Výsledky vyhledávání
- 1.0578599 - ÚOCHB 2024 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Tanaka, Y. - Yamanaka, D. - Morioka, S. - Yamaguchi, T. - Morikawa, M. - Kodama, T. S. - Sychrovský, Vladimír - Kojima, C. - Hattori, Y.
Physicochemical Characterization of the Catalytic Unit of Hammerhead Ribozyme and Its Relationship with the Catalytic Activity.
Biophysica. Roč. 2, č. 3 (2022), s. 221-239. E-ISSN 2673-4125
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: hammerhead ribozyme * mechanism * pKa * pH-titration * NMR spectroscopy * G12 * G10.1
Obor OECD: Biophysics
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.3390/biophysica2030022
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0347566 - 2.0557747 - ÚFA 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Kikuchi, T. - Araki, T. - Hashimoto, K.K. - Ebihara, Y. - Tanaka, T. - Nishimura, Y. - Vichare, G. - Sinha, A.K. - Chum, Jaroslav - Hosokawa, K. - Tomizawa, I. - Tanaka, Y. - Kadokura, A.
Instantaneous Achievement of the Hall and Pedersen–Cowling Current Circuits in Northern and Southern Hemispheres During the Geomagnetic Sudden Commencement on 12 May 2021.
Frontiers in Astronomy and Space Sciences. Roč. 9, May (2022), č. článku 879314. E-ISSN 2296-987X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA18-01969S
Institucionální podpora: RVO:68378289
Klíčová slova: geomagnetic sudden commencement * Hall current circuit * Pedersen–Cowling current circuit * simultaneous onset of preliminary impulse * morning/afternoon symmetry/asymmetry * northern and southern hemispheric symmetry/asymmetry * HF Doppler sounder * global simulation
Obor OECD: Fluids and plasma physics (including surface physics)
Impakt faktor: 3, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fspas.2022.879314/full
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0331668Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 0557747_Front in Astronomy_Chum_2022.pdf 1 1.4 MB Vydavatelský postprint vyžádat - 3.0523810 - ÚOCHB 2021 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šebesta, F. - Šebera, Jakub - Sychrovský, Vladimír - Tanaka, Y. - Burda, J. V.
QM and QM/MM umbrella sampling MD study of the formation of Hg(II)–thymine bond: Model for evaluation of the reaction energy profiles in solutions with constant pH.
Journal of Computational Chemistry. Roč. 41, č. 16 (2020), s. 1509-1520. ISSN 0192-8651. E-ISSN 1096-987X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA18-14990S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ab initio molecular dynamics (MD) simulations * metal–NA base interactions * QM/MM calculations * thermodynamics
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.376, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jcc.26194
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0308102 - 4.0502367 - FZÚ 2019 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Dračínský, M. - Šála, M. - Klepetářová, B. - Šebera, Jakub - Fukal, J. - Holečková, V. - Tanaka, Y. - Nencka, R. - Sychrovský, V.
Benchmark theoretical and experimental study on 15N NMR Shifts of oxidatively damaged guanine.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 120, č. 5 (2016), s. 915-925. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Institucionální podpora: RVO:68378271
Klíčová slova: damaged DNA * 9-ethyl-8-oxoguanine * NMR * DTF
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 3.177, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294310 - 5.0502365 - FZÚ 2019 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Šebera, Jakub - Tanaka, Y. - Ono, A. - Sychrovský, V.
The effect of chemical modification of DNA base on binding of HgII and AgI in metal-mediated base pairs.
Inorganica chimica acta. Roč. 452, Oct (2016), s. 199-204. ISSN 0020-1693. E-ISSN 1873-3255
Institucionální podpora: RVO:68378271
Klíčová slova: DFT * NMR parameters * metallo-base pair * Hg * Ag
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 2.002, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294308 - 6.0502364 - FZÚ 2019 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Tanaka, Y. - Kondo, J. - Sychrovský, V. - Šebera, Jakub - Dairaku, T. - Saneyoshi, H. - Urata, H. - Torigoe, H. - Ono, A.
Structures, physicochemical properties and applications of T-HgII-T, C-AgI-C and other metallo-base-pairs.
Chemical Communications. Roč. 51, č. 98 (2015), s. 17343-17360. ISSN 1359-7345. E-ISSN 1364-548X
Institucionální podpora: RVO:68378271
Klíčová slova: ion-biomolecule interactions * metallo-base-pairs * C–AgI–C * T–HgII–T
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 6.567, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294307 - 7.0494039 - FZÚ 2019 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Dairaku, T. - Furuita, K. - Sato, H. - Šebera, Jakub - Nakashima, K. - Ono, A. - Sychrovský, V. - Kojima, C. - Tanaka, Y.
Hg-II/Ag-I-mediated base pairs and their NMR spectroscopic studies.
Inorganica chimica acta. Roč. 452, Oct (2016), s. 34-42. ISSN 0020-1693. E-ISSN 1873-3255
Institucionální podpora: RVO:68378271
Klíčová slova: metallo-base pair * NMR spectroscopy * structure
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 2.002, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0287282 - 8.0494037 - FZÚ 2019 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Dairaku, T. - Furuita, K. - Sato, H. - Šebera, Jakub - Yamanaka, D. - Otaki, H. - Kikkawa, S. - Kondo, Y. - Katahira, R. - Bickelhaupt, F. M. - Guerra, C. F. - Ono, A. - Sychrovský, V. - Kojima, C. - Tanaka, Y.
Direct detection of the mercury-nitrogen bond in the thymine-Hg-II-thymine base-pair with Hg-199 NMR spectroscopy.
Chemical Communications. Roč. 51, č. 40 (2015), s. 8488-8491. ISSN 1359-7345. E-ISSN 1364-548X
Institucionální podpora: RVO:68378271
Klíčová slova: Nuclear Magnetic Resonance * relativistic DFT * metal DNA
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 6.567, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0287281 - 9.0475942 - ÚOCHB 2018 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Šebera, Jakub - Hattori, Y. - Sato, D. - Řeha, David - Nencka, Radim - Kohno, T. - Kojima, C. - Tanaka, Y. - Sychrovský, Vladimír
The mechanism of the glycosylase reaction with hOGG1 base-excision repair enzyme: concerted effect of Lys249 and Asp268 during excision of 8-oxoguanine.
Nucleic Acids Research. Roč. 45, č. 9 (2017), s. 5231-5242. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR GA13-27676S
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388971
Klíčová slova: 8-oxoguanine * hOGG1 * QM/MM * NMR * base-excision repair
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 11.561, rok: 2017
https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/gkx157
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0272532 - 10.0466145 - ÚOCHB 2017 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Dairaku, T. - Furuita, K. - Sato, H. - Šebera, Jakub - Nakashima, K. - Ono, A. - Sychrovský, Vladimír - Kojima, C. - Tanaka, Y.
Hg-II/Ag-I-mediated base pairs and their NMR spectroscopic studies.
Inorganica chimica acta. Roč. 452, Oct 1 (2016), s. 34-42. ISSN 0020-1693. E-ISSN 1873-3255
Grant CEP: GA ČR GAP205/10/0228
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: NMR * Hg * Ag * metal-DNA
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 2.002, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0264544 - 11.0466107 - ÚOCHB 2017 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Šebera, Jakub - Tanaka, Y. - Ono, A. - Sychrovský, Vladimír
The effect of chemical modification of DNA base on binding of Hg-II and Ag-I in metal-mediated base pairs.
Inorganica chimica acta. Roč. 452, Oct 1 (2016), s. 199-204. ISSN 0020-1693. E-ISSN 1873-3255
Grant CEP: GA ČR GA13-27676S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: DFT * metal-mediated base pairs * Hg * Ag
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 2.002, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0264505 - 12.0464723 - ÚOCHB 2017 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Dairaku, T. - Furuita, K. - Sato, H. - Šebera, Jakub - Nakashima, K. - Kondo, J. - Yamanaka, D. - Kondo, Y. - Okamoto, I. - Ono, A. - Sychrovský, Vladimír - Kojima, C. - Tanaka, Y.
Structure Determination of an Ag-I-Mediated Cytosine-Cytosine Base Pair within DNA Duplex in Solution with H-1/N-15/Ag-109 NMR Spectroscopy.
Chemistry - A European Journal. Roč. 22, č. 37 (2016), s. 13028-13031. ISSN 0947-6539. E-ISSN 1521-3765
Grant CEP: GA ČR GA13-27676S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: NMR * Ag * cytosine * DFT
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 5.317, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0263506 - 13.0458784 - ÚOCHB 2017 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Dračínský, Martin - Šála, Michal - Klepetářová, Blanka - Šebera, Jakub - Fukal, Jiří - Holečková, Veronika - Tanaka, Y. - Nencka, Radim - Sychrovský, Vladimír
Benchmark Theoretical and Experimental Study on N-15 NMR Shifts of Oxidatively Damaged Guanine.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 120, č. 5 (2016), s. 915-925. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR GA13-27676S; GA ČR GA15-11223S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: NMR spectroscopy * DFT calculations * oxidatively damaged guanine * hOGG1
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 3.177, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0259021 - 14.0454129 - ÚOCHB 2016 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Tanaka, Y. - Kondo, J. - Sychrovský, Vladimír - Šebera, Jakub - Dairaku, T. - Saneyoshi, H. - Urata, H. - Torigoe, H. - Ono, A.
Structures, physicochemical properties, and applications of T-Hg-II-T, C-Ag-I-C, and other metallo-base-pairs.
Chemical Communications. Roč. 51, č. 98 (2015), s. 17343-17360. ISSN 1359-7345. E-ISSN 1364-548X
Grant CEP: GA ČR GAP205/10/0228
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: metal-mediated base-pairs * T–Hg–T * C–Ag–C
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 6.567, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0254830 - 15.0444868 - ÚOCHB 2016 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Dairaku, T. - Furuita, K. - Sato, H. - Šebera, Jakub - Yamanaka, D. - Otaki, H. - Kikkawa, S. - Kondo, Y. - Katahira, R. - Bickelhaupt, F. M. - Guerra, C. F. - Ono, A. - Sychrovský, Vladimír - Kojima, C. - Tanaka, Y.
Direct detection of the mercury-nitrogen bond in the thymine-Hg-II-thymine base-pair with Hg-199 NMR spectroscopy.
Chemical Communications. Roč. 51, č. 40 (2015), s. 8488-8491. ISSN 1359-7345. E-ISSN 1364-548X
Grant CEP: GA ČR GAP205/10/0228
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: T-Hg-T * NMR * spin-spin coupling * DFT
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 6.567, rok: 2015
http://pubs.rsc.org/en/content/articlepdf/2015/cc/c5cc02423d
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0247339 - 16.0435412 - ÚOCHB 2015 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Šebera, Jakub - Trantírek, L. - Tanaka, Y. - Nencka, Radim - Fukal, J. - Sychrovský, Vladimír
The activation of N-glycosidic bond cleavage performed by base-excision repair enzyme hOGG1; Theoretical study of the role of Lys 249 residue in activation of G, OxoG and FapyG.
RSC Advances. Roč. 4, č. 83 (2014), s. 44043-44051. E-ISSN 2046-2069
Grant CEP: GA ČR GA13-27676S
Grant ostatní: GA AV ČR(CZ) M200551205; GA MŠk(CZ) ED1.1.00/02.0068; GA MŠk(CZ) EE2.3.20.0042
Program: ED
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: DFT * QM/MM * Fukui indices * hOGG1 * aromaticity * 8-OxoG
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 3.840, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0239675 - 17.0432624 - FZÚ 2015 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kratochvílová, Irena - Golan, Martin - Vala, M. - Špérová, M. - Weiter, M. - Páv, Ondřej - Šebera, Jakub - Rosenberg, Ivan - Sychrovský, Vladimír - Tanaka, Y. - Bickelhaupt, F.M.
Theoretical and experimental study of charge transfer through DNA: impact of mercury mediated T-Hg-T base pair.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 118, č. 20 (2014), s. 5374-5381. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA TA ČR TA01011165; GA ČR(CZ) GA14-10279S; GA ČR GA13-26526S
Institucionální podpora: RVO:68378271 ; RVO:61388963
Klíčová slova: charge transfer in DNA-Hg complexes * steady state fluorescence spectroscopy * density functional theory * electronic properties of biomolecules
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.302, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0237007 - 18.0429733 - ÚOCHB 2015 RIV CZ eng J - Článek v odborném periodiku
Šebera, Jakub - Trantírek, L. - Fukal, J. - Tanaka, Y. - Sychrovský, Vladimír
Mechanism of base excision with the hOGG1 DNA repair enzyme.
Chemické listy. Roč. 108, č. 4 (2014), s. 364-367. ISSN 0009-2770. E-ISSN 1213-7103
Grant CEP: GA ČR GA13-27676S
Grant ostatní: CEITEC(XE) CZ.1.05/1.1.00/02.0068
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: hOGG1 * base excision repair * theoretical modelling * N-pyramidalization
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 0.272, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0234803 - 19.0428654 - ÚOCHB 2015 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Yamaguchi, H. - Šebera, Jakub - Kondo, J. - Oda, S. - Komuro, T. - Kawamura, T. - Dairaku, T. - Kondo, Y. - Okamoto, I. - Ono, A. - Burda, J. V. - Kojima, C. - Sychrovský, Vladimír - Tanaka, Y.
The structure of metallo-DNA with consecutive thymine-Hg-II-thymine base pairs explains positive entropy for the metallo base pair formation.
Nucleic Acids Research. Roč. 42, č. 6 (2014), s. 4094-4099. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR GAP205/10/0228
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: NMR structures * mercury * metalation * metal-DNA binding * DFT
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 9.112, rok: 2014
http://nar.oxfordjournals.org/content/42/6/4094.full
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0233994 - 20.0394761 - ÚOCHB 2014 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Šebera, Jakub - Burda, J. - Straka, Michal - Ono, A. - Kojima, C. - Tanaka, Y. - Sychrovský, Vladimír
Formation of a Thymine-Hg-II-Thymine Metal-Mediated DNA Base Pair: Proposal and Theoretical Calculation of the Reaction Pathway.
Chemistry - A European Journal. Roč. 19, č. 30 (2013), s. 9884-9894. ISSN 0947-6539. E-ISSN 1521-3765
Grant CEP: GA ČR GAP205/10/0228; GA MŠMT(CZ) LH11033
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: DNA structures * mercury * metalation * metal-DNA binding * nucleobases
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 5.696, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0223107 - 21.0382846 - ÚOCHB 2013 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šebera, Jakub - Trantírek, L. - Tanaka, Y. - Sychrovský, Vladimír
Pyramidalization of the Glycosidic Nitrogen Provides the Way for Efficient Cleavage of the N-Glycosidic Bond of 8-OxoG with the hOGG1 DNA Repair Protein.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 116, č. 41 (2012), s. 12535-12544. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR GAP205/10/0228
Grant ostatní: AV ČR(CZ) M200551205
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: hOGG1 enzyme * DFT * glycosidic bond cleavage
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 3.607, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0007200 - 22.0382049 - ÚOCHB 2013 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Benda, Ladislav - Straka, Michal - Sychrovský, Vladimír - Bouř, Petr - Tanaka, Y.
Detection of Mercury - TpT Dinucleotide Binding by Raman Spectra: A Computional Study.
Journal of Physical Chemistry A. Roč. 116, č. 32 (2012), s. 8313-8320. ISSN 1089-5639. E-ISSN 1520-5215
Grant CEP: GA ČR GAP208/11/0105; GA ČR GAP205/10/0228; GA MŠMT(CZ) LH11033
Grant ostatní: GA ČR(CZ) GAP206/12/0539
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: nucleic acids * mercury complexes * density functional theory * Raman spectroscopy * vibrational analysis
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 2.771, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0007179 - 23.0379053 - ÚOCHB 2013 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Uchiyama, T. - Miura, T. - Takeuchi, H. - Dairaku, T. - Komuro, T. - Kawamura, T. - Kondo, Y. - Benda, Ladislav - Sychrovský, Vladimír - Bouř, Petr - Okamoto, I. - Ono, A. - Tanaka, Y.
Raman spectroscopic detection of the T-Hg-II-T base pair and the ionic characteristics of mercury.
Nucleic Acids Research. Roč. 40, č. 12 (2012), s. 5766-5774. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR GAP205/10/0228; GA ČR GAP208/11/0105
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: DNA * mercury * new materials * DFT computations * DNA * Raman spectroscopy
Kód oboru RIV: CE - Biochemie
Impakt faktor: 8.278, rok: 2012
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0210332 - 24.0157254 - PAU-O 990083 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Moravec, František - Nagasawa, K. - Tanaka, Y. - Narita, T.
Role of Leptodora kindti (Cladocera: Leptodoridae) in the life cycle of Raphidascaris biwakoensis (Nematoda: Anisakidae), a fish parasite in Lake Biwa, Japan.
Diseases of Aquatic Organisms. Roč. 32, č. 2 (1998), s. 157-160. ISSN 0177-5103. E-ISSN 1616-1580
Grant CEP: GA AV ČR IAA622102
Kód oboru RIV: fp - Ostatní lékařské obory
Impakt faktor: 1.213, rok: 1998
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0054694 - 25.0085340 - GFÚ 2008 RIV HU eng J - Článek v odborném periodiku
Pal, B. - Heilig, B. - Zieger, B. - Szendröi, J. - Verö, J. - Lühr, H. - Yumoto, K. - Tanaka, Y. - Střeštík, Jaroslav
Effect of the August 11, 1999 total solar eclipse on geomagnetic pulsations.
[Vliv úplného zatmění Slunce 11. srpna 1999 na geomagnetické pulzace.]
Acta Geodaetica et Geophysica Hungarica. Roč. 42, č. 1 (2007), s. 23-58. ISSN 1217-8977
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z30120515
Klíčová slova: field line resonance * geomagnetic pulsations * solar eclipse
Kód oboru RIV: DE - Zemský magnetismus, geodézie, geografie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0147885