Výsledky vyhledávání
- 1.0551530 - BFÚ 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Asha, H. - Stadlbauer, Petr - Martinez-Fernandez, L. - Banáš, Pavel - Šponer, Jiří - Improta, R. - Esposito, L.
Early steps of oxidative damage in DNA quadruplexes are position-dependent: Quantum mechanical and molecular dynamics analysis of human telomeric sequence containing ionized guanine.
International Journal of Biological Macromolecules. Roč. 194, JAN 1 2022 (2022), s. 882-894. ISSN 0141-8130. E-ISSN 1879-0003
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-23718S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: monovalent ion parameters * radical-cation transport * one-electron oxidation * circular-dichroism * crystal-structure * laser photolysis * charge-transport
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 8.2, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813021025484?via%3Dihub
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0336909 - 2.0539743 - BFÚ 2021 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mlýnský, Vojtech - Kührová, P. - Kuhr, T. - Otyepka, Michal - Bussi, G. - Banáš, Pavel - Šponer, Jiří
Fine-Tuning of the AMBER RNA Force Field with a New Term Adjusting Interactions of Terminal Nucleotides.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 16, č. 6 (2020), s. 3936-3946. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-16554S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * monovalent ion parameters * replica exchange * stacking * energies * nmr
Obor OECD: Atomic, molecular and chemical physics (physics of atoms and molecules including collision, interaction with radiation, magnetic resonances, Mössbauer effect)
Impakt faktor: 6.006, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.0c00228
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0317442 - 3.0536138 - BFÚ 2021 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Islam, Barira - Stadlbauer, Petr - Vorlíčková, Michaela - Mergny, Jean-Louis - Otyepka, Michal - Šponer, Jiří
Stability of Two-Quartet G-Quadruplexes and Their Dimers in Atomistic Simulations.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 16, č. 6 (2020), s. 3447-3463. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA19-17063S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * human telomeric rna * resolution crystal-structure * monovalent ion parameters * force-field * k+ solution
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 6.006, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.9b01068
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0313961 - 4.0518355 - BFÚ 2020 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Stadlbauer, Petr - Kührová, P. - Vicherek, L. - Banáš, Pavel - Otyepka, Michal - Trantírek, Lukáš - Šponer, Jiří
Parallel G-triplexes and G-hairpins as potential transitory ensembles in the folding of parallel-stranded DNA G-Quadruplexes.
Nucleic Acids Research. Roč. 47, č. 14 (2019), s. 7276-7293. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA16-13721S; GA ČR GA17-12075S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: telomeric g-quadruplex * amber force-field * monovalent ion parameters * single-molecule fret * particle mesh ewald * nucleic-acids
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 11.502, rok: 2019
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article-pdf/47/14/7276/29185953/gkz610.pdf
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0303512 - 5.0510264 - BFÚ 2020 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kührová, P. - Mlýnský, Vojtech - Zgarbová, M. - Krepl, Miroslav - Bussi, G. - Best, R.B. - Otyepka, M. - Šponer, Jiří - Banáš, Pavel
Improving the Performance of the Amber RNA Force Field by Tuning the Hydrogen-Bonding Interactions.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 15, č. 5 (2019), s. 3288-3305. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * monovalent ion parameters * replica-exchange * nucleic-acids * phosphate interactions
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.011, rok: 2019
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.8b00955
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0300779 - 6.0502419 - BFÚ 2019 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Havrila, Marek - Stadlbauer, Petr - Kührová, P. - Banáš, P. - Mergny, Jean-Louis - Otyepka, Michal - Šponer, Jiří
Structural dynamics of propeller loop: towards folding of RNA G-quadruplex.
Nucleic Acids Research. Roč. 46, č. 17 (2018), s. 8754-8771. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA16-13721S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: telomeric g-quadruplex * monovalent ion parameters * particle mesh ewald * molecular-dynamics
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 11.147, rok: 2018
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294352 - 7.0502248 - BFÚ 2019 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Islam, Barira - Stadlbauer, Petr - Krepl, Miroslav - Havrila, Marek - Haider, S. - Šponer, Jiří
Structural Dynamics of Lateral and Diagonal Loops of Human Telomeric G-Quadruplexes in Extended MD Simulations.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 14, č. 10 (2018), s. 5011-5026. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA16-13721S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: amber force-field * monovalent ion parameters * molecular-dynamics * nucleic-acids
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.313, rok: 2018
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294198