Výsledky vyhledávání
- 1.0571531 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kührová, P. - Mlýnský, Vojtech - Otyepka, M. - Šponer, Jiří - Banáš, P.
Sensitivity of the RNA Structure to Ion Conditions as Probed by Molecular Dynamics Simulations of Common Canonical RNA Duplexes.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 63, č. 7 (2023), s. 2133-2146. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: AMBER FORCE-FIELD * NUCLEIC-ACIDS * CATION-BINDING
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.2c01438
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0346082 - 2.0569260 - BFÚ 2023 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Paloncyova, M. - Pykal, M. - Kührová, P. - Banáš, P. - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
Computer Aided Development of Nucleic Acid Applications in Nanotechnologies.
Small. Roč. 18, č. 49 (2022). ISSN 1613-6810. E-ISSN 1613-6829
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-23718S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: biosensors * force fields * lipid nanoparticles * MD simulations * nucleic acids * nucleic acid templated assemblies
Obor OECD: Coating and films
Impakt faktor: 13.3, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/smll.202204408
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340647 - 3.0509872 - BFÚ 2020 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Cesari, A. - Bottaro, S. - Lindorfr-Larsen, K. - Banáš, P. - Šponer, Jiří - Bussi, G.
Fitting Corrections to an RNA Force Field Using Experimental Data.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 15, č. 6 (2019), s. 3425-3431. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: free-energy landscape * nucleic-acids * parameters
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.011, rok: 2019
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.9b00206
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0300472 - 4.0502419 - BFÚ 2019 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Havrila, Marek - Stadlbauer, Petr - Kührová, P. - Banáš, P. - Mergny, Jean-Louis - Otyepka, Michal - Šponer, Jiří
Structural dynamics of propeller loop: towards folding of RNA G-quadruplex.
Nucleic Acids Research. Roč. 46, č. 17 (2018), s. 8754-8771. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA16-13721S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: telomeric g-quadruplex * monovalent ion parameters * particle mesh ewald * molecular-dynamics
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 11.147, rok: 2018
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294352 - 5.0492310 - BFÚ 2019 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří - Bussi, G. - Krepl, Miroslav - Banáš, P. - Bottaro, S. - Cunha, R.A. - Gil-Ley, A. - Pinamonti, G. - Poblete, S. - Juračka, P. - Walter, N. G. - Otyepka, M.
RNA Structural Dynamics As Captured by Molecular Simulations: A Comprehensive Overview.
Chemical Reviews. Roč. 118, č. 8 (2018), s. 4177-4338. ISSN 0009-2665. E-ISSN 1520-6890
Grant CEP: GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: hepatitis-delta-virus * free-energy calculations * amber force-field * 5s ribosomal-rna
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 54.301, rok: 2018
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.chemrev.7b00427
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0285837 - 6.0485739 - BFÚ 2018 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří - Bussi, G. - Stadlbauer, Petr - Kührová, P. - Banáš, P. - Islam, Barira - Haider, S. - Neidle, S. - Otyepka, M.
Folding of guanine quadruplex molecules-funnel-like mechanism or kinetic partitioning? An overview from MD simulation studies.
Biochimica et Biophysica Acta-General Subjects. Roč. 1861, č. 5 (2017), s. 1246-1263. ISSN 0304-4165. E-ISSN 1872-8006
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA16-13721S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: telomeric g-quadruplex * parallel g-quadruplex
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.679, rok: 2017
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0280684 - 7.0485734 - BFÚ 2018 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Islam, Barira - Stadlbauer, Petr - Gil-Ley, A. - Perez-Hernandez, J. A. - Haider, S.M. - Neidle, S. - Bussi, G. - Banáš, P. - Otyepka, Michal - Šponer, Jiří
Exploring the Dynamics of Propeller Loops in Human Telomeric DNA Quadruplexes Using Atomistic Simulations.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 13, č. 6 (2017), s. 2458-2480. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA16-13721S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: amber force-field * particle mesh ewald
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.399, rok: 2017
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0280681 - 8.0476549 - BFÚ 2018 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Zgarbová, M. - Jurečka, P. - Banáš, P. - Havrila, Marek - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
Noncanonical alpha/gamma Backbone Conformations in RNA and the Accuracy of Their Description by the AMBER Force Field.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 121, č. 11 (2017), s. 2420-2433. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * sugar-phosphate backbone * free-energy landscape * ribosomal-rna
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.146, rok: 2017
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0273031 - 9.0476273 - BFÚ 2018 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří - Krepl, Miroslav - Banáš, P. - Kührová, P. - Zgarbová, M. - Jurečka, P. - Havrila, Marek - Otyepka, M.
How to understand atomistic molecular dynamics simulations of RNA and protein-RNA complexes?
Wiley Interdisciplinary Reviews-RNA. Roč. 8, č. 3 (2017), č. článku e1405. ISSN 1757-7004. E-ISSN 1757-7012
Grant CEP: GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) LO1305
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: hepatitis-delta-virus * amber force-field * free-energy landscape * hdv ribozyme
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.844, rok: 2017
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0272813 - 10.0467239 - ÚEB 2017 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Bazgier, Václav - Berka, K. - Otyepka, M. - Banáš, P.
Exponential Repulsion Improves Structural Predictability of Molecular Docking.
Journal of Computational Chemistry. Roč. 37, č. 28 (2016), s. 2485-2494. ISSN 0192-8651. E-ISSN 1096-987X
Institucionální podpora: RVO:61389030
Klíčová slova: cyclin-dependent kinases * structure-based design * scoring functions * cdk2 inhibitors * force-field * ligand interactions * drug discovery * purine * potent * protein-kinase-2 * molecular docking * dock 6.6 * drug design * cyclin-dependent kinase 2 * directory of decoys
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 3.229, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0265352Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 2016_Bazgier_JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY_2485.pdf 0 445.8 KB Jiná povolen