Výsledky vyhledávání
- 1.0570494 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Selvaraj, C. - Dinesh, Dhurvas Chandrasekaran - Pedone, E. M. - Alothaim, A. S. - Vijayakumar, R. - Rudhra, O. - Singh, S. K.
SARS-CoV-2 ORF8 dimerization and binding mode analysis with class I MHC: computational approaches to identify COVID-19 inhibitors.
Briefings in Functional Genomics. Roč. 22, č. 2 (2023), s. 227-240. ISSN 2041-2649. E-ISSN 2041-2657
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: SARS-CoV-2 * ORF8 * SARS-CoV * dimer * disulfide bond * covid-19 * protein-protein interactions * molecular dynamics * MHC-1 * immune evasion * viral peptides
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1093/bfgp/elac046
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0341789 - 2.0561949 - ÚOCHB 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Hušková, Andrea - Dinesh, Dhurvas Chandrasekaran - Srb, Pavel - Bouřa, Evžen - Veverka, Václav - Šilhán, Jan
Model of abasic site DNA cross-link repair, from the architecture of NEIL3 DNA binding domains to the X-structure model.
Nucleic Acids Research. Roč. 50, č. 18 (2022), s. 10436-10448. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: covalent structure * crystal-structure * fanconis anemia
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 14.9, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/nar/gkac793
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0334376 - 3.0557947 - ÚOCHB 2023 RIV AE eng J - Článek v odborném periodiku
Selvaraj, C. - Dinesh, Dhurvas Chandrasekaran - Krafčíková, Petra - Bouřa, Evžen - Aarthy, M. - Pravin, M. A. - Singh, S. K.
Structural Understanding of SARS-CoV-2 Drug Targets, Active Site Contour Map Analysis and COVID-19 Therapeutics.
Current Molecular Pharmacology. Roč. 15, č. 2 (2022), s. 418-433. ISSN 1874-4672. E-ISSN 1874-4702
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: SARS-CoV-2 * COVID-19 * repurposing * FDA * drug targets * antivirales * active site * contour maps * medicinal plants * phytochemicals * TCM * natural products
Obor OECD: Virology
Impakt faktor: 2.7, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.2174/1874467214666210906125959
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0331831 - 4.0544623 - ÚOCHB 2022 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Bera, K. - Jeba Reeda, V. S. - Rabila, P. R. - Dinesh, Dhurvas Chandrasekaran - Hritz, J. - Karthick, T.
An in silico molecular dynamics simulation study on the inhibitors of SARS-CoV-2 proteases (3CLpro and PLpro) to combat COVID-19.
Molecular Simulation. Roč. 47, č. 14 (2021), s. 1168-1184. ISSN 0892-7022. E-ISSN 1029-0435
Grant ostatní: AV ČR(CZ) L200551951
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: SARS-CoV-2 PLpro * SARS-CoV-2 3CLpro inhibitors * molecular docking * molecular dynamics simulation * MM/PBSA
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 2.346, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1080/08927022.2021.1957884
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0321458 - 5.0544596 - ÚOCHB 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Selvaraj, C. - Dinesh, Dhurvas Chandrasekaran - Panwar, U. - Bouřa, Evžen - Singh, S. K.
High-Throughput Screening and Quantum Mechanics for Identifying Potent Inhibitors Against Mac1 Domain of SARS-CoV-2 Nsp3.
I E E E - A C M Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. Roč. 18, č. 4 (2021), s. 1262-1270. ISSN 1545-5963. E-ISSN 1557-9964
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Grant ostatní: AV ČR(CZ) L200551951
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: COVID-19 * Mac1 * Macro X * molecular dynamics * Nsp3 * quantum mechanics * SARS-CoV-2
Obor OECD: Biochemical research methods
Impakt faktor: 3.702, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1109/TCBB.2020.3037136
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0321439 - 6.0540951 - ÚOCHB 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Selvaraj, C. - Dinesh, Dhurvas Chandrasekaran - Panwar, U. - Abhirami, R. - Bouřa, Evžen - Singh, S. K.
Structure-based virtual screening and molecular dynamics simulation of SARS-CoV-2 Guanine-N7 methyltransferase (nsp14) for identifying antiviral inhibitors against COVID-19.
Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. Roč. 39, č. 13 (2021), s. 4582-4593. ISSN 0739-1102
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Grant ostatní: AV ČR(CZ) L200551951
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: SARS-CoV-2 * nsp14 * N7-MTase * RNA capping * Methyltransferase * COVID-19 * TCM * natural products * molecular dynamics * ensemble sampling
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.235, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1080/07391102.2020.1778535
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0318539 - 7.0539587 - ÚOCHB 2022 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Selvaraj, C. - Panwar, U. - Dinesh, Dhurvas Chandrasekaran - Bouřa, Evžen - Singh, P. - Dubey, V. K. - Singh, S. K.
Microsecond MD Simulation and Multiple-Conformation Virtual Screening to Identify Potential Anti-COVID-19 Inhibitors Against SARS-CoV-2 Main Protease.
Frontiers in Chemistry. Roč. 8, Jan 13 (2021), č. článku 595273. ISSN 2296-2646. E-ISSN 2296-2646
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Grant ostatní: AV ČR(CZ) L200551951
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: SARS-CoV-2 main protease * COVID-19 * TCM * natural products * molecular dynamics * ensemble sampling
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.545, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.3389/fchem.2020.595273
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0318116 - 8.0536797 - ÚOCHB 2021 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Dinesh, Dhurvas Chandrasekaran - Chalupská, Dominika - Šilhán, Jan - Koutná, Eliška - Nencka, Radim - Veverka, Václav - Bouřa, Evžen
Structural basis of RNA recognition by the SARS-CoV-2 nucleocapsid phosphoprotein.
PLoS Pathogens. Roč. 16, č. 12 (2020), č. článku e1009100. ISSN 1553-7366. E-ISSN 1553-7374
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Grant ostatní: AV ČR(CZ) L200551951
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: N-terminal domain * binding domain * crystal structure
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 6.823, rok: 2020
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1009100
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0316257 - 9.0521343 - ÚOCHB 2021 RIV AE eng J - Článek v odborném periodiku
Dinesh, Dhurvas Chandrasekaran - Tamilarasan, S. - Rajaram, K. - Bouřa, Evžen
Antiviral Drug Targets of Single-Stranded RNA Viruses Causing Chronic Human Diseases.
Current Drug Targets. Roč. 21, č. 2 (2020), s. 105-124. ISSN 1389-4501. E-ISSN 1873-5592
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_027/0008477; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: RNA viruses * chronic diseases * drug targets * inhibitors * antivirals * HIV * hepatitis * flaviviruses * protein structures
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.465, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.eurekaselect.com/175035/article
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0305972