Výsledky vyhledávání
- 1.0455892 - BFÚ 2016 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kruse, H. - Mládek, Arnošt - Gkionis, Konstantinos - Hansen, A. - Grimme, S. - Šponer, Jiří
Quantum Chemical Benchmark Study on 46 RNA Backbone Families Using a Dinucleotide Unit.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 11, č. 10 (2015), s. 4972-4991. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS * DENSITY-FUNCTIONAL THEORY * SUGAR-PHOSPHATE BACKBONE
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.301, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0256498 - 2.0435465 - BFÚ 2015 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mládek, Arnošt - Banáš, P. - Jurečka, P. - Otyepka, M. - Zgarbová, M. - Šponer, Jiří
Energies and 2 '-Hydroxyl Group Orientations of RNA Backbone Conformations. Benchmark CCSD(T)/CBS Database, Electronic Analysis, and Assessment of DFT Methods and MD Simulations.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 10, č. 1 (2014), s. 463-480. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/12/1878; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0068
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: DENSITY-FUNCTIONAL THEORY * SUGAR-PHOSPHATE BACKBONE * QUANTUM-CHEMICAL CALCULATIONS
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.498, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0239335 - 3.0427956 - BFÚ 2015 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Gkionis, K. - Kruse, H. - Platts, J. A. - Mládek, Arnošt - Koča, J. - Šponer, Jiří
Ion Binding to Quadruplex DNA Stems. Comparison of MM and QM Descriptions Reveals Sizable Polarization Effects Not Included in Contemporary Simulations.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 10, č. 3 (2014), s. 1326-1340. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/11/1822; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0068
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS * GAUSSIAN-BASIS SETS * TETRAMOLECULAR G-QUADRUPLEXES
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.498, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0233394 - 4.0422442 - BFÚ 2014 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří - Šponer, Judit E. - Mládek, Arnošt - Jurečka, P. - Banáš, P. - Otyepka, M.
Nature and Magnitude of Aromatic Base Stacking in DNA and RNA: Quantum Chemistry, Molecular Mechanics, and Experiment.
Biopolymers. Roč. 99, č. 12 (2013), s. 978-988. ISSN 0006-3525. E-ISSN 1097-0282
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/12/1878; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822; GA ČR(CZ) GBP305/12/G034; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0068
Grant ostatní: GA ČR(CZ) GPP301/11/P558
Program: GP
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: NUCLEIC-ACID BASES * DENSITY-FUNCTIONAL THEORY * POTENTIAL-ENERGY SURFACE
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 2.288, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0228559 - 5.0422438 - BFÚ 2014 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří (ed.) - Mládek, Arnošt - Špačková, Naďa - Cang, X. - Cheatham III, Thomas E. - Grimme, S.
Relative Stability of Different DNA Guanine Quadruplex Stem Topologies Derived Using Large-Scale Quantum-Chemical Computations.
Journal of the American Chemical Society. Roč. 135, č. 26 (2013), s. 9785-9796. ISSN 0002-7863. E-ISSN 1520-5126
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0068; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: DENSITY-FUNCTIONAL THEORY * MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS * SUGAR-PHOSPHATE BACKBONE
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 11.444, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0228558 - 6.0399419 - BFÚ 2014 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří - Šponer, Judit E. - Mládek, Arnošt - Banáš, Pavel - Jurečka, P. - Otyepka, Michal
How to understand quantum chemical computations on DNA and RNA systems? A practical guide for non-specialists.
Methods. Roč. 64, č. 1 (2013), s. 3-11. ISSN 1046-2023. E-ISSN 1095-9130
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0068; GA ČR(CZ) GAP208/12/1878; GA ČR(CZ) GBP208/12/G016
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) ED2.1.00/03.0058; GA ČR(CZ) GBP305/12/G034; GA ČR(CZ) GPP301/11/P558
Program: ED; GB; GP
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: DNA structure * Quantum chemistry * Molecular mechanics
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.221, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0226766 - 7.0392700 - BFÚ 2014 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Mládek, Arnošt - Krepl, Miroslav - Svozil, Daniel - Čech, P. - Otyepka, M. - Banáš, P. - Zgarbová, M. - Jurečka, P. - Šponer, Jiří
Benchmark quantum-chemical calculations on a complete set of rotameric families of the DNA sugar-phosphate backbone and their comparison with modern density functional theory.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 15, č. 19 (2013), s. 7295-7310. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/11/1822
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) ED1.1.00/02.0068
Program: ED
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: GAUSSIAN-BASIS SETS * GENERALIZED GRADIENT APPROXIMATION * CORRELATED MOLECULAR CALCULATIONS
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 4.198, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0221508 - 8.0392589 - BFÚ 2014 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Judit E. - Mládek, Arnošt - Šponer, Jiří
Structural and energetic factors controlling the enantioselectivity of dinucleotide formation under prebiotic conditions.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 15, č. 17 (2013), s. 6235-6242. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA ČR GAP208/10/2302
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) ED1.1.00/02.0068
Program: ED
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: APPROXIMATE COULOMB POTENTIALS * PEPTIDE-BOND FORMATION * ZETA VALENCE QUALITY
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 4.198, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0221409 - 9.0389600 - BFÚ 2014 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Ferus, Martin - Civiš, Svatopluk - Mládek, Arnošt - Šponer, Jiří - Juha, Libor - Šponer, Judit E.
On the Road from Formamide Ices to Nucleobases: IR-Spectroscopic Observation of a Direct Reaction between Cyano Radicals and Formamide in a High-Energy Impact Event.
Journal of the American Chemical Society. Roč. 134, č. 51 (2012), s. 20788-20796. ISSN 0002-7863. E-ISSN 1520-5126
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/10/2302; GA AV ČR(CZ) IAAX00100903
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Institucionální podpora: RVO:68081707 ; RVO:61388955 ; RVO:68378271
Klíčová slova: HIGH-POWER LASER * APPROXIMATE COULOMB POTENTIALS * INDUCED DIELECTRIC-BREAKDOWN
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 10.677, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0218455 - 10.0384735 - BFÚ 2013 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří - Mládek, Arnošt - Šponer, Judit E. - Svozil, Daniel - Zgarbová, M. - Banáš, Pavel - Jurečka, P. - Otyepka, M.
The DNA and RNA sugar-phosphate backbone emerges as the key player. An overview of quantum-chemical, structural biology and simulation studies.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 14, č. 44 (2012), s. 15257-15277. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA ČR(CZ) GD203/09/H046; GA ČR(CZ) GAP208/10/2302; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822; GA ČR(CZ) GAP208/12/1878; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: DNA * RNA * sugar-phosphate backbone
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.829, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0214279