
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: HEPATITIS-DELTA-VIRUS * MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS * 2'-HYDROXYL GROUP
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 4.449, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0245238