Výsledky vyhledávání
- 1.0559847 - MBÚ 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Yassaghi, Ghazaleh - Kukačka, Zdeněk - Fiala, Jan - Kavan, Daniel - Halada, Petr - Volný, Michael - Novák, Petr
Top-Down Detection of Oxidative Protein Footprinting by Collision-Induced Dissociation,Electron-Transfer Dissociation, and Electron-Capture Dissociation.
Analytical Chemistry. Roč. 94, č. 28 (2022), s. 9993-10002. ISSN 0003-2700. E-ISSN 1520-6882
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS; European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: Fast photochemical oxidation of proteins * top-down * collision-induced dissociation * electron-transfer dissociation * electron-capture dissociation * mass spectrometry
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 7.4, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.1c05476
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0334438 - 2.0556153 - MBÚ 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Polák, Marek - Yassaghi, Ghazaleh - Kavan, Daniel - Filandr, František - Fiala, Jan - Kukačka, Zdeněk - Halada, Petr - Loginov, Dmitry Sergej - Novák, Petr
Utilization of Fast Photochemical Oxidation of Proteins and Both Bottom-up and Top-down Mass Spectrometry for Structural Characterization of a Transcription Factor-dsDNA Complex.
Analytical Chemistry. Roč. 94, č. 7 (2022), s. 3203-3210. ISSN 0003-2700. E-ISSN 1520-6882
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS; European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: higher-order structure * chemical-modification * factor foxo4 * binding * domain * fpop * identification * peptides * topology * epitope
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 7.4, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.1c04746
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0334008 - 3.0553501 - MBÚ 2023 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Loginov, Dmitry Sergej - Fiala, Jan - Brechlin, P. - Kruppa, G. - Novák, Petr
Hydroxyl radical footprinting analysis of a human haptoglobin-hemoglobin complex.
Biochimica Et Biophysica Acta-Proteins and Proteomics. Roč. 1870, č. 2 (2022), č. článku 140735. ISSN 1570-9639. E-ISSN 1878-1454
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S; GA MŠMT(CZ) LQ1604
GRANT EU: European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: fast photochemical oxidation * identification * proteins * fpop * Footprinting * Haptoglobin * Hemoglobin * timsTOF pro
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.2, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570963921001412?via%3Dihub
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0330400 - 4.0551051 - MBÚ 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Fojtík, Lukáš - Fiala, Jan - Pompach, Petr - Chmelík, Josef - Matoušek, V. - Beier, Petr - Kukačka, Zdeněk - Novák, Petr
Fast Fluoroalkylation of Proteins Uncovers the Structure and Dynamics of Biological Macromolecules.
Journal of the American Chemical Society. Roč. 143, č. 49 (2021), s. 20670-20679. ISSN 0002-7863. E-ISSN 1520-5126
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S
GRANT EU: European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS; European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971 ; RVO:61388963
Klíčová slova: protein structure * conformational changes * radicals * trifluoromethylation * radical labeling * Togni reagents * fluoroalkylation
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Organic chemistry (UOCHB-X)
Impakt faktor: 16.383, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.1c07771
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0326382 - 5.0548122 - MBÚ 2022 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Tomášková, N. - Novák, Petr - Kožár, T. - Petrenčáková, M. - Jančura, D. - Yassaghi, Ghazaleh - Man, Petr - Sedlák, E.
Early modification of cytochrome c by hydrogen peroxide triggers its fast degradation.
International Journal of Biological Macromolecules. Roč. 174, MAR 31 2021 (2021), s. 413-423. ISSN 0141-8130. E-ISSN 1879-0003
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109; GA MŠMT(CZ) LQ1604
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: Pseudo-peroxidases * Oxidative damage * Reactive oxygen species * Protein channels * Suicide inactivation
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 8.025, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813021002373?via%3Dihub
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0324235 - 6.0543515 - MBÚ 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Loginov, Dmitry Sergej - Fiala, Jan - Chmelík, Josef - Brechlin, P. - Kruppa, G. - Novák, Petr
Benefits of Ion Mobility Separation and Parallel Accumulation-Serial Fragmentation Technology on timsTOF Pro for the Needs of Fast Photochemical Oxidation of Protein Analysis.
ACS Omega. Roč. 6, č. 15 (2021), s. 10352-10361. ISSN 2470-1343. E-ISSN 2470-1343
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S; GA MŠMT(CZ) LQ1604; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: photochemical oxidation * Protein Analysis * ion mobility spectrometry * oxidative modifications
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.132, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acsomega.1c00732
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0320706 - 7.0542387 - MBÚ 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kukačka, Zdeněk - Rosůlek, Michal - Jelínek, Jan - Slavata, Lukáš - Kavan, Daniel - Novák, Petr
LinX: A Software Tool for Uncommon Cross-Linking Chemistry.
Journal of Proteome Research. Roč. 20, č. 4 (2021), s. 2021-2027. ISSN 1535-3893. E-ISSN 1535-3907
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S; GA MŠMT(CZ) LH15010; GA MŠMT(CZ) LQ1604; GA MŠMT(CZ) LD15089; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: mass spectrometry * high resolution * chemical cross-linking * proteins
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.370, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.0c00858
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0319810 - 8.0535853 - MBÚ 2021 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Petrenčáková, M. - Filandr, František - Hovan, A. - Yassaghi, Ghazaleh - Man, Petr - Kožár, T. - Schwer, M.-S. - Jančura, D. - Pluckthun, A. - Novák, Petr - Miškovský, P. - Bano, G. - Sedlák, E.
Photoinduced damage of AsLOV2 domain is accompanied by increased singlet oxygen production due to flavin dissociation.
Scientific Reports. Roč. 10, č. 1 (2020), č. článku 4119. ISSN 2045-2322. E-ISSN 2045-2322
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S; GA MŠMT(CZ) LQ1604; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS
Výzkumná infrastruktura: CIISB - 90043
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: atom force-field * protein secondary structure * oxidative modification * cytochrome-c * lov2 domain * generation
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.380, rok: 2020
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41598-020-60861-2
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0313764 - 9.0533907 - MBÚ 2021 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Ferofontov, A. - Vaňková, Pavla - Man, Petr - Giladi, M. - Haitin, Y.
Conserved cysteine dioxidation enhances membrane interaction of human Cl(-)intracellular channel 5.
FASEB Journal. Roč. 34, č. 8 (2020), s. 9925-9940. ISSN 0892-6638. E-ISSN 1530-6860
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S; GA MŠMT(CZ) LQ1604; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS
Výzkumná infrastruktura: CIISB - 90043
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: CLIC * mass spectrometry * oligomerization
Obor OECD: Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
Impakt faktor: 5.192, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://faseb.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1096/fj.202000399R
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0312152 - 10.0531921 - MBÚ 2021 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Fiala, Jan - Kukačka, Zdeněk - Novák, Petr
Influence of cross-linker polarity on selectivity towards lysine side chains.
Journal of Proteomics. Roč. 218, APR 30 (2020), č. článku 103716. ISSN 1874-3919. E-ISSN 1876-7737
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-16084S; GA MŠMT(CZ) LD15089; GA MŠMT(CZ) LQ1604; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS; European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS; European Commission(XE) 731077 - EU_FT-ICR_MS
Výzkumná infrastruktura: CIISB - 90043
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: Structural mass spectrometry * Protein structure * Chemical cross-linking
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.044, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1874391920300841
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0310557