Výsledky vyhledávání
- 1.0585513 - MBÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Zákopčaník, Marek - Kavan, Daniel - Novák, Petr - Loginov, Dmitry Sergej
Quantifying the Impact of the Peptide Identification Framework on the Results of Fast Photochemical Oxidation of Protein Analysis.
Journal of Proteome Research. Roč. 23, č. 2 (2023), s. 609-617. ISSN 1535-3893. E-ISSN 1535-3907
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-27695S
GRANT EU: European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: mass-spectrometry * exchange * fpop * searchengine * structural proteomics
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 4.4, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.3c00390
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0353197 - 2.0585509 - MBÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Polák, Marek - Černý, Jiří - Novák, Petr
Isotopic Depletion Increases the Spatial Resolution of FPOP Top-Down Mass Spectrometry Analysis.
Analytical Chemistry. Roč. 96, č. 4 (2024), s. 1478-1487. ISSN 0003-2700. E-ISSN 1520-6882
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5107; GA ČR(CZ) GA22-27695S; GA MŠMT(CZ) LM2018127; GA MŠMT(CZ) LM2023055; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS; European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971 ; RVO:86652036
Klíčová slova: fast photochemical oxidation * amino-acid-residues * radiolytic modification * hydrogen-peroxide * structural probes * molecular-mass * cytochrome-c * protein * peptides * exchange
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 7.4, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.3c03759
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0353192 - 3.0583029 - MBÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Zákopčaník, Marek - Kavan, Daniel - Novák, Petr - Loginov, Dmitry Sergej
Quantifying the Impact of the Peptide Identification Framework on the Results of Fast Photochemical Oxidation of Protein Analysis.
Journal of Proteome Research. Roč. 23, č. 2 (2023), s. 609-617. ISSN 1535-3893. E-ISSN 1535-3907
GRANT EU: European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: mass-spectrometry * exchange * fpop * searchengine * structural proteomics
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 4.4, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.3c00390
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351128 - 4.0571666 - MBÚ 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Heames, B. - Buchel, F. - Aubel, M. - Tretyachenko, V. - Loginov, Dmitry Sergej - Novák, Petr - Lange, A. - Bornberg-Bauer, E. - Hlouchová, Klára
Experimental characterization of de novo proteins and their unevolved random-sequence counterparts.
Nature Ecology & Evolution. Roč. 7, č. 4 (2023), s. 570-580. ISSN 2397-334X. E-ISSN 2397-334X
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971 ; RVO:61388963
Klíčová slova: genetic selection * aggregation * prediction * evolution * signal
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Biochemistry and molecular biology (UOCHB-X)
Impakt faktor: 16.8, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41559-023-02010-2
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0343064 - 5.0564248 - MBÚ 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Pacheco-Garcia, J. L. - Loginov, Dmitry Sergej - Anoz-Carbonell, E. - Vaňková, Pavla - Palomino-Morales, R. - Salido, E. - Man, Petr - Medina, M. - Naganathan, A. N. - Pey, Angel L.
Allosteric Communication in the Multifunctional and Redox NQO1 Protein Studied by Cavity-Making Mutations.
Antioxidants. Roč. 11, č. 6 (2022), č. článku 1110. E-ISSN 2076-3921
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971 ; RVO:86652036
Klíčová slova: antioxidant defense * flavoprotein * FAD binding * structural perturbation * protein core * allosterism * cavity-making mutation
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 7, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/2076-3921/11/6/1110
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0335953 - 6.0559847 - MBÚ 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Yassaghi, Ghazaleh - Kukačka, Zdeněk - Fiala, Jan - Kavan, Daniel - Halada, Petr - Volný, Michael - Novák, Petr
Top-Down Detection of Oxidative Protein Footprinting by Collision-Induced Dissociation,Electron-Transfer Dissociation, and Electron-Capture Dissociation.
Analytical Chemistry. Roč. 94, č. 28 (2022), s. 9993-10002. ISSN 0003-2700. E-ISSN 1520-6882
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS; European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: Fast photochemical oxidation of proteins * top-down * collision-induced dissociation * electron-transfer dissociation * electron-capture dissociation * mass spectrometry
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 7.4, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.1c05476
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0334438 - 7.0556783 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Giacobelli, V. G. - Fujishima, K. - Lepšík, Martin - Tretyachenko, V. - Kadavá, T. - Makarov, M. - Bednárová, Lucie - Novák, Petr - Hlouchová, Klára
In Vitro Evolution Reveals Noncationic Protein-RNA Interaction Mediated by Metal Ions.
Molecular Biology and Evolution. Roč. 39, č. 3 (2022), č. článku msac032. ISSN 0737-4038. E-ISSN 1537-1719
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388971
Klíčová slova: RNA-protein interaction * genetic code evolution * protein evolution * mRNA-display
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 10.7, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/molbev/msac032
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0330979Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 0556783.pdf 5 982.6 KB Vydavatelský postprint povolen
Vědecká data: Mendeley Data - 8.0556153 - MBÚ 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Polák, Marek - Yassaghi, Ghazaleh - Kavan, Daniel - Filandr, František - Fiala, Jan - Kukačka, Zdeněk - Halada, Petr - Loginov, Dmitry Sergej - Novák, Petr
Utilization of Fast Photochemical Oxidation of Proteins and Both Bottom-up and Top-down Mass Spectrometry for Structural Characterization of a Transcription Factor-dsDNA Complex.
Analytical Chemistry. Roč. 94, č. 7 (2022), s. 3203-3210. ISSN 0003-2700. E-ISSN 1520-6882
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS; European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: higher-order structure * chemical-modification * factor foxo4 * binding * domain * fpop * identification * peptides * topology * epitope
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 7.4, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.1c04746
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0334008 - 9.0553501 - MBÚ 2023 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Loginov, Dmitry Sergej - Fiala, Jan - Brechlin, P. - Kruppa, G. - Novák, Petr
Hydroxyl radical footprinting analysis of a human haptoglobin-hemoglobin complex.
Biochimica Et Biophysica Acta-Proteins and Proteomics. Roč. 1870, č. 2 (2022), č. článku 140735. ISSN 1570-9639. E-ISSN 1878-1454
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S; GA MŠMT(CZ) LQ1604
GRANT EU: European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: fast photochemical oxidation * identification * proteins * fpop * Footprinting * Haptoglobin * Hemoglobin * timsTOF pro
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.2, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570963921001412?via%3Dihub
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0330400 - 10.0551051 - MBÚ 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Fojtík, Lukáš - Fiala, Jan - Pompach, Petr - Chmelík, Josef - Matoušek, V. - Beier, Petr - Kukačka, Zdeněk - Novák, Petr
Fast Fluoroalkylation of Proteins Uncovers the Structure and Dynamics of Biological Macromolecules.
Journal of the American Chemical Society. Roč. 143, č. 49 (2021), s. 20670-20679. ISSN 0002-7863. E-ISSN 1520-5126
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S
GRANT EU: European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS; European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971 ; RVO:61388963
Klíčová slova: protein structure * conformational changes * radicals * trifluoromethylation * radical labeling * Togni reagents * fluoroalkylation
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Organic chemistry (UOCHB-X)
Impakt faktor: 16.383, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.1c07771
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0326382