Výsledky vyhledávání
- 1.0452784 - ÚVGZ 2016 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Cséfalvay, Eva - Lapkouski, Mikalai - Guzanová, Alena - Cséfalvay, Ladislav - Baikova, T. - Shevelev, Igor - Bialevich, V. - Shamayeva, Katerina - Janščák, Pavel - Kutá-Smatanová, Ivana - Panjikar, S. - Carey, J. - Weiserová, Marie - Ettrich, Rüdiger
Functional Coupling of Duplex Translocation to DNA Cleavage in a Type I Restriction Enzyme.
PLoS ONE. Roč. 10, č. 6 (2015), e0128700. ISSN 1932-6203. E-ISSN 1932-6203
Grant CEP: GA ČR GAP207/12/2323; GA ČR GAP305/10/0281
Institucionální podpora: RVO:67179843 ; RVO:61388971 ; RVO:68378050
Klíčová slova: Escherichia-Coli * Endonuclease ecor1241 * HSDR subunit * RECBCD enzyme * proteins * genes * helicase * sequence * family * domain
Kód oboru RIV: CE - Biochemie
Impakt faktor: 3.057, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0253781 - 2.0437252 - ÚVGZ 2015 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Sinha, Dhiraj - Shamayeva, Katerina - Ramasubramani, V. - Řeha, David - Bialevich, V. - Khabiri, Morteza - Guzanová, Alena - Milbar, N. - Weiserová, Marie - Cséfalvay, Eva - Carey, J. - Ettrich, Rüdiger
Interdomain communication in the endonuclease/motor subunit of type I restriction-modification enzyme EcoR124I.
Journal of Molecular Modeling. Roč. 20, č. 7 (2014), s. 2334. ISSN 1610-2940. E-ISSN 0948-5023
Grant CEP: GA ČR GAP207/12/2323
Institucionální podpora: RVO:67179843 ; RVO:61388971
Klíčová slova: DNA restriction enzymes * Molecular modeling * QM/MM calculations * principal components analysis * E. coli * Multisubunit enzyme complex * Correlated loop motions
Kód oboru RIV: EH - Ekologie - společenstva; EE - Mikrobiologie, virologie (MBU-M)
Impakt faktor: 1.736, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0240850 - 3.0437116 - ÚVGZ 2015 RIV CZ eng J - Článek v odborném periodiku
Řeha, David - Balasubramanian, H. - Sinha, Dhiraj - Kukačka, Zdeněk - McSally, J. - Ettrichová, Olga - Novák, Petr - Carey, J. - Ettrich, Rüdiger
Molecular dynamics comparison of E. coli WrbA apoprotein and holoprotein.
Journal of Molecular Modeling. Roč. 20, č. 9 (2014), s. 2400. ISSN 1610-2940. E-ISSN 0948-5023
Grant CEP: GA ČR GAP207/10/1934
Institucionální podpora: RVO:67179843 ; RVO:61388971
Klíčová slova: global motions * force field parametrization * binding site volume * electrostatic potential surface * NAD(P)H:quinone oxidoreductase
Kód oboru RIV: EH - Ekologie - společenstva
Impakt faktor: 1.736, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0240703 - 4.0435268 - ÚVGZ 2015 RIV CZ eng J - Článek v odborném periodiku
Pandey, Saurabh Kumar - Řeha, David - Zayats, Vasilina - Melicherčík, Milan - Carey, J. - Ettrich, Rüdiger
Binding-competent states for L-arginine in E. coli arginine repressor apoprotein.
Journal of Molecular Modeling. Roč. 20, č. 7 (2014), s. 2330. ISSN 1610-2940. E-ISSN 0948-5023
Institucionální podpora: RVO:67179843
Klíčová slova: allostery * ArgRC * conformational dynamics * principal components analysis * salt bridges * temporal evolution of conformers
Kód oboru RIV: CE - Biochemie
Impakt faktor: 1.736, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0239206 - 5.0399208 - ÚVGZ 2014 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kishko, Iryna - Carey, J. - Řeha, David - Brynda, Jiří - Winkler, R. - Harish, B. - Guerra, R. - Ettrichová, Olga - Kukačka, Zdeněk - Sheryemyetyeva, O. - Novák, Petr - Kutý, Michal - Kutá-Smatanová, Ivana - Ettrich, Rüdiger - Lapkouski, Mikalai
1.2 °A resolution crystal structure of Escherichia coli WrbA holoprotein.
Acta Crystallographica Section D-Biological Crystallography. Roč. 69, č. 9 (2013), s. 1748-1757. ISSN 0907-4449
Grant CEP: GA ČR GAP207/10/1934
Institucionální podpora: RVO:67179843 ; RVO:68378050 ; RVO:61388971
Klíčová slova: HPLC * Nqo1 * diaphorase * flavodoxin * methionine sulfoxide * thin-layer chromatography
Kód oboru RIV: CE - Biochemie; CE - Biochemie (MBU-M); EB - Genetika a molekulární biologie (UMG-J)
Impakt faktor: 7.232, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0226529 - 6.0390011 - ÚVGZ 2013 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kopecký, V. Jr. - Kohoutová, Jaroslava - Lapkouski, Mikalai - Hofbauerová, Kateřina - Sovová, Žofie - Ettrichová, Olga - Gonzalez-Perez, S. - Dulebo, A. - Kaftan, D. - Kutá-Smatanová, Ivana - Reveuelta, J. L. - Arellano, J. B. - Carey, J. - Ettrich, Rüdiger
Raman Spectroscopy Adds Complementary Detail to the High-Resolution X-Ray Crystal Structure of Photosynthetic PsbP from Spinacia oleracea.
PLoS ONE. Roč. 7, č. 10 (2012), s. 46694-46694. ISSN 1932-6203. E-ISSN 1932-6203
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z60870520; CEZ:AV0Z50200510
Klíčová slova: secondary-structure-analysis * oxygen-evolving complexO * plant photosystem-II * moleculars-dynamics * assisted crystallography * angstrom resolution * protein-structure * amide-I * conformation * biomolecules
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika; EE - Mikrobiologie, virologie (MBU-M)
Impakt faktor: 3.730, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0218899 - 7.0382149 - ÚVGZ 2013 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kishko, Iryna - Harish, B. - Zayats, Vasilina - Řeha, David - Tenner, B. - Beri, D. - Gustavsson, T. - Ettrich, Rüdiger - Carey, J.
Biphasic Kinetic Behavior of E. coli WrbA, an FMNDependent NAD(P)H. Quinone Oxidoreductase.
PLoS ONE. Roč. 7, č. 8 (2012), s. 1-10. ISSN 1932-6203. E-ISSN 1932-6203
Grant CEP: GA ČR GAP207/10/1934
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z60870520
Klíčová slova: Escheria-coli * DT-diaphorase * dehydrogense * mechanism * enzyme * flavoprotein * flavodoxin * reduction
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.730, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0212454 - 8.0373140 - ÚVGZ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Strawn, R. - Stockner, T. - Melicherčík, Milan - Jin, L. - Xue,, W. F. - Carey, J. - Ettrich, Rüdiger
Synergy of molecular dynamics and isothermal titration calorimetry in studies of Allostery.
Methods in Enzymology. Roč. 492, - (2011), s. 151-188. ISSN 0076-6879
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06010; GA ČR GAP207/10/1934
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z60870520
Klíčová slova: hexameric arginine repressor * DNA-binding domain * escherichia-coli * ligand-binding * bacillus-stearothhermophilus * proteins * systems * model * simulations * operator
Kód oboru RIV: EH - Ekologie - společenstva
Impakt faktor: 2.042, rok: 2011
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0206295 - 9.0359496 - ÚVGZ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Strawn, R. - Melicherčík, Milan - Green, M. - Stockner, T. - Carey, J. - Ettrich, Rüdiger
Symmetric Allosteric Mechanism of Hexameric Escherichia coli Arginine Repressor Exploits Competition between L-Arginine Ligands and Resident Arginine Residues.
PLoS Computational Biology. Roč. 6, č. 6 (2010), s. 1-12. ISSN 1553-734X. E-ISSN 1553-7358
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06010; GA ČR GAP207/10/1934
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z60870520
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * free-energy calculations * structural basis * DNA-binding domain * bacillus-stearothermophilus * T4 lysozyme * proteins * hemoglobin * model * affinity
Kód oboru RIV: EH - Ekologie - společenstva
Impakt faktor: 5.515, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0197277 - 10.0343396 - ÚOCHB 2011 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Wolfová, J. - Kutá-Smatanová, Ivana - Brynda, Jiří - Mesters, J. R. - Lapkouski, M. - Kutý, Michal - Natalello, A. - Chatterjee, N. - Chern, S. Y. - Ebbel, E. - Ricci, A. - Grandori, R. - Ettrich, Rüdiger - Carey, J.
Structural organization of WrbA in apo-and holoprotein crystals.
Biochimica Et Biophysica Acta-Proteins and Proteomics. Roč. 1794, č. 9 (2009), s. 1288-1298. ISSN 1570-9639. E-ISSN 1878-1454
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06010
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506; CEZ:AV0Z60870520
Klíčová slova: twisted open-sheet fold * electrostatic potential surface * dimerization * trichloroacetic acid
Kód oboru RIV: CC - Organická chemie
Impakt faktor: 2.480, rok: 2009
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0185886