Výsledky vyhledávání
- 1.0511789 - BFÚ 2020 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Suddala, K.C. - Price, I.R. - Dandpat, S.S. - Janeček, Michal - Kührová, P. - Šponer, Jiří - Banáš, Pavel - Ke, A. - Walter, N.G.
Local-to-global signal transduction at the core of a Mn2+ sensing riboswitch.
Nature Communications. Roč. 10, SEP 20 2019 (2019), č. článku 4304. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics * eubacteria sense * rna structure * single
Obor OECD: Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
Impakt faktor: 12.121, rok: 2019
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41467-019-12230-5.pdf
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0302037 - 2.0440900 - BFÚ 2015 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mlýnský, V. - Banáš, P. - Walter, N.G. - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
QM/MM Studies of Hairpin Ribozyme Self-Cleavage Suggest the Feasibility of Multiple Competing Reaction Mechanisms.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 115, č. 47 (2011), s. 13911-13924. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/10/2302; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: TRANSITION-STATE STABILIZATION * BASE-PHOSPHATE INTERACTIONS * DENSITY-FUNCTIONAL THEORY
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.696, rok: 2011
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0244011 - 3.0373421 - BFÚ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Banáš, P. - Walter, N.G. - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
Protonation states of the key active site residues and structural dynamics of the glmS riboswitch as revealed by molecular dynamics.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 114, č. 26 (2010), s. 8701-8712. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA MŠMT(CZ) GD203/09/H046
Klíčová slova: riboswitch * ribozyme * RNA structure * molecular dynamics simulations
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.603, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0006883 - 4.0373416 - BFÚ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mlýnský, V. - Banáš, P. - Hollas, D. - Réblová, Kamila - Walter, N.G. - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
Extensive molecular dynamics simulations showing that canonical G8 and protonated A38H+ forms are most consistent with crystal structures of hairpin ribozyme.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 114, č. 19 (2010), s. 6642-6652. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA MŠMT(CZ) GD203/09/H046
Klíčová slova: molecular dynamics simulations * hairpin ribozyme
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.603, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0006880 - 5.0373411 - BFÚ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Ditzler, M.A. - Otyepka, M. - Šponer, Jiří - Walter, N.G.
Molecular dynamics and quantum mechanics of RNA: Conformational and chemical change we can believe in.
Accounts of Chemical Research. Roč. 43, č. 1 (2010), s. 40-47. ISSN 0001-4842. E-ISSN 1520-4898
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA ČR(CZ) GA203/09/1476
Klíčová slova: molecular dynamics * quantum chemistry * RNA
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 21.840, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0206518 - 6.0347709 - BFÚ 2011 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Banáš, P. - Walter, N.G. - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
Protonation states of the key active site residues and structural dynamics of the glmS riboswitch as revealed by molecular dynamics.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 114, č. 26 (2010), s. 8701-8712. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA MŠMT(CZ) GD203/09/H046; GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) LC512
Program: LC
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: riboswitch * ribozyme * RNA structure * molecular dynamics simulations
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.603, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0006029 - 7.0345016 - BFÚ 2011 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mlýnský, V. - Banáš, P. - Hollas, D. - Réblová, Kamila - Walter, N.G. - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
Extensive molecular dynamics simulations showing that canonical G8 and protonated A38H+ forms are most consistent with crystal structures of hairpin ribozyme.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 114, č. 19 (2010), s. 6642-6652. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA MŠMT(CZ) GD203/09/H046; GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA AV ČR(CZ) KJB400040901; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) LC512
Program: LC
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: molecular dynamics simulations * hairpin ribozyme
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.603, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0005937 - 8.0343781 - BFÚ 2011 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Krasovská, Maryna V. - Šefčíková, J. - Špačková, Naďa - Šponer, Jiří - Walter, N.G.
Structural dynamics of precursor and product of the RNA enzyme from the hepatitis delta virus as revealed by molecular dynamics simulations.
Journal of Molecular Biology. Roč. 351, č. 4 (2005), s. 731-748. ISSN 0022-2836. E-ISSN 1089-8638
Grant ostatní: GA ČR(CZ) GA203/05/0009
Program: GA
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507
Klíčová slova: HDV ribozyme * ribozyme self-cleavage * nucleic acids
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.229, rok: 2005
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0186174 - 9.0340136 - BFÚ 2010 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Ditzler, M.A. - Otyepka, M. - Šponer, Jiří - Walter, N.G.
Molecular dynamics and quantum mechanics of RNA: Conformational and chemical change we can believe in.
Accounts of Chemical Research. Roč. 43, č. 1 (2010), s. 40-47. ISSN 0001-4842. E-ISSN 1520-4898
Grant CEP: GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA MŠMT(CZ) LC06030; GA ČR(CZ) GA203/09/1476
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: molecular dynamics * quantum chemistry * RNA
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 21.840, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0183442 - 10.0323266 - BFÚ 2009 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Ditzler, M.A. - Šponer, Jiří - Walter, N.G.
Molecular dynamics suggest multifunctionality of an adenine imino group in acid-base catalysis of the hairpin ribozyme.
[Molekulová dynamika ukazuje na multifunkčnost imino skupiny adeninu v katalýze kyselé báze hairpin ribozymu.]
RNA. Roč. 15, č. 4 (2009), s. 560-575. ISSN 1355-8382. E-ISSN 1469-9001
Grant CEP: GA AV ČR(CZ) IAA400040802
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: molecular dynamics * ribozyme * catalytic mechanism
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.198, rok: 2009
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0171274