Výsledky vyhledávání
- 1.0457097 - ÚOCHB 2016 IT eng A - Abstrakt
Šebera, Jakub - Trantírek, L. - Tanaka, Y. - Nencka, Radim - Fukal, J. - Sychrovský, Vladimír
The activation of N-glycosidic bond cleavage operated by hOGG1 enzyme can be specifically controlled by electrophilicity/nucleophilicity of the glycosidic nitrogen of normal/damaged nucleosides.
TheoBio2015. 7th International Theoretical Biophysics Symposium. Cagliari: -, 2015. P29.
[TheoBio2015. International Theoretical Biophysics Symposium /7./. 08.06.2015-12.06.2015, Cagliari]
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: hOGG1 * DFT * glycosidic nitrogen
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0257531 - 2.0457069 - ÚOCHB 2016 CZ eng A - Abstrakt
Šebera, Jakub - Nencka, Radim - Trantírek, L. - Tanaka, Y. - Sychrovský, Vladimír
Catalytic mechanism of the hOGG1 base-excision repair enzyme; the theoretical modeling of reaction pathway.
Modeling Interactions in Biomolecules 7th. Praha: MATFYZPRESS, 2015 - (Burda, J.). s. 73. ISBN 978-80-7378-303-7.
[Modeling Interactions in Biomolecules /7./. 14.09.2015-18.09.2015, Praha]
Grant CEP: GA ČR GA13-27676S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: hOGG1 * DFT * enzyme
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0257513 - 3.0443470 - ÚOCHB 2016 CZ eng A - Abstrakt
Šebera, Jakub - Trantírek, L. - Tanaka, Y. - Nencka, Radim - Fukal, J. - Sychrovský, Vladimír
The activation of N-glycosidic bond cleavage operated by hOGG1 enzyme can be specifically controlled by electrophilicity/nucleophilicity of the glycosidic nitrogen of normal/damaged nucleosides.
Materials Structure in Chemistry, Biology, Physics and Technology. Czech and Slovak Crystallographic Association. Roč. 22, č. 1 (2015), s. 23-24. ISSN 1211-5894.
[Discussions in Structural Molecular Biology. Annual Meeting of the Czech Society for Structural Biology /13./. 19.03.2015-21.03.2015, Nové Hrady]
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: OxoG * glycosidic nitrogen * hOGG1 * FapyG
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0246291 - 4.0429628 - ÚOCHB 2015 PL eng A - Abstrakt
Šebera, Jakub - Trantírek, L. - Tanaka, Y. - Sychrovský, Vladimír
Theoretical study of repairing function of hOGG1 enzyme.
Modeling & Design of Molecular Materials 2014. Kudowa Zdrój: -, 2014. P36A.
[Modeling & Design of Molecular Materials 2014. 29.06.2014-03.07.2014, Kudowa Zdrój]
Grant CEP: GA ČR GA13-27676S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: hOGG1 * glycosidic nitrogen * 8-oxoguanine
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0234733 - 5.0429625 - ÚOCHB 2015 CZ eng A - Abstrakt
Šebera, Jakub - Nencka, Radim - Trantírek, L. - Tanaka, Y. - Sychrovský, Vladimír
The catalytic mechanism of hOGG1 base-excision repair enzyme; the theoretical modeling of reaction channels and substrate activation.
4th Visegrad Symposium on Structural Systems Biology. Nové Hrady: -, 2014.
[Visegrad Symposium on Structural Systems Biology /4./. 17.06.2014-20.06.2014, Nové Hrady]
Grant CEP: GA ČR GA13-27676S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: hOGG1 * enzyme catalysis * DFT
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0234731 - 6.0428292 - ÚOCHB 2015 CZ eng A - Abstrakt
Šebera, Jakub - Dračínský, Martin - Nencka, Radim - Trantírek, L. - Tanaka, Y. - Sychrovský, Vladimír
Detecting pyramidal state of the glycosidic nitrogen in 8-oxo-2'-deoxyguanosine; theoretical study of 15N NMR parameters.
29th NMR Valtice. Central European NMR Meeting (Theoretical NMR Predictions for Guiding Experiments). Brno: Masaryk University, 2014 - (Novotný, J.; Foroutan-Nejad, C.; Marek, R.). C7. ISBN 978-80-86441-45-0.
[NMR Valtice. Central European NMR Meeting /29./. 27.4.-30.4.2014, Valtice]
Grant CEP: GA ČR GA13-27676S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: hOGG1 enzyme * OxoG * NMR
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0233660 - 7.0397344 - ÚOCHB 2014 GB eng A - Abstrakt
Šebera, Jakub - Sychrovský, Vladimír - Trantírek, L. - Tanaka, Y.
Pyramidalization of the Glycosidic Nitrogen Provides the Way for Efficient Cleavage of 8-OxoG with the hOGG1 DNA Repair Protein.
15th International Conference on Density Functional Theory and its Applications. Durham: -, 2013. s. 183-183.
[International Conference on Density Functional Theory and its Applications /15./. 09.09.2013-13.09.2013, Durham]
Grant CEP: GA ČR GA13-27676S; GA ČR GAP205/10/0228
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: hOGG1 * DFT * enzymatic catalysis
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0224935 - 8.0393072 - ÚOCHB 2014 CZ cze A - Abstrakt
Šebera, Jakub - Trantírek, L. - Tanaka, Y. - Sychrovský, Vladimír
Katalytický mechanismus štěpení glykosidické vazby 8-oxoG enzymem hOGG1 - teoretický model.
[The catalytic mechanism of cleavage of glycosidic bond of 8-oxoG by enzyme hOGG1 - the theoretical model.]
Chemické listy. Česká společnost chemická. Roč. 107, č. 5 (2013), s. 438-438. ISSN 0009-2770. E-ISSN 1213-7103.
[Mezioborové setkání mladých biologů, biochemiků a chemiků /13./. 14.5.2013-17.5.2013, Žďár nad Sázavou]
Grant CEP: GA ČR GA13-27676S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: glycosidic bond 8-oxoG * hOGG1 * DFT * theoretical model
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0221833 - 9.0348846 - ÚOCHB 2011 HR eng A - Abstrakt
Sochorová Vokáčová, Zuzana - Trantírek, L. - Sychrovský, Vladimír
Does nonplanarity of nucleic acid bases affect NMR parameters?
5th Central European Conference - Chemistry towards Biology. Primošten: -, 2010. s. 126-126.
[Central European Conference - Chemistry towards Biology /5./. 08.09.2010-11.09.2010, Primošten]
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: nonplanarity * nucleic acid * NMR
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0189262