Výsledky vyhledávání
- 1.0502803 - ÚMG 2019 RIV CZ cze L4 - Software
Škuta, Ctibor - Svozil, Daniel
MolSetinspector.
[MolSetinspector.]
Interní kód: Software-3 ; 2015
Technické parametry: MolSetInspector (Molecular Sets Inspector) je Python knihovna umožňující zpracování jedné či více množin chemických látek. Na vstupu přijímá adresář obsahující jeden či více souborů (sdf, csv, smi nebo txt), které mohou obsahovat molekuly v různých chemických formátech (smiles, inchi nebo molfile). MolSetInspector automaticky zjistí konkrétní formát, načte všechny molekuly a zpracuje. Během zpracování je možné používat základní možnosti standardizace molekul či odstranění stereochemie. Jako výstup knihovna umožňuje výpis množiny unikátních molekul ze všech načtených společně s informací o jejich přítomnosti v dané množině. Dále je možné vypsat tabulku s průniky jednotlivých množin, duplicitní molekuly, molekuly, které se nepovedlo načíst, nebo použít jednu ze dvou možností selekce diverzní množiny molekul (na základě maximální podobnosti nebo maximálního počtu molekul). http://openscreen.cz/software/molsetinspector
Ekonomické parametry: Tato Python knihovna umožňuje zpracování jedné či více množin chemických látek.
Grant CEP: GA MŠMT LO1220
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: Phyton * Molecular set * Hit table
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
http://openscreen.cz/software/molsetinspector
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294689 - 2.0502797 - ÚMG 2019 RIV CZ cze L4 - Software
Škuta, Ctibor - Svozil, Daniel
Knime4HTS.
[Knime4HTS.]
Interní kód: Software-2 ; 2015
Technické parametry: Knime4HTS je kombinace nových uzlů (nodes) a připravených postupů (workflows), která je vytvořena za účelem zpracování HTS dat prostřednictvím analytické platformy Knime. S použitím těchto nástrojů je možné zpracovávat surová data ve sloupcové i maticové formě. KNIME4HTS poskytuje funkcionalitu pro normalizaci dat, selekci hitů, zobrazení teplotních map HTS destiček a vytváření reportů. Připravené postupy jsou také schopny vizualizace rozsáhlé chemické knihovny ve formě 2D chemického prostoru na základě fyzikálně-chemických nebo strukturních vlastností látek. https://openscreen.cz/software/knime4hts/home/
Ekonomické parametry: Použitím těchto nástrojů je možné zpracovávat surová data ve sloupcové i maticové formě. Tyto funkcionality výrazně zjednodušší uživatelům analýzu HTS dat.
Grant CEP: GA MŠMT LO1220
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: Knime * HTS data * hit selection
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://www.knime.com/
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294681 - 3.0488898 - ÚMG 2018 RIV CZ eng L4 - Software
Škuta, Ctibor - Svozil, Daniel - Bartůněk, Petr
Chemspace.
Interní kód: S-2017-3 ; 2017
Technické parametry: licence: https://opensource.org/licenses/MIT
Ekonomické parametry: Open source - zvýšení kvality obyvatelstva
Grant CEP: GA MŠMT LM2015063
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: 2D chemical space * open source library * HTML5 canvas visualization
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://openscreen.cz/software/chemspace
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0283416 - 4.0488889 - ÚMG 2018 RIV CZ eng L4 - Software
Svozil, Daniel
Molpher-lib.
Interní kód: S-2017-1 ; 2017
Technické parametry: Licence: https://www.gnu.org/licenses/gpl.html
Ekonomické parametry: Open source software - zvýšení kvality života obyvatelstva
Grant CEP: GA MŠMT LM2015063
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: chemical space * molecular morphing * structural changes
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://lich-uct.github.io/molpher-lib/
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0283414