Výsledky vyhledávání
- 1.0586626 - ÚEB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Pavlů, Šimon - Nikumbh, S. - Kováčik, Martin - An, T. - Lenhard, B. - Šimková, Hana - Navrátilová, Pavla
Core promoterome of barley embryo.
Computational and Structural Biotechnology Journal. Roč. 23, DEC (2024), s. 264-277. ISSN 2001-0370. E-ISSN 2001-0370
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-18794S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000827
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61389030
Klíčová slova: Cap Analysis of Gene Expression * Core promoter * Hordeum vulgare * Initiator * Morex * TOR-signaling * Transcription regulation
Obor OECD: Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
Impakt faktor: 6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.csbj.2023.12.003
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0354071Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 2024_Pavlu_Computational and Structural Biotechnology Journal_264.pdf 1 12.7 MB Jiná povolen - 2.0571534 - BFÚ 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Weidner, J. - Neitzel, Ch. - Gote, M. - Deck, J. - Kuentzelmann, K. - Pilarczyk, G. - Falk, Martin - Hausmann, M.
Advanced image-free analysis of the nano-organization of chromatin and other biomolecules by Single Molecule Localization Microscopy (SMLM).
Computational and Structural Biotechnology Journal. Roč. 21, MAR 2023 (2023), s. 2018-2034. ISSN 2001-0370. E-ISSN 2001-0370
Grant CEP: GA ČR GC20-04109J
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: Single molecule localization microscopy * (smlm) * Ripley distance frequency histograms * Persistent homology * Persistent image * Principal component analysis * Application of mathematical analysis tools to * chromatin organization and DNA repair * processes
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037023001083?via%3Dihub
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0349895 - 3.0571383 - FGÚ 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Masaryk, Jakub - Kale, Deepika - Pohl, Pavel - Ruiz-Castilla, F. J. - Zimmermannová, Olga - Obšilová, Veronika - Ramos, J. - Sychrová, Hana
The second intracellular loop of the yeast Trk1 potassium transporter is involved in regulation of activity, and interaction with 14–3-3 proteins.
Computational and Structural Biotechnology Journal. Roč. 21, April (2023), s. 2705-2716. ISSN 2001-0370. E-ISSN 2001-0370
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-04420S; GA ČR(CZ) GA21-08985S; GA MŠMT(CZ) LTC20005
Institucionální podpora: RVO:67985823
Klíčová slova: potassium ion uptake * Saccharomyces cerevisiae * phosphorylation * Trk1 * 14–3–3 proteins
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.csbj.2023.04.019
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0342627 - 4.0570259 - ÚFE 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Průša, Jiří - Cifra, Michal
Electro-detachment of kinesin motor domain from microtubule in silico.
Computational and Structural Biotechnology Journal. Roč. 21, FEB 2023 (2023), s. 1349-1361. ISSN 2001-0370. E-ISSN 2001-0370
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-06873X
Grant ostatní: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy - GA MŠk(CZ) LM2018140
Institucionální podpora: RVO:67985882
Klíčová slova: Electric field * Proteins * Tubulin * Microtubules * Molecular dynamics simulation
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 6, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0345167Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup UFE 0570259.pdf 3 7 MB Jiná vyžádat Vědecká data v ASEP:
Raw data for the paper Molecular dynamics simulation trajectories dataset of a kinesin on tubulin heterodimers in electric field A2103 - 5.0569718 - BFÚ 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Veverka, Pavel - Brom, T. - Janovic, T. - Stojaspal, Martin - Pinkas, M. - Nováček, J. - Hofr, C.
Electron microscopy reveals toroidal shape of master neuronal cell differentiator REST RE1-silencing transcription factor.
Computational and Structural Biotechnology Journal. Roč. 21, JAN 2023 (2023), s. 731-741. ISSN 2001-0370. E-ISSN 2001-0370
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: rest * RE1-silencing transcription factor * Neuron-restrictive silencer factor * Neuronal * Differentiation * rest-n62 * rest4 * nrsf * em * Electron microscopy
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.csbj.org/action/showPdf?pii=S2001-0370%2822%2900582-7
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0344342 - 6.0567811 - BC 2023 RIV SE eng J - Článek v odborném periodiku
Gerasimov, E. S. - Afonin, D.A. - Korzhavina, O.A. - Lukeš, Julius - Low, R. - Hall, N. - Tyler, K. - Yurchenko, V. - Zimmer, S.L.
Mitochondrial RNA editing in Trypanoplasma borreli: New tools, new revelations.
Computational and Structural Biotechnology Journal. Roč. 20, NOV (2022), s. 6388-6402. ISSN 2001-0370. E-ISSN 2001-0370
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-01026S
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: ATPase 6 * Euglenozoa * guide RNA * Maxicircle * Metakinetoplastina * Mitochondrion * RNA editing
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037022005177?via%3Dihub
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0339051 - 7.0567744 - MBÚ 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Masuda, Takako - Inomura, K. - Gao, M. - Armin, G. - Kotabová, Eva - Bernát, Gábor - Lawrenz-Kendrick, Evelyn - Lukeš, Martin - Bečková, Martina - Steinbach, Gabor - Komenda, Josef - Prášil, Ondřej
The balance between photosynthesis and respiration explains the niche differentiation between Crocosphaera and Cyanothece.
Computational and Structural Biotechnology Journal. Roč. 21, January 23 (2023), s. 58-65. ISSN 2001-0370. E-ISSN 2001-0370
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-17627S; GA ČR(CZ) GX19-29225X
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: ucyn-b * ucyn-c * Niche separation * Carbon consumption
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037022005256?via%3Dihub
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0342540 - 8.0565346 - ÚOCHB 2023 RIV SE eng J - Článek v odborném periodiku
Musil, M. - Jezik, A. - Jankujova, M. - Stourac, J. - Galgonek, Jakub - Eyrilmez, S.M. - Vondrášek, Jiří - Damborský, J. - Bednář, D.
Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web.
Computational and Structural Biotechnology Journal. Roč. 20, January (2022), s. 6512-6518. ISSN 2001-0370. E-ISSN 2001-0370
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131; GA MŠMT LX22NPO5102
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: caver * caverdock * channel * FDA-approved drug * tunnel * virtual screening * web
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.11.031
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0336898Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 10.1016j.csbj.2022.11.031.pdf 1 1.6 MB Vydavatelský postprint povolen - 9.0559398 - BC 2023 RIV SE eng J - Článek v odborném periodiku
Selinger, Martin - Věchtová, P. - Tykalová, Hana - Oslejskova, P. - Rumlová, M. - Štěrba, J. - Grubhoffer, Libor
Integrative RNA profiling of TBEV-infected neurons and astrocytes reveals potential pathogenic effectors.
Computational and Structural Biotechnology Journal. Roč. 20, JUN (2022), s. 2759-2777. ISSN 2001-0370. E-ISSN 2001-0370
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LTARF18021; GA ČR(CZ) GA18-27204S
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: Alternative splicing * Astrocytes * miRNA * Neurons * Response to infection * Neuropathogenesis * Tick-borne encephalitis virus * Transcriptomics
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037022002070?via%3Dihub
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340284 - 10.0557418 - BFÚ 2023 RIV SE eng J - Článek v odborném periodiku
Nikitin, D. - Mican, J. - Toul, J. - Bednar, D. - Pešková, Michaela - Kittová, Patrícia - Thalerová, Sandra - Víteček, Jan - Damborský, J. - Mikulik, R. - Fleishman, S. - Prokop, Z. - Marek, M.
Computer-aided engineering of staphylokinase toward enhanced affinity and selectivity for plasmin.
Computational and Structural Biotechnology Journal. Roč. 20, MAR 2022 (2022), s. 1366-1377. ISSN 2001-0370. E-ISSN 2001-0370
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: angiographic patency trial * recombinant staphylokinase * mechanical stability * ischemic-stroke * activator * fibrin
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037022000794?via%3Dihub
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0339575