Výsledky vyhledávání
- 1.0442075 - ÚOCHB 2015 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Pasi, M. - Maddocks, J. H. - Beveridge, D. - Bishop, T. C. - Case, D. A. - Cheatham III, T. E. - Dans, P. D. - Jayaram, B. - Lankaš, Filip - Laughton, C. - Mitchell, J. - Osman, R. - Orozco, M. - Pérez, A. - Petkevičiute, D. - Špačková, Naďa - Šponer, Jiří - Zakrzewska, K. - Lavery, R.
mu ABC: a systematic microsecond molecular dynamics study of tetranucleotide sequence effects in B-DNA.
Nucleic Acids Research. Roč. 42, č. 19 (2014), s. 12272-12283. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA14-21893S; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) ED1.1.00/02.0068
Program: ED
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:68081707
Klíčová slova: base pair * recognition * conformations
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 9.112, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0244974 - 2.0437506 - ÚOCHB 2015 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Dršata, Tomáš - Zgarbová, M. - Špačková, Naďa - Jurečka, P. - Šponer, Jiří - Lankaš, Filip
Mechanical Model of DNA Allostery.
Journal of Physical Chemistry Letters. Roč. 5, č. 21 (2014), s. 3831-3835. ISSN 1948-7185
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA14-21893S
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) ED2.1.00/03.0058; GA MŠk(CZ) ED1.1.00/02.0068
Program: ED; ED
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:68081707
Klíčová slova: molecular dynamics simulations * minor groove binders * DNA
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 7.458, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0241232 - 3.0430484 - ÚOCHB 2015 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Dršata, Tomáš - Špačková, Naďa - Jurečka, P. - Zgarbová, M. - Šponer, Jiří - Lankaš, Filip
Mechanical properties of symmetric and asymmetric DNA A-tracts: implications for looping and nucleosome positioning.
Nucleic Acids Research. Roč. 42, č. 11 (2014), s. 7383-7394. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA14-21893S
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) ED2.1.00/03.0058; GA MŠk(CZ) ED1.1.00/02.0068
Program: ED; ED
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:68081707
Klíčová slova: molecular dynamics simulations * sequence-directed curvature * adenine-thymine tract
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 9.112, rok: 2014
http://nar.oxfordjournals.org/content/42/11/7383
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0235562 - 4.0422438 - BFÚ 2014 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří (ed.) - Mládek, Arnošt - Špačková, Naďa - Cang, X. - Cheatham III, Thomas E. - Grimme, S.
Relative Stability of Different DNA Guanine Quadruplex Stem Topologies Derived Using Large-Scale Quantum-Chemical Computations.
Journal of the American Chemical Society. Roč. 135, č. 26 (2013), s. 9785-9796. ISSN 0002-7863. E-ISSN 1520-5126
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0068; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: DENSITY-FUNCTIONAL THEORY * MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS * SUGAR-PHOSPHATE BACKBONE
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 11.444, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0228558 - 5.0373418 - BFÚ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Špačková, Naďa - Réblová, Kamila - Šponer, Jiří
Structural dynamics of the box C/D RNA Kink-Turn and its complex with proteins: The role of the A-minor 0 interaction, long-residency water bridges, and structural ion-binding sites revealed by molecular simulations.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 114, č. 32 (2010), s. 10581-10593. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030
Klíčová slova: RNA-protein complex * molecular dynamics * kink-turn
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.603, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0006882 - 6.0373413 - BFÚ 2012 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Lankaš, Filip - Špačková, Naďa - Moakher, M. - Enkhbayar, P. - Šponer, Jiří
A measure of bending in nucleic acids structures applied to A-tract DNA.
Nucleic Acids Research. Roč. 38, č. 10 (2010), s. 3414-3422. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030
Klíčová slova: nucleic acids * DNA * molecular dynamics
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 7.836, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0206519 - 7.0370696 - BFÚ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Réblová, Kamila - Šponer, Judit E. - Špačková, Naďa - Beššeová, Ivana - Šponer, Jiří
A-minor tertiary interactions in RNA kink-turns. Molecular dynamics and quantum chemical analysis.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 115, č. 47 (2011), s. 13897-13910. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA AV ČR(CZ) KJB400040901; GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA ČR(CZ) GD203/09/H046; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GAP208/10/2302; GA MŠMT(CZ) LC06030
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: molecular dynamics * RNA * kink turn
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.696, rok: 2011
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0006793 - 8.0368847 - BFÚ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Fiala, R. - Špačková, Naďa - Foldynová-Trantírková, Silvie - Šponer, J. - Sklenář, V. - Trantírek, L.
NMR cross-correlated relaxation rates reveal ion coordination sites in DNA.
Journal of the American Chemical Society. Roč. 133, č. 35 (2011), s. 13790-13793. ISSN 0002-7863. E-ISSN 1520-5126
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702; CEZ:AV0Z60220518
Klíčová slova: NMR * molecular dynamics * ions
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 9.907, rok: 2011
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0203073 - 9.0347728 - BFÚ 2011 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Špačková, Naďa - Réblová, Kamila - Šponer, Jiří
Structural dynamics of the box C/D RNA Kink-Turn and its complex with proteins: The role of the A-minor 0 interaction, long-residency water bridges, and structural ion-binding sites revealed by molecular simulations.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 114, č. 32 (2010), s. 10581-10593. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) KJB400040901; GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA ČR(CZ) GA203/09/1476
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: RNA-protein complex * molecular dynamics * kink-turn
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.603, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0006032 - 10.0347727 - BFÚ 2011 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Lankaš, Filip - Špačková, Naďa - Moakher, M. - Enkhbayar, P. - Šponer, Jiří
A measure of bending in nucleic acids structures applied to A-tract DNA.
Nucleic Acids Research. Roč. 38, č. 10 (2010), s. 3414-3422. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) LC512
Program: LC
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702; CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: nucleic acids * DNA * molecular dynamics
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 7.836, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0188441