Výsledky vyhledávání
- 1.0586162 - MBÚ 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Rocha, U. - Kasmanas, J. C. - Kallies, R. - Saraiva, J. P. - Toscan, R. B. - Stefanic, P. - Bicalho, M. F. - Correa, F. B. - Bastuerk, M. N. - Fousekis, E. - Barbosa, L. M. V. - Plewka, J. - Probst, A. J. - Baldrian, Petr - Stadler, P. f.
MuDoGeR: Multi-Domain Genome recovery from metagenomes made easy.
Molecular Ecology Resources. Roč. 24, č. 2 (2024), č. článku 13904. ISSN 1755-098X. E-ISSN 1755-0998
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: microbial genomes * metabolism * assembler * coverage * phage * genome reconstruction * metagenome-assembled genomes * metagenomics * multi-domain * uncultivated viral genomes
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 7.7, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.13904
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0353749 - 2.0585809 - MBÚ 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Garrastatxu, J. - Odriozola Larranga, Inaki - Esteban, R. - Encinas-Valero, M. - Morais, D. K. - Větrovský, Tomáš - Yuste, J. C.
Fungal symbionts associate with holm oak tree health in declining oak savannas of the southwest of the Iberian Peninsula.
Applied Soil Ecology. Roč. 195, March 24 (2024), č. článku 105210. ISSN 0929-1393. E-ISSN 1873-0272
GRANT EU: European Commission H2020-SFS-2020-2 - HoliSoils
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: phytophthora-cinnamomi * community * berthelot * diversity * dynamics * ammonia * 1st * Microbial diversity * Microbial ecology * Plant-microbial interactions * Metagenomics * Microbial genetics * Tree health
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 4.8, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0929139323004080?via%3Dihub
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0353600 - 3.0580396 - MBÚ 2024 RIV US eng M - Část monografie knihy
Štursová, Martina - López-Mondejár, Rubén - Baldrian, Petr
Investigating the Bacterial and Fungal Communities Involved in Dead Biomass Degradation in Forest Soils.
Microbial Environmental Genomics (MEG). New York: Humana, 2023 - (Martin, F.; Uroz, S.), s. 157-168. Methods in Molecular Biology. ISBN 978-1-0716-2870-6
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-14961S; GA ČR(CZ) GA22-30769S
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: Stable isotope probing * Microbial communities * Soil ecology * Organic matter decomposition * Metagenomics * metatranscriptomics
Obor OECD: Microbiology
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0349169 - 4.0578330 - MBÚ 2024 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Němečková, K. - Mareš, Jan - Procházková, L. - Culka, A. - Košek, F. - Wierzchos, J. - Nedbalová, L. - Dudák, J. - Tymlová, V. - Žemlička, J. - Kust, A. - Zima, J. - Nováková, E. - Jehlička, J.
Gypsum endolithic phototrophs under moderate climate (Southern Sicily): their diversity and pigment composition.
Frontiers in Microbiology. Roč. 14, July 6 (2023), č. článku 1175066. ISSN 1664-302X. E-ISSN 1664-302X
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LO1416; GA MŠMT(CZ) ED2.1.00/19.0392
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: mcmurdo dry valleys * raman-spectroscopy * microbial colonization * atacama desert * in-situ * scytonemin * microorganisms * cyanobacteria * carotenoids * communities * endoliths * gypsum * phototrophs * cyanobacteria * green algae * metagenomics
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 5.2, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2023.1175066/full
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0347341 - 5.0577005 - MBÚ 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Le, A. V. - Větrovský, Tomáš - Baručić, D. - Saraiva, J. P. - Dobbler, Priscila Thiago - Kohout, Petr - Pospíšek, M. - da Rocha, U. N. - Kléma, J. - Baldrian, Petr
Improved recovery and annotation of genes in metagenomes through the prediction of fungal introns.
Molecular Ecology Resources. Roč. 23, č. 8 (2023), s. 1800-1811. ISSN 1755-098X. E-ISSN 1755-0998
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-17749S
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: artificial intelligence * eukaryote * fungi * gene prediction * intron * metagenomics
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 7.7, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.13852
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0347997 - 6.0576258 - BC 2024 RIV US eng M - Část monografie knihy
Jameson, E. - Taubert, M. - Angel, Roey - Coyotzi, S. - Chen, Y. - Eyice, Ö. - Schäfer, H. - Murrell, J.C. - Neufeld, J.D. - Dumont, M.G.
DNA-, RNA-, and protein-based stable-isotope probing for high-throughput biomarker analysis of active microorganisms.
Metagenomics: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology. New York: Humana, 2023 - (Streit, W.; Daniel, R.), Roč. 2555 (2023), s. 261-282. ISBN 978-1-0716-2794-5
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: DNA * metagenomics * metatranscriptomics * protein * proteomics * RNA * Stable-isotope probing
Obor OECD: Microbiology
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0345837 - 7.0576020 - MBÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Lebre, P. H. H. - Bosch, Jason - Coclet, C. - Hallas, R. - Hogg, I. D. D. - Johnson, J. - Moon, K. L. L. - Ortiz, M. - Rotimi, A. - Stevens, M. I. I. - Varliero, G. - Convey, P. - Vikram, S. - Chown, S. L. L. - Cowan, D. A. A.
Expanding Antarctic biogeography: microbial ecology of Antarctic island soils.
Ecography. Roč. 2023, č. 9 (2023), č. článku e06568. ISSN 0906-7590. E-ISSN 1600-0587
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: Antarctic conservation biogeographic regions (ACBRs) * Antarctic ecology * functional metagenomics * microbial ecology * sub-Antarctic islands
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 5.9, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/ecog.06568
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0345765 - 8.0573085 - MBÚ 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Saraiva, J. P. - Bartholomaeus, A. - Toscan, R. B. - Baldrian, Petr - Nunes da Rocha, U.
Recovery of 197 eukaryotic bins reveals major challenges for eukaryote genome reconstruction from terrestrial metagenomes.
Molecular Ecology Resources. Roč. 23, č. 5 (2023), s. 1066-1076. ISSN 1755-098X. E-ISSN 1755-0998
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: eukaryotes * genome-resolved metagenomics * Hypocreales * Mamiellales * Saccharomycetales
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 7.7, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.13776
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0343689 - 9.0563703 - BC 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Bulzu, Paul-Adrian - Kavagutti, Vinicius Silva - Andrei, A.S. - Ghai, Rohit
The evolutionary kaleidoscope of Rhodopsins.
mSystems. Roč. 7, č. 5 (2022), č. článku 00405-22. ISSN 2379-5077. E-ISSN 2379-5077
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-12496X; GA ČR(CZ) GA19-23261S; GA ČR(CZ) GA21-21990S
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: rhodopsins * Alt-rhodopsins * AltRs * heliorhodopsins * optogenetics * metagenomics
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 6.4, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1128/msystems.00405-22
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340369 - 10.0562728 - MBÚ 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Siles, J. A. - Starke, Robert - Martinović, Tijana - Fernandes, Maysa Lima Parente - Orgiazzi, A. - Bastida, F.
Distribution of phosphorus cycling genes across land uses and microbial taxonomic groups based on metagenome and genome mining.
Soil Biology and Biochemistry. Roč. 174, November 2022 (2022), č. článku 108826. ISSN 0038-0717
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: Phosphorus cycling * Microbial genes * Land use * Microbial functionality * Genome mining * Metagenomics
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 9.7, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0038071722002838?via%3Dihub
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0335222