Výsledky vyhledávání
- 1.0343781 - BFÚ 2011 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Krasovská, Maryna V. - Šefčíková, J. - Špačková, Naďa - Šponer, Jiří - Walter, N.G.
Structural dynamics of precursor and product of the RNA enzyme from the hepatitis delta virus as revealed by molecular dynamics simulations.
Journal of Molecular Biology. Roč. 351, č. 4 (2005), s. 731-748. ISSN 0022-2836. E-ISSN 1089-8638
Grant ostatní: GA ČR(CZ) GA203/05/0009
Program: GA
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507
Klíčová slova: HDV ribozyme * ribozyme self-cleavage * nucleic acids
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.229, rok: 2005
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0186174 - 2.0343760 - BFÚ 2011 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Barone, F. - Lankaš, F. - Špačková, Naďa - Šponer, Jiří - Karran, P. - Bignami, M. - Mazzei, F.
Structural and dynamic effects of single 7-hydro-8-oxoguanine bases located in a frameshift target DNA sequence.
Biophysical Chemistry. Roč. 118, č. 1 (2005), s. 31-41. ISSN 0301-4622. E-ISSN 1873-4200
Grant ostatní: GA ČR(CZ) GA203/05/0009
Program: GA
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507
Klíčová slova: 7-hydro-8-oxoguanine * frameshift * DNA conformation
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 1.925, rok: 2005
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0186162 - 3.0327972 - ÚOCHB 2010 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Berka, Karel - Hobza, Pavel - Vondrášek, Jiří
Analysis of Energy Stabilization inside the Hydrophobic Core of Rubredoxin.
ChemPhysChem. Roč. 10, č. 3 (2009), s. 543-548. ISSN 1439-4235. E-ISSN 1439-7641
Grant CEP: GA ČR GA203/05/0009; GA ČR GA203/06/1727; GA ČR(CZ) GD203/05/H001; GA AV ČR IAA400550510; GA MŠMT LC512
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: hydrophobic core * protein stability * SAPT method
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 3.453, rok: 2009
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0174393 - 4.0324799 - ÚOCHB 2009 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Berka, Karel - Laskowski, R. - Riley, K. E. - Hobza, Pavel - Vondrášek, Jiří
Representative amino acid side chain interactions in proteins. A comparison of highly accurate correlated ab initio quantum chemical and empirical potential procedures.
[Reprezentativní interakce aminokyselin v proteinech: srovnání přesných ab-initio kvantově chemických výpočtů s empirickými potenciály.]
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 5, č. 4 (2009), s. 982-992. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR GA203/05/0009; GA ČR(CZ) GD203/05/H001; GA AV ČR IAA400550510; GA MŠMT LC512
Grant ostatní: NSF(US) EPS-0701525
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: amino acid * ab initio methods * empirical potentials
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 4.804, rok: 2009
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0172408 - 5.0315432 - ÚOCHB 2009 RIV DK eng J - Článek v odborném periodiku
Vymětal, Jiří - Slabý, I. - Spahr, A. - Vondrášek, Jiří - Lyngstadaas, S. P.
Bioinformatic analysis and molecular modelling of human ameloblastin suggest a two-domain intrinsically unstructured calcium-binding protein.
[Bioinformatická analýza a molekulární modelování lidského ameloblastinu naznačují že jde o dvoudoménový nestruktrurovaný protein za normálních podmínek.]
European Journal of Oral Sciences. Roč. 116, č. 2 (2008), s. 124-134. ISSN 0909-8836. E-ISSN 1600-0722
Grant CEP: GA ČR GA203/05/0009; GA ČR GA203/06/1727; GA MŠMT LC512
Grant ostatní: EU(XE) QLK3-CT-2001-00090
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: ameloblastin * bioinformatic modelling * calcium * intrinsically unstructured protein
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 1.957, rok: 2008
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0165636 - 6.0314780 - ÚOCHB 2009 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Biedermannová, Lada - Hobza, Pavel - Vondrášek, Jiří
Identifying stabilizing key residues in proteins using interresidue interaction energy matrix.
[Identifikace klíčových reziduí pro stabilizaci proteinu použitím matice interakční energie.]
Proteins-Structure, Function and Bioinformatics. Roč. 72, č. 1 (2008), s. 402-413. ISSN 0887-3585. E-ISSN 1097-0134
Grant CEP: GA ČR GA203/05/0009; GA ČR GA203/06/1727; GA ČR(CZ) GD203/05/H001; GA MŠMT LC512
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: protein stabilisation * an-initio calculation * interaction energy
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 3.419, rok: 2008
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0165177 - 7.0313216 - BFÚ 2009 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kosenkov, D. - Gorb, L. - Shishkin, O.V. - Šponer, Jiří - Leszczynski, J.
Tautomeric equilibrium, stability, and hydrogen bonding in 2'-deoxyguanosine monophosphate complexed with Mg2+.
[Tautomerní rovnováha, stabilita a vodíkové vazby v 2'-deoxyguanosine monofosfátu v komplexu s Mg2+.]
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 112, č. 1 (2008), s. 150-157. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA203/05/0009; GA ČR(CZ) GA203/05/0388; GA MŠMT(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: quantum chemistry * nucleic acids
Kód oboru RIV: AQ - Bezpečnost a ochrana zdraví, člověk-stroj
Impakt faktor: 4.189, rok: 2008
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0004772 - 8.0310559 - ÚOCHB 2009 RIV CZ eng J - Článek v odborném periodiku
Řezáč, Jan - Hobza, Pavel
Correlation between the thermodynamic stability of DNA duplexes and the interaction and solvation energies of DNA building blocks.
[Korelace mezi termodynamickou stabilitou dvojšroubovice DNA a interakčními a solvatačními energiemi stavebních bloků DNA.]
Collection of Czechoslovak Chemical Communications. Roč. 73, č. 2 (2008), s. 161-174. ISSN 0010-0765
Grant CEP: GA MŠMT LC512; GA ČR GA203/05/0009; GA ČR(CZ) GD203/05/H001
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: DNA duplex * interaction energy * stability
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 0.784, rok: 2008
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0162385 - 9.0309441 - ÚOCHB 2009 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Riley, Kevin Eugene - Hobza, Pavel
A DFT-D investigation of the mechanisms for activation of the wild-type and S810L mutated mineralocorticoid receptor by steroid hormones.
[Teoretické studium mechanismu aktivace přirozeného a mutovaného receptoru mineralkortikoidu pomocí steroidních hormonů.]
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 112, č. 10 (2008), s. 3157-3163. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT LC512; GA AV ČR IAA400550510; GA ČR GA203/05/0009
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: steroid hormones * mineralocorticoid (MR) receptor * (DFT-D) molecular electronic structure method
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 4.189, rok: 2008
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0004663 - 10.0093336 - BFÚ 2008 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Réblová, Kamila - Fadrná, E. - Sarzynska, J. - Kulinski, T. - Kulhánek, P. - Ennifar, E. - Koča, J. - Šponer, Jiří
Conformations of flanking bases in HIV-1 RNA DIS kissing complexes studied by molecular dynamics.
[Konformace volných bází v HIV-1 RNA DIS kissing loop komplexech studovaných molekulovou dynamikou.]
Biophysical Journal. Roč. 93, č. 11 (2007), s. 3932-3949. ISSN 0006-3495. E-ISSN 1542-0086
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA ČR(CZ) GA203/05/0009; GA ČR(CZ) GA203/05/0388; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: molecular dynamics * RNA * virus
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 4.627, rok: 2007
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0153404