Výsledky vyhledávání
- 1.0578599 - ÚOCHB 2024 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Tanaka, Y. - Yamanaka, D. - Morioka, S. - Yamaguchi, T. - Morikawa, M. - Kodama, T. S. - Sychrovský, Vladimír - Kojima, C. - Hattori, Y.
Physicochemical Characterization of the Catalytic Unit of Hammerhead Ribozyme and Its Relationship with the Catalytic Activity.
Biophysica. Roč. 2, č. 3 (2022), s. 221-239. E-ISSN 2673-4125
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: hammerhead ribozyme * mechanism * pKa * pH-titration * NMR spectroscopy * G12 * G10.1
Obor OECD: Biophysics
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.3390/biophysica2030022
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0347566 - 2.0557747 - ÚFA 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Kikuchi, T. - Araki, T. - Hashimoto, K.K. - Ebihara, Y. - Tanaka, T. - Nishimura, Y. - Vichare, G. - Sinha, A.K. - Chum, Jaroslav - Hosokawa, K. - Tomizawa, I. - Tanaka, Y. - Kadokura, A.
Instantaneous Achievement of the Hall and Pedersen–Cowling Current Circuits in Northern and Southern Hemispheres During the Geomagnetic Sudden Commencement on 12 May 2021.
Frontiers in Astronomy and Space Sciences. Roč. 9, May (2022), č. článku 879314. E-ISSN 2296-987X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA18-01969S
Institucionální podpora: RVO:68378289
Klíčová slova: geomagnetic sudden commencement * Hall current circuit * Pedersen–Cowling current circuit * simultaneous onset of preliminary impulse * morning/afternoon symmetry/asymmetry * northern and southern hemispheric symmetry/asymmetry * HF Doppler sounder * global simulation
Obor OECD: Fluids and plasma physics (including surface physics)
Impakt faktor: 3, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fspas.2022.879314/full
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0331668Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 0557747_Front in Astronomy_Chum_2022.pdf 1 1.4 MB Vydavatelský postprint vyžádat - 3.0523810 - ÚOCHB 2021 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šebesta, F. - Šebera, Jakub - Sychrovský, Vladimír - Tanaka, Y. - Burda, J. V.
QM and QM/MM umbrella sampling MD study of the formation of Hg(II)–thymine bond: Model for evaluation of the reaction energy profiles in solutions with constant pH.
Journal of Computational Chemistry. Roč. 41, č. 16 (2020), s. 1509-1520. ISSN 0192-8651. E-ISSN 1096-987X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA18-14990S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ab initio molecular dynamics (MD) simulations * metal–NA base interactions * QM/MM calculations * thermodynamics
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.376, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jcc.26194
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0308102 - 4.0502367 - FZÚ 2019 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Dračínský, M. - Šála, M. - Klepetářová, B. - Šebera, Jakub - Fukal, J. - Holečková, V. - Tanaka, Y. - Nencka, R. - Sychrovský, V.
Benchmark theoretical and experimental study on 15N NMR Shifts of oxidatively damaged guanine.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 120, č. 5 (2016), s. 915-925. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Institucionální podpora: RVO:68378271
Klíčová slova: damaged DNA * 9-ethyl-8-oxoguanine * NMR * DTF
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 3.177, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294310 - 5.0502365 - FZÚ 2019 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Šebera, Jakub - Tanaka, Y. - Ono, A. - Sychrovský, V.
The effect of chemical modification of DNA base on binding of HgII and AgI in metal-mediated base pairs.
Inorganica chimica acta. Roč. 452, Oct (2016), s. 199-204. ISSN 0020-1693. E-ISSN 1873-3255
Institucionální podpora: RVO:68378271
Klíčová slova: DFT * NMR parameters * metallo-base pair * Hg * Ag
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 2.002, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294308 - 6.0502364 - FZÚ 2019 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Tanaka, Y. - Kondo, J. - Sychrovský, V. - Šebera, Jakub - Dairaku, T. - Saneyoshi, H. - Urata, H. - Torigoe, H. - Ono, A.
Structures, physicochemical properties and applications of T-HgII-T, C-AgI-C and other metallo-base-pairs.
Chemical Communications. Roč. 51, č. 98 (2015), s. 17343-17360. ISSN 1359-7345. E-ISSN 1364-548X
Institucionální podpora: RVO:68378271
Klíčová slova: ion-biomolecule interactions * metallo-base-pairs * C–AgI–C * T–HgII–T
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 6.567, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294307 - 7.0494039 - FZÚ 2019 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Dairaku, T. - Furuita, K. - Sato, H. - Šebera, Jakub - Nakashima, K. - Ono, A. - Sychrovský, V. - Kojima, C. - Tanaka, Y.
Hg-II/Ag-I-mediated base pairs and their NMR spectroscopic studies.
Inorganica chimica acta. Roč. 452, Oct (2016), s. 34-42. ISSN 0020-1693. E-ISSN 1873-3255
Institucionální podpora: RVO:68378271
Klíčová slova: metallo-base pair * NMR spectroscopy * structure
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 2.002, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0287282 - 8.0494037 - FZÚ 2019 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Dairaku, T. - Furuita, K. - Sato, H. - Šebera, Jakub - Yamanaka, D. - Otaki, H. - Kikkawa, S. - Kondo, Y. - Katahira, R. - Bickelhaupt, F. M. - Guerra, C. F. - Ono, A. - Sychrovský, V. - Kojima, C. - Tanaka, Y.
Direct detection of the mercury-nitrogen bond in the thymine-Hg-II-thymine base-pair with Hg-199 NMR spectroscopy.
Chemical Communications. Roč. 51, č. 40 (2015), s. 8488-8491. ISSN 1359-7345. E-ISSN 1364-548X
Institucionální podpora: RVO:68378271
Klíčová slova: Nuclear Magnetic Resonance * relativistic DFT * metal DNA
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 6.567, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0287281 - 9.0475942 - ÚOCHB 2018 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Šebera, Jakub - Hattori, Y. - Sato, D. - Řeha, David - Nencka, Radim - Kohno, T. - Kojima, C. - Tanaka, Y. - Sychrovský, Vladimír
The mechanism of the glycosylase reaction with hOGG1 base-excision repair enzyme: concerted effect of Lys249 and Asp268 during excision of 8-oxoguanine.
Nucleic Acids Research. Roč. 45, č. 9 (2017), s. 5231-5242. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR GA13-27676S
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388971
Klíčová slova: 8-oxoguanine * hOGG1 * QM/MM * NMR * base-excision repair
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 11.561, rok: 2017
https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/gkx157
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0272532 - 10.0466145 - ÚOCHB 2017 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Dairaku, T. - Furuita, K. - Sato, H. - Šebera, Jakub - Nakashima, K. - Ono, A. - Sychrovský, Vladimír - Kojima, C. - Tanaka, Y.
Hg-II/Ag-I-mediated base pairs and their NMR spectroscopic studies.
Inorganica chimica acta. Roč. 452, Oct 1 (2016), s. 34-42. ISSN 0020-1693. E-ISSN 1873-3255
Grant CEP: GA ČR GAP205/10/0228
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: NMR * Hg * Ag * metal-DNA
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 2.002, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0264544