Výsledky vyhledávání
- 1.0502806 - ÚMG 2019 RIV CZ cze L4 - Software
Škuta, Ctibor - Bartůněk, Petr
Portál pro výběr bioaktivních sloučenin Probes & Drugs.
[Probes &Drugs portal: an interactive, open data resource for chemical biology.]
Interní kód: Software-4 ; 2017
Technické parametry: Databáze obsahuje struktury a veřejná data vice než 30 000 sloučenin, případně informace s jakými dalšími látkami je možné danou sloučeninu nahradit. Samotný portál využívá data o těchto sloučeninách a různě je kombinuje podle požadavků uživatelů.Open data portal pro výběr bioaktviních sloučenin. (https://www.probes-drugs.org
Ekonomické parametry: Open data portal pro výběr bioaktviních sloučenin. Tento webový portál výrazně usnadní práci s informacemi nejen vědcům, kteří se primárně zabývají chemickými sloučeninami a jejich účinkem na živé organismy.
Grant CEP: GA MŠMT LO1220
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: bioactive compounds * probes * drugs
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://www.probes-drugs.org
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294692 - 2.0502803 - ÚMG 2019 RIV CZ cze L4 - Software
Škuta, Ctibor - Svozil, Daniel
MolSetinspector.
[MolSetinspector.]
Interní kód: Software-3 ; 2015
Technické parametry: MolSetInspector (Molecular Sets Inspector) je Python knihovna umožňující zpracování jedné či více množin chemických látek. Na vstupu přijímá adresář obsahující jeden či více souborů (sdf, csv, smi nebo txt), které mohou obsahovat molekuly v různých chemických formátech (smiles, inchi nebo molfile). MolSetInspector automaticky zjistí konkrétní formát, načte všechny molekuly a zpracuje. Během zpracování je možné používat základní možnosti standardizace molekul či odstranění stereochemie. Jako výstup knihovna umožňuje výpis množiny unikátních molekul ze všech načtených společně s informací o jejich přítomnosti v dané množině. Dále je možné vypsat tabulku s průniky jednotlivých množin, duplicitní molekuly, molekuly, které se nepovedlo načíst, nebo použít jednu ze dvou možností selekce diverzní množiny molekul (na základě maximální podobnosti nebo maximálního počtu molekul). http://openscreen.cz/software/molsetinspector
Ekonomické parametry: Tato Python knihovna umožňuje zpracování jedné či více množin chemických látek.
Grant CEP: GA MŠMT LO1220
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: Phyton * Molecular set * Hit table
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
http://openscreen.cz/software/molsetinspector
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294689 - 3.0502797 - ÚMG 2019 RIV CZ cze L4 - Software
Škuta, Ctibor - Svozil, Daniel
Knime4HTS.
[Knime4HTS.]
Interní kód: Software-2 ; 2015
Technické parametry: Knime4HTS je kombinace nových uzlů (nodes) a připravených postupů (workflows), která je vytvořena za účelem zpracování HTS dat prostřednictvím analytické platformy Knime. S použitím těchto nástrojů je možné zpracovávat surová data ve sloupcové i maticové formě. KNIME4HTS poskytuje funkcionalitu pro normalizaci dat, selekci hitů, zobrazení teplotních map HTS destiček a vytváření reportů. Připravené postupy jsou také schopny vizualizace rozsáhlé chemické knihovny ve formě 2D chemického prostoru na základě fyzikálně-chemických nebo strukturních vlastností látek. https://openscreen.cz/software/knime4hts/home/
Ekonomické parametry: Použitím těchto nástrojů je možné zpracovávat surová data ve sloupcové i maticové formě. Tyto funkcionality výrazně zjednodušší uživatelům analýzu HTS dat.
Grant CEP: GA MŠMT LO1220
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: Knime * HTS data * hit selection
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://www.knime.com/
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294681 - 4.0502792 - ÚMG 2019 RIV CZ cze L4 - Software
Oltová, Jana - Jindřich, Jindřich - Škuta, Ctibor - Bartůněk, Petr
Zebrabase.
[Zebrabase.]
Interní kód: Software-1 ; 2017
Technické parametry: https://zebrabase.org/about
Ekonomické parametry: Tato aplikace usnadňuje management rybích chovů.
Grant CEP: GA MŠMT LO1419
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: fish facility * tracking system * management
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://zebrabase.org/
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294683 - 5.0488898 - ÚMG 2018 RIV CZ eng L4 - Software
Škuta, Ctibor - Svozil, Daniel - Bartůněk, Petr
Chemspace.
Interní kód: S-2017-3 ; 2017
Technické parametry: licence: https://opensource.org/licenses/MIT
Ekonomické parametry: Open source - zvýšení kvality obyvatelstva
Grant CEP: GA MŠMT LM2015063
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: 2D chemical space * open source library * HTML5 canvas visualization
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://openscreen.cz/software/chemspace
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0283416 - 6.0488897 - ÚMG 2018 RIV CZ eng L4 - Software
Škuta, Ctibor - Bartůněk, Petr
Probes & Drugs portal.
Interní kód: S-2017-2 ; 2017
Technické parametry: licence: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
Ekonomické parametry: Open source software - zvýšení kvality života obyvatelstva
Grant CEP: GA MŠMT LM2015063
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: bioactive compound * chemical probe * chemical biology * portal
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://www.probes-drugs.org
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0283415