Výsledky vyhledávání
- 1.0392513 - ÚOCHB 2014 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Přecechtělová, J. - Munzarová, M. L. - Vaara, J. - Novotný, J. - Dračínský, Martin - Sklenář, V.
Toward Reproducing Sequence Trends in Phosphorus Chemical Shifts for Nucleic Acids by MD/DFT Calculations.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 9, č. 3 (2013), s. 1641-1656. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) LM2010005; GA MŠk(CZ) LC06030
Program: LC
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: density-funtional calculations * molecular-dynamics simulations * phosphate group * B-DNA
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 5.310, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0221362 - 2.0379302 - BFÚ 2013 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Judit E. - Mládek, Arnošt - Šponer, Jiří - Fuentes-Cabrera, M.
Formamide-based prebiotic synthesis of nucleobases: A kinetically accessible reaction route.
Journal of Physical Chemistry A. Roč. 116, č. 1 (2012), s. 720-726. ISSN 1089-5639. E-ISSN 1520-5215
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA ČR(CZ) GAP208/10/2302; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822; GA ČR(CZ) GD203/09/H046
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: formamide * prebiotic synthesis * nucleobase
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 2.771, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0007112 - 3.0378737 - BFÚ 2013 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Judit E. - Šponer, Jiří
Is formamide nature’s choice to create life? Comment on the paper “Formamide and the origin of life“ by Raffaele Saladino et al.
Physics of Life Reviews. Roč. 9, č. 1 (2012), s. 109-110. ISSN 1571-0645. E-ISSN 1873-1457
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA ČR(CZ) GAP208/10/2302; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: formamide * prebiotic synthesis * nucleobase
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 6.583, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0210137 - 4.0373427 - BFÚ 2012 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Kašpárková, Jana - Vojtíšková, Marie - Natile, G. - Brabec, Viktor
Unique properties of DNA interstrand cross-links of antitumor oxaliplatin and the effect of chirality of the carrier ligand.
Chemistry - A European Journal. Roč. 14, č. 4 (2008), s. 1330-1341. ISSN 0947-6539. E-ISSN 1521-3765
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA305/05/2030; GA MZd(CZ) NR8562; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) KAN200200651
Program: LC; KA
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: antitumor agents * DNA * platinum
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.454, rok: 2008
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0206528 - 5.0373426 - BFÚ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Banáš, P. - Hollas, D. - Zgarbová, M. - Jurečka, P. - Orozco, M. - Cheatham III, T.E. - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
Performance of molecular mechanics force fields for RNA simulations: Stability of UUCG and GNRA hairpins.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 6, č. 12 (2010), s. 3836-3849. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA ČR(CZ) GD203/09/H046
Klíčová slova: molecular dynamics * force fields * RNA * tetraloops
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.138, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0206527 - 6.0373425 - BFÚ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří - Šponer, Judit E. - Petrov, A.I. - Leontis, N.B.
Quantum chemical studies of nucleic acids: Can we construct a bridge to the RNA structural biology and bioinformatics communities?
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 114, č. 48 (2010), s. 15723-15741. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030
Klíčová slova: quantum chemistry * RNA bioinformatics * nucleic acids
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.603, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0006884 - 7.0373424 - BFÚ 2012 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Morgado, Claudio A. - Jurečka, P. - Svozil, D. - Hobza, P. - Šponer, Jiří
Reference MP2/CBS and CCSD(T) quantum-chemical calculations on stacked adenine dimers. Comparison with DFT-D, MP2.5, SCS(MI)-MP2, M06-2X, CBS(SCS-D) and force field descriptions.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 12, č. 14 (2010), s. 3522-3534. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030
Klíčová slova: quantum chemistry * stacking * force field
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.454, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0206526 - 8.0373422 - BFÚ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Reshetnikov, R. - Golovin, A. - Spiridonova, V. - Kopylov, A. - Šponer, Jiří
Structural dynamics of thrombin-binding DNA aptamer d(GGTTGGTGTGGTTGG) quadruplex DNA studied by large-scale explicit solvent simulations.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 6, č. 10 (2010), s. 3003-3014. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030
Klíčová slova: molecular dynamics * quadruplex DNA * thrombin
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.138, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0206524 - 9.0373421 - BFÚ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Banáš, P. - Walter, N.G. - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
Protonation states of the key active site residues and structural dynamics of the glmS riboswitch as revealed by molecular dynamics.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 114, č. 26 (2010), s. 8701-8712. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA MŠMT(CZ) GD203/09/H046
Klíčová slova: riboswitch * ribozyme * RNA structure * molecular dynamics simulations
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.603, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0006883 - 10.0373420 - BFÚ 2012 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Beššeová, Ivana - Réblová, Kamila - Leontis, N.B. - Šponer, Jiří
Molecular dynamics simulations suggest that RNA three-way junctions can act as flexible RNA structural elements in the ribosome.
Nucleic Acids Research. Roč. 38, č. 18 (2010), s. 6247-6264. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GD203/09/H046; GA MŠMT(CZ) LC06030
Klíčová slova: RNA * molecular dynamics * three-way junction
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 7.836, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0206523