Výsledky vyhledávání
- 1.0464393 - ÚFM 2017 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Střelcová, Z. - Kulhánek, P. - Friák, Martin - Fabritius, H. - Petrov, M. - Neugebauer, J. - Koča, J.
The structure and dynamics of chitin nanofibrils in an aqueous environment revealed by molecular dynamics simulations.
RSC Advances. Roč. 6, č. 36 (2016), s. 30710-30721. E-ISSN 2046-2069
Institucionální podpora: RVO:68081723
Klíčová slova: FREE-ENERGY CALCULATIONS * PARTICLE MESH EWALD * ALPHA-CHITIN * CRYSTAL-STRUCTURE * INSECT CHITIN * SURFACE-AREA * AB-INITIO
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.108, rok: 2016
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0263449 - 2.0456040 - BFÚ 2016 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Stadlbauer, Petr - Kuehrova, P. - Banáš, P. - Koča, J. - Bussi, G. - Trantírek, L. - Otyepka, M. - Šponer, Jiří
Hairpins participating in folding of human telomeric sequence quadruplexes studied by standard and T-REMD simulations.
Nucleic Acids Research. Roč. 43, č. 20 (2015), s. 9626-9644. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/11/1822
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS * INTRAMOLECULAR DNA QUADRUPLEXES * PARTICLE MESH EWALD
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 9.202, rok: 2015
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article/43/20/9626/1403100
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0256640 - 3.0455886 - BFÚ 2016 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Islam, B. - Stadlbauer, Petr - Krepl, Miroslav - Koča, J. - Neidle, S. - Haider, S. - Šponer, Jiří
Extended molecular dynamics of a c-kit promoter quadruplex.
Nucleic Acids Research. Roč. 43, č. 18 (2015), s. 8673-8693. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/11/1822
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: TELOMERIC G-QUADRUPLEX * INTRAMOLECULAR DNA QUADRUPLEXES * GASTROINTESTINAL STROMAL TUMOR
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 9.202, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0256495 - 4.0446303 - BFÚ 2016 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Estarellas, C. - Otyepka, M. - Koča, J. - Banáš, P. - Krepl, Miroslav - Šponer, Jiří
Molecular dynamic simulations of protein/RNA complexes: CRISPR/Csy4 endoribonuclease.
Biochimica et Biophysica Acta-General Subjects. Roč. 1850, č. 5 (2015), s. 1072-1090. ISSN 0304-4165. E-ISSN 1872-8006
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/12/1878; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0068
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: CLASSICAL DRUDE OSCILLATOR * SUGAR-PHOSPHATE BACKBONE * POLARIZABLE FORCE-FIELD
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.083, rok: 2015
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0248299 - 5.0435963 - BFÚ 2015 RIV FR eng J - Článek v odborném periodiku
Stadlbauer, Petr - Trantírek, L. - Cheatham III, T. E. - Koča, J. - Šponer, Jiří
Triplex intermediates in folding of human telomeric quadruplexes probed by microsecond-scale molecular dynamics simulations.
Biochimie. 105C, OCT2014 (2014), s. 22-35. ISSN 0300-9084. E-ISSN 1638-6183
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/12/1822; GA ČR(CZ) GA13-28310S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: G-DNA folding * Quadruplex * Triplex
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 2.963, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0239810 - 6.0435519 - MBÚ 2015 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Demo, G. - Horská, V. - Fliedrová, Barbora - Štěpán, J. - Koča, J. - Weignerová, Lenka - Křen, Vladimír - Wimmerová, M.
Protein engineering study of beta-mannosidase to set up a potential chemically efficient biocatalyst.
Glycobiology. Roč. 24, č. 12 (2014), s. 1301-1311. ISSN 0959-6658. E-ISSN 1460-2423
Grant CEP: GA ČR GAP207/10/0321; GA MŠMT(CZ) 7E11011
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) LM2010005
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: docking * molecular dynamics * mutagenesis
Kód oboru RIV: CE - Biochemie
Impakt faktor: 3.147, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0239457 - 7.0427956 - BFÚ 2015 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Gkionis, K. - Kruse, H. - Platts, J. A. - Mládek, Arnošt - Koča, J. - Šponer, Jiří
Ion Binding to Quadruplex DNA Stems. Comparison of MM and QM Descriptions Reveals Sizable Polarization Effects Not Included in Contemporary Simulations.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 10, č. 3 (2014), s. 1326-1340. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/11/1822; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0068
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS * GAUSSIAN-BASIS SETS * TETRAMOLECULAR G-QUADRUPLEXES
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 5.498, rok: 2014
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0233394 - 8.0424754 - ÚOCHB 2014 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Emmer, J. - Vavrinská, A. - Sychrovský, Vladimír - Benda, Ladislav - Kříž, Z. - Koča, J. - Boelens, R. - Sklenář, V. - Trantírek, L.
Influence of the O-phosphorylation of serine, threonine and tyrosine in proteins on the amidic N-15 chemical shielding anisotropy tensors.
Journal of Biomolecular NMR. Roč. 55, č. 1 (2013), s. 59-70. ISSN 0925-2738. E-ISSN 1573-5001
Grant CEP: GA ČR GAP205/10/0228
Grant ostatní: CEITEC(XE) CZ.1.05/1.1.00/02.0068
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: CSA * phosphorylation * amidic nitrogen * serine * threonine * tyrosine * protein * NMR
Kód oboru RIV: CE - Biochemie
Impakt faktor: 3.305, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0230810 - 9.0422264 - BFÚ 2014 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Stadlbauer, Petr - Krepl, Miroslav - Cheatham III, T. E. - Koča, J. - Šponer, Jiří
Structural dynamics of possible late-stage intermediates in folding of quadruplex DNA studied by molecular simulations.
Nucleic Acids Research. Roč. 41, č. 14 (2013), s. 7128-7143. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GAP208/11/1822; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0068
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: HUMAN TELOMERIC DNA * TETRAMOLECULAR G-QUADRUPLEXES * PARTICLE MESH EWALD
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 8.808, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0228465 - 10.0394830 - BFÚ 2014 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Krepl, Miroslav - Réblová, K. - Koča, J. - Šponer, Jiří
Bioinformatics and Molecular Dynamics Simulation Study of L1 Stalk Non-Canonical rRNA Elements: Kink-Turns, Loops, and Tetraloops.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 117, č. 18 (2013), s. 5540-5555. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) ED1.1.00/02.0068
Program: ED
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: PARTICLE MESH EWALD * ION-BINDING SITES * A-MINOR MOTIF
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.377, rok: 2013
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0223003