Výsledky vyhledávání
- 1.0583913 - BC 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Ngugi, D.K. - Salcher, Michaela M. - Andrei, A.S. - Ghai, Rohit - Klotz, F. - Chiriac, Maria-Cecilia - Ionescu, D. - Buesing, P. - Grossart, H.P. - Xing, P. - Priscu, J. C. - Alymkulov, S. - Pester, M.
Postglacial adaptations enabled colonization and quasi-clonal dispersal of ammonia-oxidizing archaea in modern European large lakes.
Science Advances. Roč. 9, č. 5 (2023), č. článku eadc9392. ISSN 2375-2548. E-ISSN 2375-2548
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: multiple sequence alignment * phylogenetic reconstruction * sulfolobus
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 13.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1126/sciadv.adc9392
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351891 - 2.0583806 - BC 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Kavagutti, Vinicius Silva - Chiriac, Maria-Cecilia - Ghai, Rohit - Salcher, Michaela M. - Haber, Markus
Isolation of phages infecting the abundant freshwater iActinobacteriota/i order 'iCa/i. Nanopelagicales'.
The ISME Journal. Roč. 17, č. 6 (2023), s. 943-946. ISSN 1751-7362. E-ISSN 1751-7370
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-21990S; GA ČR(CZ) GA23-06806S
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: protein * genomes * phages
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 11, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41396-023-01400-5
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351805 - 3.0583805 - BC 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Kavagutti, Vinicius Silva - Bulzu, Paul-Adrian - Chiriac, Maria-Cecilia - Salcher, Michaela M. - Mukherjee, Indranil - Shabarova, Tatiana - Grujčič, Vesna - Mehrshad, Maliheh - Kasalický, Vojtěch - Andrei, A.S. - Jezberová, Jitka - Seďa, Jaromír - Rychtecký, Pavel - Znachor, Petr - Šimek, Karel - Ghai, Rohit
High-resolution metagenomic reconstruction of the freshwater spring bloom.
Microbiome. Roč. 11, č. 1 (2023), č. článku 15. ISSN 2049-2618. E-ISSN 2049-2618
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-12496X; GA ČR(CZ) GA21-21990S; GA ČR(CZ) GA19-23469S; GA ČR GA22-03662S; GA ČR(CZ) GA19-23261S; GA MŠMT(CZ) EF16_025/0007417
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: bacterioplankton populations * seasonal succession * giant virus * chrysochromulina
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 15.5, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s40168-022-01451-4
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351803 - 4.0583794 - BC 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Park, Hongjae - Shabarova, Tatiana - Salcher, Michaela M. - Kosová, Lenka - Rychtecký, Pavel - Mukherjee, Indranil - Šimek, Karel - Porcal, Petr - Seďa, Jaromír - Znachor, Petr - Kasalický, Vojtěch
In the right place, at the right time: the integration of bacteria into the Plankton Ecology Group model.
Microbiome. Roč. 11, č. 1 (2023), č. článku 112. ISSN 2049-2618. E-ISSN 2049-2618
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-12496X; GA ČR(CZ) GA19-23469S; GA ČR(CZ) GA19-00113S; GA MŠMT(CZ) EF16_025/0007417; GA ČR GA22-33245S; GA ČR GF22-35826K
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: rna gene-sequences * niche separation * Freshwater reservoirs * Microbial communities * Spatiotemporal dynamics * Microdiversity * PEG model
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 15.5, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s40168-023-01522-0
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351793 - 5.0583779 - BC 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Chiriac, Maria-Cecilia - Haber, Markus - Salcher, Michaela M.
Adaptive genetic traits in pelagic freshwater microbes.
Environmental Microbiology. Roč. 25, č. 3 (2023), s. 606-641. ISSN 1462-2912. E-ISSN 1462-2920
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-23469S; GA ČR(CZ) GX20-12496X; GA ČR(CZ) GA21-21990S; GA ČR GA22-03662S
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: dissolved organic-matter * ribosomal-rna genes * polynucleobacter-necessarius * bacterial communities * planktonic flavobacteria * oxygenated hypolimnion * actinorhodopsin genes
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 5.1, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351781 - 6.0583665 - BC 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Šimek, Karel - Mukherjee, Indranil - Szoke-Nagy, Tiberiu - Haber, Markus - Salcher, Michaela M. - Ghai, Rohit
Cryptic and ubiquitous aplastidic cryptophytes are key freshwater flagellated bacterivores.
The ISME Journal. Roč. 17, č. 1 (2023), s. 84-94. ISSN 1751-7362. E-ISSN 1751-7370
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-21990S; GA ČR(CZ) GX20-12496X; GA ČR GF22-35826K; GA MŠMT(CZ) EF16_025/0007417
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: protists * sequence * marine * cryptomonas * paramecium
Obor OECD: Marine biology, freshwater biology, limnology
Impakt faktor: 11, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41396-022-01326-4
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351690 - 7.0569062 - BC 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Dirren-Pitsch, G. - Buhler, D. - Salcher, Michaela M. - Bassin, B. - Le Moigne, A. - Schuler, M. - Pernthaler, J. - Posch, T.
FISHing for ciliates: Catalyzed reporter deposition fluorescence in situ hybridization for the detection of planktonic freshwater ciliates.
Frontiers in Microbiology. Roč. 13, Dec (2022), č. článku 1070232. ISSN 1664-302X. E-ISSN 1664-302X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-12496X
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: planktonic ciliates * card-fish * fluorescence in situ hybridization * lake water samples * quantitative protargol staining * ciliate quantification
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 5.2, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.1070232
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340362 - 8.0558631 - BC 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Chiriac, Maria-Cecilia - Bulzu, Paul-Adrian - Andrei, A.S. - Okazaki, Y. - Nakano, S. - Haber, Markus - Kavagutti, Vinicius Silva - Layoun, Paul - Ghai, Rohit - Salcher, Michaela M.
Ecogenomics sheds light on diverse lifestyle strategies in freshwater CPR.
Microbiome. Roč. 10, č. 1 (2022), č. článku 84. ISSN 2049-2618. E-ISSN 2049-2618
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-21990S; GA ČR(CZ) GA19-23469S; GA ČR(CZ) GX20-12496X
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: multiple sequence alignment * in-situ hybridization * ribosomal-rna * protein secretion * database * genome * identification * bacteria * symbionts * resource * Patescibacteria * cpr * Freshwater lakes * Metagenomics * Genome reduction * Metabolism * Lifestyle * card-fish
Obor OECD: Ecology
Impakt faktor: 15.5, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s40168-022-01274-3
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340290 - 9.0552456 - BC 2022 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Okazaki, Y. - Fujinaga, S. - Salcher, Michaela M. - Callieri, C. - Tanaka, A. - Kohzu, A. - Oyagi, H. - Tamaki, H. - Nakano, S.
Microdiversity and phylogeographic diversification of bacterioplankton in pelagic freshwater systems revealed through long-read amplicon sequencing.
Microbiome. Roč. 9, č. 1 (2021), č. článku 24. ISSN 2049-2618. E-ISSN 2049-2618
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-23469S; GA ČR(CZ) GX20-12496X
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: Freshwater bacterioplankton * Long-read amplicon sequencing * Microdiversity * PacBio * Phylogeography * Ribosomal internal transcribed spacers
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 16.837, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s40168-020-00974-y
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0327581 - 10.0552451 - BC 2022 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Shabarova, Tatiana - Salcher, Michaela M. - Porcal, Petr - Znachor, Petr - Nedoma, Jiří - Grossart, H.P. - Seďa, Jaromír - Hejzlar, Josef - Šimek, Karel
Recovery of freshwater microbial communities after extreme rain events is mediated by cyclic succession.
Nature Microbiology. Roč. 6, č. 4 (2021), s. 479-+. ISSN 2058-5276. E-ISSN 2058-5276
Grant CEP: GA ČR(CZ) GJ20-23718Y; GA ČR(CZ) GA19-00113S; GA ČR(CZ) GA13-00243S; GA ČR(CZ) GA19-23469S; GA ČR(CZ) GX20-12496X
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: dissolved organic-matter * ribosomal-rna * peg-model * lake * assemblages * phosphorus * projections * reservoirs * emissions * silva
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 30.964, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s41564-020-00852-1
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0327580Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup SHABAROVA NatureMicrobiol 2021.pdf 0 13.8 MB Autorský preprint vyžádat