Výsledky vyhledávání
- 1.0579128 - MBÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Pánek, Josef - Roithová, Adriana - Radivojevic, N. - Sýkora, M. - Prusty, A. B. - Huston, N. - Wan, H. - Pyle, A. M. - Fischer, U. - Staněk, David
The SMN complex drives structural changes in human snRNAs to enable snRNP assembly.
Nature Communications. Roč. 14, č. 1 (2023), č. článku 6580. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA ČR GA21-04132S; GA MŠMT(CZ) LM2023055; GA MŠMT(CZ) LM2015062; GA MŠMT(CZ) EF16_013/0001775
Institucionální podpora: RVO:61388971 ; RVO:68378050
Klíčová slova: HeLa Cells * SMN Complex Proteins * cyanocobalamin * RNA precursor * small nuclear ribonucleoprotein
Obor OECD: Other biological topics
Impakt faktor: 16.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41467-023-42324-0
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0347991 - 2.0558580 - MBÚ 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Vaňková Hausnerová, Viola - Marvalová, Olga - Šiková, Michaela - Shoman, Mahmoud - Havelková, Jarmila - Kambová, Milada - Janoušková, Martina - Kumar, Dilip - Halada, Petr - Schwarz, Marek - Krásný, Libor - Hnilicová, Jarmila - Pánek, Josef
Ms1 RNA Interacts With the RNA Polymerase Core in Streptomyces coelicolor and Was Identified in Majority of Actinobacteria Using a Linguistic Gene Synteny Search.
Frontiers in Microbiology. Roč. 13, MAY 11 2022 (2022), č. článku 848536. ISSN 1664-302X. E-ISSN 1664-302X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-07473S; GA ČR(CZ) GA20-12109S; GA MŠMT(CZ) LM2018131; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: 6s rna * escherichia-coli * sp-nov. * short transcripts * noncoding rnas * glycomyces * release * growth * sequence * requires * sRNA * Actinobacteria * Ms1 RNA * Streptomyces * gene synteny * Mycobacterium * 6s rna
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 5.2, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2022.848536/full
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0332218 - 3.0547237 - MBÚ 2022 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Schwarz, Marek - Vohradský, Jiří - Pánek, Josef
rboAnalyzer webserver: web service for non-coding RNA characterization from NCBI BLAST output.
Bioinformatics. Roč. 37, č. 17 (2021), s. 2755-2756. ISSN 1367-4803. E-ISSN 1460-2059
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2015047; GA MŠMT(CZ) EF16_013/0001777
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: RNA * BLAST * sequence
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 6.931, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/37/17/2755/6125384?redirectedFrom=fulltext
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0323582 - 4.0532087 - MBÚ 2021 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Schwarz, Marek - Vohradský, Jiří - Modrák, Martin - Pánek, Josef
rboAnalyzer: A Software to Improve Characterization of Non-coding RNAs From Sequence Database Search Output.
Frontiers in genetics. Roč. 11, Jul 28 (2020), č. článku 675. E-ISSN 1664-8021
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2015047; GA MŠMT(CZ) EF16_013/0001777
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: RNA * sequence * database
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 4.599, rok: 2020
Způsob publikování: Open access
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2020.00675/full
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0310693 - 5.0518202 - MBÚ 2020 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Jelínek, Jan - Hoksza, D. - Hajič, J. - Pešek, J. - Drozen, J. - Hladík, T. - Klimpera, M. - Vohradský, Jiří - Pánek, Josef
rPredictorDB: a predictive database of individual secondary structures of RNAs and their formatted plots.
Database - The Journal of Biological Databases and Curation. Roč. 2019, APR 25 (2019), č. článku baz047. ISSN 1758-0463. E-ISSN 1758-0463
Grant CEP: GA ČR GA15-00885S; GA MŠMT(CZ) LM2015047
Výzkumná infrastruktura: ELIXIR-CZ - 90047
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: search * expression * sequence * PDB
Obor OECD: Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
Impakt faktor: 2.593, rok: 2019
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/database/article/doi/10.1093/database/baz047/5479229
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0303370Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 126 rPredictorDB a predictive database of individual.pdf 2 8.4 MB Vydavatelský postprint vyžádat - 6.0500029 - MBÚ 2020 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Jelínek, Jan - Pánek, Josef
cpPredictor: a web server for template-based prediction of RNA secondary structure.
Bioinformatics. Roč. 35, č. 7 (2019), s. 1231-1233. ISSN 1367-4803. E-ISSN 1460-2059
Grant CEP: GA ČR GA15-00885S; GA MŠMT(CZ) LM2015047
Výzkumná infrastruktura: ELIXIR-CZ - 90047
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: cpPredictor web server * RNA secondary structures
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 5.610, rok: 2019
Způsob publikování: Open access s časovým embargem
https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/35/7/1231/5086391?redirectedFrom=fulltext
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0292199Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup Jelínek, Pánek.pdf 5 206.6 KB Autorský preprint vyžádat - 7.0497051 - ÚMG 2019 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Roithová, Adriana - Klimešová, Klára - Pánek, Josef - Will, C.L. - Luehrmann, R. - Staněk, David - Girard, C.
The Sm-core mediates the retention of partially-assembled spliceosomal snRNPs in Cajal bodies until their full maturation.
Nucleic Acids Research. Roč. 46, č. 7 (2018), s. 3764-3790. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR GA15-00790S; GA MŠMT LH14033; GA MŠMT(CZ) LM2015062; GA MŠMT LO1220; GA MŠMT LO1419
Institucionální podpora: RVO:68378050 ; RVO:61388971
Klíčová slova: spinal muscular-atrophy * u4/u6.u5 tri-snrnp * small nuclear ribonucleoproteins * splicing factor sf3a * 17s u2 snrnp * u1 snrnp * in-vivo * mammalian nuclei * structural basis * protein-binding
Obor OECD: Cell biology; Microbiology (MBU-M)
Impakt faktor: 11.147, rok: 2018
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0289657Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup Roithova, Klimesova-Nucleic 18.pdf 4 19 MB Autorský preprint vyžádat - 8.0483845 - MBÚ 2018 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Hronová, Vladislava - Mohammad, Mahabub Pasha - Wagner, Susan - Pánek, Josef - Gunišová, Stanislava - Zeman, Jakub - Poncová, Kristýna - Valášek, Leoš Shivaya
Does eIF3 promote reinitiation after translation of short upstream ORFs also in mammalian cells?
RNA biology. Roč. 14, č. 12 (2017), s. 1660-1667. ISSN 1547-6286. E-ISSN 1555-8584
Grant CEP: GA ČR GA15-10116S
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: ATF4 * eIF3 * GCN4
Obor OECD: Developmental biology
Impakt faktor: 5.216, rok: 2017
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0279002 - 9.0480493 - MBÚ 2018 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Pánek, Josef - Modrák, Martin - Schwarz, Marek
An Algorithm for Template-Based Prediction of Secondary Structures of Individual RNA Sequences.
Frontiers in genetics. Roč. 8, OCT 10 (2017), s. 1-11, č. článku 147. E-ISSN 1664-8021
Grant CEP: GA ČR GA15-00885S; GA MŠMT(CZ) LM2015047
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: RNA * secondary structure * homology
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 4.151, rok: 2017
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0276346Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 126 An Algorithm for Template-Based.pdf 2 3.6 MB Vydavatelský postprint vyžádat - 10.0463032 - MBÚ 2017 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Pánek, Josef - Kolář, Michal - Herrmannová, Anna - Valášek, Leoš Shivaya
A systematic computational analysis of the rRNA-3 ' UTR sequence complementarity suggests a regulatory mechanism influencing post-termination events in metazoan translation.
RNA. Roč. 22, č. 7 (2016), 957-967-957-967. ISSN 1355-8382. E-ISSN 1469-9001
Grant CEP: GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Institucionální podpora: RVO:61388971 ; RVO:68378050
Klíčová slova: metazoan 18S rRNA-mRNA 3 ' UTRs complementarity * large-scale data set * statistics
Kód oboru RIV: EE - Mikrobiologie, virologie
Impakt faktor: 4.605, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0262328Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 126 A systematic computational analysis of the.pdf 4 1.8 MB Vydavatelský postprint vyžádat