Výsledky vyhledávání
- 1.0585417 - ÚOCHB 2025 RIV eng J - Článek v odborném periodiku
Galgonek, Jakub - Vondrášek, Jiří
The IDSM mass spectrometry extension: searching mass spectra using SPARQL.
Bioinformatics. Roč. 40, č. 4 (2024), č. článku btae174. E-ISSN 1367-4811
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2023055
GRANT EU: European Commission(XE) 101082304 - BlueRemediomics
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: web services * ontology * access
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae174
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0353130Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 10.1093bioinformaticsbtae174.pdf 0 829.3 KB Vydavatelský postprint povolen
Vědecká data: GitHub - 2.0584427 - FGÚ 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Cheema, Marie Munawar - Kotrbová Macáková, Zuzana - Hrčka Krausová, Barbora - Adla, Santosh Kumar - Slavíková, Barbora - Chodounská, Hana - Kratochvíl, Miroslav - Vondrášek, Jiří - Sedlák, David - Balaštík, Martin - Kudová, Eva
5β-reduced neuroactive steroids as modulators of growth and viability of postnatal neurons and glia.
Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology. Roč. 239, May (2024), č. článku 106464. ISSN 0960-0760
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5107; GA MZd(CZ) NV18-04-00085; GA ČR(CZ) GA21-24571S
Výzkumná infrastruktura: CZ-OPENSCREEN III - 90130; CZ-OPENSCREEN II - 90063; CCP II - 90126
Institucionální podpora: RVO:67985823 ; RVO:61388963 ; RVO:68378050
Klíčová slova: neurosteroids * neuroactive steroids * neurite growth * computational analysis * myelin basic protein * high-content screening
Obor OECD: Clinical neurology
Impakt faktor: 4.1, rok: 2022
https://doi.org/10.1016/j.jsbmb.2024.106464
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0352546 - 3.0583294 - ÚOCHB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Vetýšková, Veronika - Hubálek, Martin - Šulc, Josef - Procházka, Jan - Vondrášek, Jiří - Vydra Boušová, Kristýna
Proteolytic profiles of two isoforms of human AMBN expressed in E. coli by MMP-20 and KLK-4 proteases.
Heliyon. Roč. 10, č. 2 (2024), č. článku e24564. ISSN 2405-8440. E-ISSN 2405-8440
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ameloblastin * MMP-20 * Ameloblastin * proteolytic analysis * KLK-4 * enzymatic cleavage products
Impakt faktor: 4, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2024.e24564
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351295 - 4.0580275 - ÚOCHB 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Osifová, Zuzana - Kalvoda, Tadeáš - Galgonek, Jakub - Culka, Martin - Vondrášek, Jiří - Bouř, Petr - Bednárová, Lucie - Andrushchenko, Valery - Dračínský, Martin - Rulíšek, Lubomír
What are the minimal folding seeds in proteins? Experimental and theoretical assessment of secondary structure propensities of small peptide fragments.
Chemical Science. Roč. 15, č. 2 (2024), s. 594-608. ISSN 2041-6520. E-ISSN 2041-6539
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05940S; GA ČR(CZ) GA22-33060S
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: vibrational circular-dichroism * spin coupling-constants * conformational propensities
Impakt faktor: 8.4, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1039/D3SC04960D
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0349025 - 5.0579941 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Faltejsková, Kateřina - Vondrášek, Jiří
PAPerFly: Partial Assembly-based Peak Finder for ab initio binding site reconstruction.
BMC Bioinformatics. Roč. 24, č. 1 (2023), č. článku 487. ISSN 1471-2105. E-ISSN 1471-2105
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ChIP-seq * DNA recognition * transcription factor * peak analysis * algorithm * graph theory
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 3, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s12859-023-05613-5
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0348738 - 6.0573624 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Galgonek, Jakub - Vondrášek, Jiří
A comparison of approaches to accessing existing biological and chemical relational databases via SPARQL.
Journal of Cheminformatics. Roč. 15, č. 1 (2023), č. článku 61. ISSN 1758-2946. E-ISSN 1758-2946
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: Resource Description Framework * relational database * RDB-to-RDF mapping * SPARQL
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 8.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s13321-023-00729-5
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0344026 - 7.0571419 - ÚMG 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Špoutil, František - Aranaz-Novaliches, Gorreti - Procházková, Michaela - Wald, T. - Novosadová, Vendula - Kašpárek, Petr - Osička, Radim - Reseland, J. E. - Lyngstadaas, S. P. - Tiainen, H. - Boušová, Kristýna - Vondrášek, Jiří - Sedláček, Radislav - Procházka, Jan
Early evolution of enamel matrix proteins is reflected by pleiotropy of physiological functions.
Scientific Reports. Roč. 13, č. 1 (2023), č. článku 1471. ISSN 2045-2322. E-ISSN 2045-2322
Grant CEP: GA ČR GJ19-19025Y; GA MŠMT(CZ) EF16_013/0001775; GA MŠMT EF16_013/0001789; GA MŠMT EF18_046/0015861; GA MŠMT ED2.1.00/19.0395; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109; GA MŠMT(CZ) LQ1604; GA MŠMT(CZ) LM2018126; GA MŠMT(CZ) LM2018133; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Výzkumná infrastruktura: CCP II - 90126; CCP III - 90236
Institucionální podpora: RVO:68378050 ; RVO:61388971 ; RVO:61388963
Klíčová slova: Dental Enamel Proteins * Animals * Amelogenin * Mice
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Biochemistry and molecular biology (MBU-M); Biochemistry and molecular biology (UOCHB-X)
Impakt faktor: 4.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41598-023-28388-4
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0342646 - 8.0565346 - ÚOCHB 2023 RIV SE eng J - Článek v odborném periodiku
Musil, M. - Jezik, A. - Jankujova, M. - Stourac, J. - Galgonek, Jakub - Eyrilmez, S.M. - Vondrášek, Jiří - Damborský, J. - Bednář, D.
Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web.
Computational and Structural Biotechnology Journal. Roč. 20, January (2022), s. 6512-6518. ISSN 2001-0370. E-ISSN 2001-0370
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131; GA MŠMT LX22NPO5102
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: caver * caverdock * channel * FDA-approved drug * tunnel * virtual screening * web
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.11.031
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0336898Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 10.1016j.csbj.2022.11.031.pdf 1 1.6 MB Vydavatelský postprint povolen - 9.0564064 - ÚOCHB 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Rutz, A. - Sorokina, M. - Galgonek, Jakub - Mietchen, D. - Willighagen, E. - Gaudry, A. - Graham, J. G. - Stephan, R. - Page, R. - Vondrášek, Jiří - Steinbeck, C. - Pauli, G. F. - Wolfender, J.-L. - Bisson, J. - Allard, P.-M.
The LOTUS initiative for open knowledge management in natural products research.
eLife. Roč. 11, May (2022), č. článku e70780. ISSN 2050-084X. E-ISSN 2050-084X
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: R package * NMR data * database
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 7.7, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.7554/eLife.70780
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0335886 - 10.0562066 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Vymětal, Jiří - Vondrášek, Jiří
Iterative Landmark-Based Umbrella Sampling (ILBUS) Protocol for Sampling of Conformational Space of Biomolecules.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 62, č. 19 (2022), s. 4783-4798. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-03488S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: Monte-carlo simulation * molecular dynamics * alanine dipeptidea
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00370
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0334483