Výsledky vyhledávání
- 1.0462092 - ÚOCHB 2017 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Dans, P. D. - Danilane, L. - Ivani, I. - Dršata, Tomáš - Lankaš, Filip - Hospital, A. - Walther, J. - Pujagut, R. I. - Battistini, F. - Gelpí, J. L. - Lavery, R. - Orozco, M.
Long-timescale dynamics of the Drew-Dickerson dodecamer.
Nucleic Acids Research. Roč. 44, č. 9 (2016), s. 4052-4066. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA14-21893S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: microsecond molecular dynamics * B-DNA dodecamer * analyzing ion distributions
Kód oboru RIV: CE - Biochemie
Impakt faktor: 10.162, rok: 2016
http://nar.oxfordjournals.org/content/44/9/4052.full
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0261617 - 2.0442075 - ÚOCHB 2015 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Pasi, M. - Maddocks, J. H. - Beveridge, D. - Bishop, T. C. - Case, D. A. - Cheatham III, T. E. - Dans, P. D. - Jayaram, B. - Lankaš, Filip - Laughton, C. - Mitchell, J. - Osman, R. - Orozco, M. - Pérez, A. - Petkevičiute, D. - Špačková, Naďa - Šponer, Jiří - Zakrzewska, K. - Lavery, R.
mu ABC: a systematic microsecond molecular dynamics study of tetranucleotide sequence effects in B-DNA.
Nucleic Acids Research. Roč. 42, č. 19 (2014), s. 12272-12283. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA14-21893S; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) ED1.1.00/02.0068
Program: ED
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:68081707
Klíčová slova: base pair * recognition * conformations
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 9.112, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0244974 - 3.0392697 - BFÚ 2014 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Islam, B. - Sgobba, M. - Laughton, C. - Orozco, M. - Šponer, Jiří - Neidle, S. - Haider, S.
Conformational dynamics of the human propeller telomeric DNA quadruplex on a microsecond time scale.
Nucleic Acids Research. Roč. 41, č. 4 (2013), s. 2723-2735. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/11/1822
Grant ostatní: GA ČR(CZ) ED1.1.00/02.0068
Program: ED
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: MOLECULAR-DYNAMICS * CRYSTAL-STRUCTURE * B-DNA
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 8.808, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0221507 - 4.0391758 - ÚOCHB 2014 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Dršata, Tomáš - Pérez, A. - Orozco, M. - Morozov, A. V. - Šponer, Jiří - Lankaš, Filip
Structure, Stiffness and Substates of the Dickerson-Drew Dodecamer.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 9, č. 1 (2013), s. 707-721. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/11/1822
Grant ostatní: CEITEC(XE) CZ.1.05/1.1.00/02.0068
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:68081707
Klíčová slova: DNA * mechanical properties * molecular dynamics
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 5.310, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0220743 - 5.0373426 - BFÚ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Banáš, P. - Hollas, D. - Zgarbová, M. - Jurečka, P. - Orozco, M. - Cheatham III, T.E. - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
Performance of molecular mechanics force fields for RNA simulations: Stability of UUCG and GNRA hairpins.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 6, č. 12 (2010), s. 3836-3849. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA ČR(CZ) GD203/09/H046
Klíčová slova: molecular dynamics * force fields * RNA * tetraloops
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.138, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0206527 - 6.0353763 - BFÚ 2011 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Banáš, P. - Hollas, D. - Zgarbová, M. - Jurečka, P. - Orozco, M. - Cheatham III, T.E. - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
Performance of molecular mechanics force fields for RNA simulations: Stability of UUCG and GNRA hairpins.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 6, č. 12 (2010), s. 3836-3849. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GD203/09/H046; GA AV ČR(CZ) IAA400040802
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) LC512
Program: LC
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: molecular dynamics * force fields * RNA * tetraloops
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.138, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0192916 - 7.0342528 - ÚOCHB 2011 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Lavery, R. - Zakrzewska, K. - Beveridge, D. - Bishop, T. C. - Case, D. A. - Cheatham III, T. E. - Dixit, S. - Jayaram, B. - Lankaš, Filip - Laughton, Ch. - Maddocks, J. H. - Michon, A. - Osman, R. - Orozco, M. - Pérez, A. - Singh, T. - Špačková, Naďa - Šponer, Jiří
A systematic molecular dynamics study of nearest-neighbor effects on base pair and base pair step conformations and fluctuations in B-DNA.
Nucleic Acids Research. Roč. 38, č. 1 (2010), s. 299-313. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA ČR GA203/09/1476; GA MŠMT LC512
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506; CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: B-DNA * molecular dynamics * sequence dependet structure and dynamics
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 7.836, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0185242 - 8.0329244 - BFÚ 2010 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Fadrná, E. - Špačková, Naďa - Sarzynska, J. - Koča, J. - Orozco, M. - Cheatham III, T.E. - Kulinski, T. - Šponer, Jiří
Single stranded loops of quadruplex DNA as key benchmark for testing nucleic acids force fields.
[Jednořetězcové smyčky DNA kvadruplexů jako klíčový benchmark pro testování silových polí pro nukleové kyseliny.]
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 5, č. 9 (2009), s. 2514-2530. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581; GA AV ČR(CZ) IAA400040802
Grant ostatní: GA ČR(CZ) GA203/09/1476
Program: GA
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: DNA quadruplex * MD simulation * force fields
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 4.804, rok: 2009
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0175333 - 9.0310115 - ÚOCHB 2009 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Pérez, A. - Lankaš, Filip - Lugue, F. J. - Orozco, M.
Towards a molecular dynamics consensus view of B-DNA flexibility.
[Simulace flexibility B-DNA molekulovou dynamikou.]
Nucleic Acids Research. Roč. 36, č. 7 (2008), s. 2379-2394. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant ostatní: Spanish Ministry of Education(ES) BIO2006-01602; Swiss National Science Foundation(CH) 205320-103833/1
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: DNA * molecular dynamics * force fields
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 6.878, rok: 2008
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0162069 - 10.0181425 - UFCH-W 20020091 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Trygubenko, S. A. - Bogdan, T. V. - Rueda, M. - Orozco, M. - Lugue, F. J. - Šponer, Jiří - Slavíček, Petr - Hobza, Pavel
Correlated ab initio Study of Nucleic Acid Bases and Their Tautomers in the Gas Phase, Microhydrated Environment, and in Aqueous Solution. Part 1. Cytosine.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 4, - (2002), s. 4192-4203. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA MŠMT LN00A032
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z4040901
Klíčová slova: correlated ab initio study * nucleic acid bases * cytosine
Kód oboru RIV: CH - Jaderná a kvantová chemie, fotochemie
Impakt faktor: 1.838, rok: 2002
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0077998